معلومة

هل توجد قاعدة بيانات لهيكل مجال الغلوبولين المناعي؟

هل توجد قاعدة بيانات لهيكل مجال الغلوبولين المناعي؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

هل توجد قاعدة بيانات حيث يمكنني العثور على متواليات مجال متغير مفرط من الغلوبولين المناعي وتسلسلات المستضدات ذات الصلة؟ شكرا لك


هناك عدد من قواعد البيانات الموجودة ، على الرغم من أن القاعدة التي ترغب في استخدامها ستعتمد على الأرجح على ما تحتاجه من أجله. الشخص الموصى به في جامعتي هو IgBlast ، المرتبط بالمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) ، ومع ذلك فقد رأيت IMGT كمصدر موصى به أيضًا ؛ يبدو أن لديها مجموعة واسعة من الأدوات. بعد قولي هذا ، لا يمكنني تحديد أيهما قد تجده أكثر فائدة ، لأنني غير متأكد من كيفية استخدامك للمورد.


RiboCIRC: قاعدة بيانات شاملة من الحلقات القابلة للترجمة

riboCIRC عبارة عن قاعدة بيانات CircRNA الموجهة نحو البيانات المترجمة والمصممة خصيصًا لاستضافة واستكشاف وتحليل وتصور الجزيئات الحلقية القابلة للترجمة من عدة أنواع. توفر قاعدة البيانات مستودعًا شاملاً للحلقات الحلقية المرتبطة بالريبوسوم التي تم التنبؤ بها حسابيًا ، وهي مجموعة منسقة يدويًا من الحمض النووي الريبي المترجم الذي تم التحقق منه تجريبياً ، وهو تقييم لحفظ الأنواع المتقاطعة من الحمض النووي الريبي القابل للترجمة ، وتعليق توضيحي منهجي من جديد للببتيدات المشفرة بحلقة دائرية ، بما في ذلك التسلسل ، والبنية ، و وظيفة ومتصفح الجينوم لتصور آثار أقدام ركاب الحمض النووي الريبي (CircRNA) الخاصة بالسياق. وهو يمثل مصدرًا قيمًا لمجتمع أبحاث CircRNA وهو متاح للجمهور على http://www.ribocirc.com.


هل توجد قاعدة بيانات لهيكل مجال الجلوبيولين المناعي؟ - مادة الاحياء

لقطة بيانات تجريبية

  • الطريقة: & nbspحيود الأشعة السينية
  • القرار: نبسب3.20 Å
  • R-Value Free: & nbsp0.327 نبسب
  • R- قيمة العمل: & nbsp0.211 نبسب
  • R- القيمة المرصودة: & nbsp0.211 نبسب

التحقق من صحة wwPDBونبسب ونبسبتقرير ثلاثي الأبعاد وتقرير كامل

التركيب البلوري لجسم مضاد أحادي النسيلة IgG1 سليم.

(1998) J Mol Biol & nbsp275: 861-872

  • PubMed: & nbsp9480774 & nbsp ابحث في PubMed
  • DOI: & nbsp10.1006 / جمبي.1997.1508
  • الاقتباس الأساسي من الهياكل ذات الصلة: & nbsp
    1IGY
  • ملخص PubMed: & nbsp

تم تحديد بنية الجسم المضاد أحادي النسيلة السليم للفينوباربيتال ، الفئة الفرعية IgG1 ، إلى 3.2 A دقة بواسطة التصوير البلوري بالأشعة السينية. تم تصور الجزيء في خلية وحدة أحادية الميل بها جلوبيولين مناعي كامل كوحدة غير متماثلة.

