معلومة

أي نوع من "ملعب النمذجة الجزيئية" على الإنترنت؟

أي نوع من


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أتساءل عما إذا كان أي شخص قد صنع أداة لتجربة خوارزميات النمذجة الجزيئية / المحاكاة الجديدة ، حيث تتعامل الأداة نفسها مع المهام "المملة" لتحميل ملفات PDB ، وبناء سلاسل من الأحماض الأمينية من التسلسل بحيث يمكن للذرات لاحقًا أن تكون الإحداثيات المعينة بواسطة البرامج النصية للمستخدم ، وتقديم الرسومات القابلة للتدوير ثلاثية الأبعاد ، وما إلى ذلك ، ولكن حيث يمكن للمستخدم بعد ذلك كتابة البرامج النصية التي تدور حول الإحداثيات ، والقيام بنوع من العمليات الحسابية ، ثم تعديل البنية. بهذه الطريقة يمكنك تجربة حقول القوة الجديدة ، والمتكامل ، وما إلى ذلك. شيء مثل TurtleToy يفعل مع رسومات الراسمة.

من الواضح أن هناك أدوات النمذجة الجزيئية ذات القدرة على البرمجة النصية ، ولكن القليل منها لديه قيود الترخيص وأيضًا يُقصد منها عادةً أن تكون طرقًا لربط الخوارزميات الموجودة معًا ونمذجة "الوصفات" في تسلسلات جديدة. غالبًا ما يتم "دفن" شفرة المحاكاة الفعلية في أعماق قواعد الرموز المعقدة وتنتشر عبر ملفات متعددة يجب تجميعها معًا فقط للحصول على شيء يعمل. من الواضح أن شيئًا مثل مخفض الطاقة المكتوب في حلقات for بلغة مثل Python لن يتنافس من حيث السرعة مع C ++ المتوازي المتسارع بواسطة GPU ، ولكن يمكن كتابته بالكامل من البداية لاختبار خوارزميات جديدة تمامًا ، وإذا تم دمجها بسلاسة مع مكون تصيير يقبل إعادة رسم المكالمات من البرنامج النصي ، إنها طريقة سريعة لتصور "ما الذي يفعله هذا ببنية البروتين الخاصة بي؟" في الوقت الفعلي أثناء قيامك بخطوة واحدة خلال الخوارزمية (ومن المحتمل أن يجعل الحمل العلوي السرعة نقطة خلافية هناك على أي حال). بهذه الطريقة ، إذا كنت تريد أن ترى بسرعة "كيف تقارن طريقي بالطرق الموجودة في CASP" أو شيء من هذا القبيل ، فلديك "ملعب" لتجربته.

إذا كنت أبحث عن هذا ، فأنا متأكد من أن الآخرين لديهم أيضًا ، لذلك أتساءل عما إذا كان موجودًا. الميزة الأكثر إثارة للاهتمام هي القدرة على تنفيذ البرامج النصية كـ "مرشحات" فوق PDB ، شيء مثل "العثور على جميع التسلسلات ذات الطول 5-20 من الأحماض الأمينية في PDB التي يتم تقييم هذا التعبير إلى" صحيح "، قم بمحاذاةهم باستخدام التحويل التالي ، ورسمهم في هذه اللوحة القماشية ". لكن يمكنني أن أرى أين قد لا يحب PDB الأشخاص الذين يفعلون ذلك لأنه قد يعيق خوادمهم من جميع عمليات الجلب ، لذلك قد تكون هذه فكرة سيئة. لكن من الواضح أن السماح للأشخاص بالعمل على ملفات PDB الخاصة بهم لن يكون مشكلة إذا كانت الأداة موجودة.


شاهد الفيديو: Applications of molecular modelling (قد 2022).


تعليقات:

  1. Barclay

    هههههههههههههههههههههههههههههههههههههه

  2. Healy

    وبالتالي ، ..

  3. Ridgely

    أحب قراءة مقالاتك الأخرى. شكرًا.



اكتب رسالة