تم تحديد بنية الجسم المضاد أحادي النسيلة السليم للفينوباربيتال ، الفئة الفرعية IgG1 ، إلى 3.2 A دقة بواسطة التصوير البلوري بالأشعة السينية. تم تصور الجزيء في خلية وحدة أحادية الميل بها جلوبيولين مناعي كامل كوحدة غير متماثلة. تم ربط مقطعي Fab ، كلاهما بزاوية كوع تبلغ 155 درجة ، من خلال دوران 179.7 درجة بالإضافة إلى ترجمة على طول dyad التقريبي 9 أ. هذه هي الملاحظة الأولى لترجمة Fab في جسم مضاد محدد هيكليًا. ضعف Fc التقريبي كان مستقلاً عن ذلك المرتبط بـ Fabs ، مما يجعل زاوية 107 درجات مع Fab dyad. كانت الزاوية بين المحاور الطويلة لـ Fabs 115 درجة ، وهي الزاوية الأكثر حدة التي لوحظت حتى الآن ، مما أدى إلى تشويه جزيء على شكل Y. هذا على عكس الشكل T المشوه لـ IgG (2a) الوحيد الآخر السليم الذي يُعرف هيكله الكامل. تنشأ تفاعلات الشبكة الأولية من خلال تكوين شرائط بيتا VH المضادة للتوازي والتي تساهم خيوطها بواسطة H2 الزائف المرتبط بالثنائي ، وبواسطة حلقات L3 شديدة التغير من الجزيئات المجاورة. بينما كان مجال CH2 متنقلًا ، تم تحديد Fabs وثلاثة مجالات من Fc جيدًا ، وكذلك كانت polypeptides المفصلية التي تربط Fabs بـ Fc ، والسكريات القليلة التساهمية المرتبطة. لوحظت التفاعلات المباشرة بين البولي ببتيدات المفصلية ، والحلقة الجليكوزيلية لمجال CH2 واحد ، والسكاريد القليل. تؤثر التفاعلات الشبكية بوضوح ، وربما تحدد أيضًا التشكل العام للجسم المضاد الذي لوحظ في هذه البلورة. تعمل مقارنة IgG1 مع هياكل الأجسام المضادة السليمة المحددة مسبقًا على توسيع نطاق التوافق الناتج عن المرونة القطاعية.

  • تبلور الأجسام المضادة وحيدة النسيلة السليمة
    Harris، L.J.، & nbspSkaletsky، E.، & nbsp McPherson، A.
    (1995) البروتينات ونبسب23: 285

قسم البيولوجيا الجزيئية والكيمياء الحيوية ، جامعة كاليفورنيا ، إيرفين ، كاليفورنيا 92697 ، الولايات المتحدة الأمريكية.


مفاهيم IMGT-Ontology

تحديد الهوية: IMGT & # x000AE الكلمات الرئيسية الموحدة

تم تحديد أكثر من 325 كلمة رئيسية معيارية IMGT & # x000AE (189 للتسلسلات و 137 للهياكل ثلاثية الأبعاد) بدقة (59). إنها تمثل المفردات الخاضعة للرقابة التي تم تعيينها أثناء عملية التعليق التوضيحي وتسمح بمعايير البحث الموحدة للاستعلام عن قواعد بيانات IMGT & # x000AE ولاستخراج التسلسلات والهياكل ثلاثية الأبعاد. تم إدخالهم في BioPortal في المركز الوطني لعلم الوجود الطبي الحيوي (NCBO) في عام 2010 2.

يتم تعيين كلمات رئيسية موحدة في كل خطوة من مراحل التخليق الجزيئي لـ IG. تم العثور على تلك المعينة لتسلسل النوكليوتيدات في & # x0201CDE & # x0201D (تعريف) و & # x0201CKW & # x0201D (كلمة أساسية) سطور لملفات IMGT / LIGM-DB (9). وهي تميز على سبيل المثال نوع الجين ونوع التكوين ونوع الوظيفة (59). هناك ستة أنواع من الجينات: المتغير (V) ، والتنوع (D) ، والانضمام (J) ، والثابت (C) ، والتقليدي مع القائد ، والتقليدي بدون القائد. أربعة منهم (V و D و J و C) تحدد جينات IG و TR وهي خاصة بعلم الوراثة المناعية. هناك أربعة أنواع من التكوين: الخط الجرثومي (للجينات V و D و J قبل إعادة ترتيب الحمض النووي) ، وإعادة ترتيبها (للجينات V و D و J بعد إعادة ترتيب الحمض النووي) ، وإعادة ترتيبها جزئيًا (للجين D بعد إعادة ترتيب الحمض النووي مرة واحدة فقط ) وغير محدد (للجين C والجينات التقليدية التي لا تعيد ترتيبها). يعتمد نوع الوظيفة على تكوين الجينات. النوع الوظيفي للجينات في السلالة الجرثومية أو التكوين غير المحدد وظيفي (F) ، إطار القراءة المفتوح (ORF) ، أو الجين الكاذب (P). نوع وظيفة الجينات في التكوين المعاد ترتيبها أو المعاد ترتيبه جزئيًا إما منتج [كودون بدون توقف في V & # x02013 (D) & # x02013J-المنطقة والتقاطع داخل الإطار] أو غير منتج [إيقاف كود (رموز) في V & # x02013 (D) & # x02013J-region و / أو تقاطع خارج الإطار].

تم تصنيف AA المعتادة العشرين في 11 فئة فيزيائية كيميائية IMGT (IMGT & # x000AE ، انظر نص الحاشية 1 ، IMGT Education & # x0003E Aide-m & # x000E9moire & # x0003E Amino acids). يتم وصف تغييرات AA وفقًا للمعالجة المائية (3 فئات) ، والحجم (5 فئات) ، وفئات IMGT الفيزيائية والكيميائية (11 فئة) (31). على سبيل المثال ، Q1 & # x0003E E (& # 43 & # 43 & # x02212) تعني أنه في تغيير AA (Q & # x0003E E) ، تنتمي AA في الكود 1 إلى نفس المعالجة المائية (& # 43) و حجم (& # 43) فئات ولكن لمختلف الخصائص الفيزيائية والكيميائية IMGT (& # x02212) فئات (31). تم تحديد أربعة أنواع من تغييرات AA في IMGT & # x000AE: متشابهة جدًا (& # 43 & # 43 & # 43) ، متشابهة (& # 43 & # 43 & # x02212 ، & # 43 & # x02212 & # 43) ، غير متشابهة (& # x02212 & # x02212 & # 43 ، & # x02212 & # 43 & # x02212 ، & # 43 & # x02212 & # x02212) ، ومختلفة جدًا (& # x02212 & # x02212 & # x02212).

الوصف: IMGT & # x000AE تسميات قياسية

تم تحديد أكثر من 560 ملصقًا قياسيًا IMGT & # x000AE (277 للتسلسلات و 285 للهياكل ثلاثية الأبعاد) بدقة (60). إنها مكتوبة بأحرف كبيرة (بدون جمع) ليتم التعرف عليها دون إنشاء مصطلحات جديدة. توجد التسميات المعيارية المعينة لوصف التسلسلات في سطور & # x0201CFT & # x0201D (ميزة) لملفات IMGT / LIGM-DB (9). يمثل الاستعلام عن هذه الملصقات زيادة كبيرة مقارنة بقواعد بيانات النوكليوتيدات العامة [GenBank / European Nucleotide Archive (ENA) / DNA Data Bank of Japan (DDBJ)]. وبالتالي من الممكن الاستعلام عن & # x0201CCDR3-IMGT & # x0201D للتسلسلات الإنتاجية التي أعيد ترتيبها بشريًا لـ IG-Heavy-Gamma (على سبيل المثال ، تم الحصول على 1733 CDR3-IMGT ، مع تسلسلها على مستوى النيوكليوتيد أو AA). تشمل الملصقات الأساسية V-REGION و D-REGION و J-REGION و C-REGION ، والتي تتوافق مع منطقة الترميز لجينات V و D و J و C. يتم عرض تسميات بنية IMGT للسلاسل والمجالات ومراسلاتهم مع تسميات التسلسل لـ IG البشري (الجدول 1) و TR البشري (الجدول 2) و MH (8) (الجدول 3). هذه الملصقات ضرورية لوصف موحد لتسلسلات وهياكل IG و TR و MH في قواعد البيانات والأدوات (60).

الجدول 1. تسميات مستقبلات الغلوبولين المناعي (IG) وسلسلة وهيكلة المجال والمراسلات مع تسميات التسلسل.


التعريب والوظيفة

التعبير عن الروابط B7

يقتصر التعبير عن B7.1 و B7.2 و PD-L2 على الخلايا الليمفاوية ، في حين يتم التعبير أيضًا عن ICOS-L و PD-L1 و B7-H3 و B7-H4 على الخلايا غير اللمفاوية ، مما يشير إلى أن لديهم أدوار مميزة في وظيفة المناعة. كما تم الإبلاغ عن تعبير PD-L1 و B7-H3 و B7-H4 في خطوط الخلايا السرطانية (الجدول 1) [27]. يتم التعبير عن جميع روابط B7 بواسطة الخلايا العارضة للمستضد ، بما في ذلك الخلايا التغصنية والخلايا الضامة والخلايا B ، والتي تعمل جميعها في بدء الاستجابات المناعية وتضخيمها (الجدول 1). تم الكشف عن مستويات منخفضة من التعبير البروتيني B7.2 في راحة الخلايا البائية والخلايا المتغصنة وتفعيل الضامة مما يؤدي إلى تعزيز التعبير B7.2 و من جديد التعبير عن B7.1. يتم التعبير عن ICOS-L بشكل أساسي في الخلايا الوحيدة البشرية والخلايا التغصنية ، ويتم تنظيم تعبيرها في حيدات بواسطة interferon-γ [3 ، 28].

يتم تنظيم التعبير عن PD-L1 و PD-L2 ، الروابط المستقلة لمستقبل PD-1 ، بشكل تفاضلي بواسطة السيتوكينات: interleukins IL-4 و IL-13 ينظمان PD-L2 [29 ، 30] ، في حين أن السيتوكينات الالتهابية ، الإنترفيرون بشكل أساسي -γ ، يعدل تعبير PD-L1 [3 ، 31]. يقتصر تعبير PD-L2 على الخلايا التغصنية والضامة ، بينما يتم التعبير عن PD-L1 أيضًا بواسطة الخلايا B و T والخلايا غير اللمفاوية. يشير التعبير النسيجي المتميز والتعديل الخلوي لـ PD-L1 و PD-L2 إلى أدوار غير متداخلة أثناء الاستجابة المناعية ، مع سيطرة PD-L1 في الأنسجة المحيطية و PD-L2 في الأعضاء اللمفاوية.

يتم التعبير عن B7-H3 و B7-H4 بشكل أساسي في الخلايا العارضة للمستضد ، ولكن ليس الإنسان [4 ، 10 ، 11 ، 32 ، 33]. لم يتم الكشف عن نصوص B7-H3 أو البروتين في استراحة الخلايا الليمفاوية في الدم المحيطي البشري [10 ، 11 ، 34 ، 35] ، ولكن في الخلايا التغصنية الفأرية ، يتم تنظيم التعبير B7-H3 عن طريق الإنترفيرون γ ويتم تنظيمه بواسطة IL-4 [36] ، مما يشير إلى أن B7-Hs قد ينظم الاستجابات المناعية بوساطة الخلايا التائية التائية من النوع الأول المساعد. يشير انخفاض مستوى التعبير عن بروتين B7-H4 في الأنسجة إلى أنه يمكن تنظيمه بعد النسخ [10 ، 11 ، 34 ، 35]. تعمل المنبهات الالتهابية والتنشيط على تنظيم التعبير السطحي للخلية B7-H4 في خلايا الفئران B [10] ولم يتم توضيح الآلية التي يحدث بها ذلك بعد. لم يتم تحديد مستقبلات B7-H3 و B7-H4 ، على الرغم من أن التعبير عن هذه الروابط ينظم الاستجابات المناعية [4 ، 10 ، 11 ، 32 ، 33 ، 35].

تفاعلات متعددة ونتائج وظيفية متعددة

تشارك روابط B7 في الاستجابات المناعية من خلال توفير إشارات التكلفة أو التثبيط المشترك عند ربط مستقبلاتها. تُعرَّف إشارات التكلفة بأنها تلك التي تعمل جنبًا إلى جنب مع إشارات مستقبلات المستضد ، مما يؤدي إلى تنشيط الخلية المنتجة وإنتاج عامل النمو وتمدد الخلية وبقائها على قيد الحياة (الشكل 4 أ). في المقابل ، تخفف إشارات التثبيط المشترك إشارات مستقبلات المستضد ، مما يؤدي إلى انخفاض تنشيط الخلية ، وتثبيط إنتاج عامل النمو ، وتثبيط تقدم دورة الخلية ، وفي بعض الحالات ، زيادة موت الخلية (الشكل 4 ب). يمثل By ligands B7.1 و B7.2 ومستقبلاتهما CD28 و CTLA-4 مثالًا على نظام التثبيط المشترك الذي يعمل على تنظيم الاستجابات المناعية. الفئران التي تعاني من نقص في B7.1 و B7.2 لديها عجز عميق في كل من الاستجابات المناعية الخلطية (إنتاج الأجسام المضادة) والاستجابات المناعية الخلوية [37]. وبالمثل ، فإن الفئران التي تعاني من نقص في مستقبلات CD28 غير قادرة على تكوين استجابات مناعية فعالة لمستضدات أجنبية أو مسببات الأمراض المعدية أو ترقيع الأنسجة الأجنبية (الطعوم الخيفية) [38]. وبالتالي ، فإن تفاعل B7.1 و B7.2 مع مستقبل CD28 ينتج عنه إشارات تكلفة تؤدي إلى التنشيط الإنتاجي والتوسع والتمايز والبقاء على قيد الحياة للخلايا التائية ، مما ينتج عنه استجابات مناعية خلوية وخلوية بوساطة الأجسام المضادة (الجدول 1). يتم الحفاظ على هذه الاستجابة المناعية الإنتاجية في حالة توازن من خلال إشارة التوهين التي يتم توصيلها من خلال تفاعلات مستقبلات B7-ligand-CTLA-4. وهكذا ، في الفئران التي تعاني من نقص في CTLA-4 ، يتطور نمط ظاهري شديد للمناعة الذاتية ، حيث تحدث الوفاة بعد 3-4 أسابيع من الولادة نتيجة تدمير العديد من الأعضاء [39 ، 40]. ومن المثير للاهتمام أن غياب إشارات B7.1 و B7.2 يضعف النمط الظاهري للمناعة الذاتية في الفئران ثلاثية الطافرات التي تعاني من نقص في B7.1 و B7.2 و CTLA-4 [41]. توضح هذه النتائج أن تفاعلات B7-CTLA-4 تتعارض مع تفاعلات B7-CD28 ، مما أدى إلى تنظيم دقيق لمستقبلات الخلايا التائية وإشارات CD28 وإنتاج الإنترلوكين 2 وتطور دورة الخلية.

التكلفة والتحويل. يمكن أن يؤدي ارتباط مستقبلات CD28 أو CTLA-4 على الخلايا التائية بواسطة روابط B7.1 و B7.2 على الخلايا العارضة للمستضد (APCs) إما إلى تحفيز التكلفة أو تثبيط النقود اعتمادًا على أنماط التعبير الدقيقة للمستقبلات والروابط وعلى حالة تفعيل الخليتين. (أ) يتم التعبير عن CD28 عند استراحة الخلايا التائية ويمكن إشراكه إما عن طريق B7.1 أو B7.2 على APCs. تفضل النماذج الحالية المشاركة التفضيلية بواسطة B7.2 ، مما يؤدي إلى تنشيط الخلايا التائية المريحة. يؤدي تقدير التكلفة هذا في الخلية التائية إلى زيادة إنتاج عوامل النمو ، مثل إنترلوكين 2 (IL-2) وزيادة إشارات بقاء الخلية ، مثل Bcl-X. تم أيضًا وصف الإشارات العكسية عن طريق ارتباط CD28 بـ B7.1 (غير موضح) أو روابط B7.2 مما يؤدي إلى إنتاج إنترلوكين -6 (IL-6) بواسطة APC. (ب) يتم التعبير عن كل من CD28 و CTLA-4 على الخلايا التائية المنشطة ، ويمكن إشراك كلا المستقبلين على الخلايا التائية بواسطة B7.1 أو B7.2 على الخلايا APCs. تفضل النماذج الحالية المشاركة التفضيلية لـ CTLA-4 بواسطة B7.1 ، مما يؤدي إلى إضعاف تنشيط الخلايا التائية. تم أيضًا وصف الإشارات العكسية عن طريق ارتباط CTLA-4 بـ B7.1 أو B7.2 (غير موضح) مما يؤدي إلى إنتاج indoleamine 2 ، 3-dioxygenase (IDO) وانخفاض مستويات التربتوفان في APC.

في الآونة الأخيرة ، تم الإبلاغ عن أن ارتباط B7.1 و B7.2 يؤدي إلى "إشارة عكسية" من خلال B7.1 و B7.2 [42 ، 43]. في الخلايا المتغصنة ، يؤدي تفاعل B7.1 أو B7.2 مع CTLA4.Ig ، وهو بروتين خيمري خيمري CTLA-4-immunoglobulin قابل للذوبان ، إلى إنتاج indoleamine 2،3-dioxygenase (IDO) وانخفاض مستويات التربتوفان ، مما يؤدي إلى تثبيط تكاثر الخلايا التائية وموت الخلايا [42] (الشكل 4 ب). في المقابل ، يؤدي استخدام B7.1 و B7.2 مع CD28.Ig إلى تحريض إنتاج IL-6 [43] (الشكل 4 أ). ومن المثير للاهتمام ، أن هذه الإشارات ثنائية الاتجاه يمكن أن تفسر زيادة بقاء الطعوم القلبية في CD28 -/- CTLA -/- عولجت الفئران بـ CTLA4.Ig [44]. مزيد من التوضيح لإشارات B7 العكسية ضروري إذا أردنا أن نفهم كيف يساهم ذلك في النتيجة الإجمالية لتفاعلات مستقبلات ليجند.

باختصار ، يمكن لـ B7.1 و B7.2 إما تحفيز الاستجابات المناعية أو تثبيطها من خلال التفاعل مع مستقبلاتها ، مما يوفر التحكم الزماني والمكاني للاستجابات المناعية. تنطبق نماذج مماثلة من حيث التكلفة والمثبطات على أعضاء آخرين من عائلة B7 ، كما هو موضح في الجدول 1 ، على الرغم من أن تفاصيل هذه المسارات لا تزال تظهر. يؤكد الحفاظ على عائلة B7 من الروابط في الأنواع ذات الأجهزة المناعية الخلوية على الأهمية الوظيفية للروابط B7 في تنظيم الإشارات التي تنقلها المستقبلات الخاصة بالمستضد على الخلايا المناعية.


هل توجد قاعدة بيانات لهيكل مجال الجلوبيولين المناعي؟ - مادة الاحياء

لقطة بيانات تجريبية

  • الطريقة: & nbspحيود الأشعة السينية
  • القرار: نبسب2.80 Å
  • R-Value Free: & nbsp0.297 نبسب
  • R- قيمة العمل: & nbsp0.209 نبسب
  • R- القيمة المرصودة: & nbsp0.209 نبسب

التحقق من صحة wwPDBونبسب ونبسبتقرير ثلاثي الأبعاد وتقرير كامل

هيكل مصقول لجسم مضاد أحادي النسيلة IgG2a سليم.

(1997) الكيمياء الحيوية & نبسب36: 1581-1597

  • PubMed: & nbsp9048542 & nbsp ابحث في PubMed
  • DOI: & nbsp10.1021 / bi962514 +
  • الاقتباس الأساسي من الهياكل ذات الصلة: & nbsp
    1IGT
  • ملخص PubMed: & nbsp

تم تحديد بنية الجسم المضاد أحادي النسيلة (Mab231) السليم والمضاد للكلاب (Mab231) عن طريق الاستبدال الجزيئي وصقله في خلية ثلاثية الميل إلى قيمة R تبلغ 20.9٪ ، باستخدام بيانات حيود السنكروترون من 2.8 إلى 20 أ. جميع أجزاء الجسم المضاد ، بما في ذلك منطقة المفصلة ومكون الكربوهيدرات ، مرئية في خرائط كثافة الإلكترون.

تم تحديد بنية الجسم المضاد أحادي النسيلة (Mab231) السليم والمضاد للكلاب (Mab231) عن طريق الاستبدال الجزيئي وصقله في خلية ثلاثية الميل إلى قيمة R تبلغ 20.9٪ ، باستخدام بيانات حيود السنكروترون من 2.8 إلى 20 أ. جميع أجزاء الجسم المضاد ، بما في ذلك منطقة المفصلة ومكون الكربوهيدرات ، مرئية في خرائط كثافة الإلكترون. لا يوجد تناظر شامل للجسم المضاد ، حيث يتم التخلص من Fc بطريقة مائلة تمامًا فيما يتعلق بـ Fabs. ومع ذلك ، فإن نطاقي CH2 و CH3 يمتلكان علاقة ثنائية محلية دقيقة تقريبًا. ترتبط مقاطع Fab بمحور ثنائي محلي ثانٍ مستقل ، دقيق فقط فيما يتعلق بالمجالات الثابتة. المجالات المتغيرة لا تظهر أي علاقة تناظر كنتيجة لاختلاف 16 درجة في زوايا الكوع Fab. اقترانات زوج المجال المتغير VL: VH لـ Fabs هي نفسها تقريبًا ، كما أن CDRs المقابلة لاثنين من Fabs متطابقة تقريبًا في الهيكل. يعرض CDR-H3 أكبر فرق. الحلقات مفرطة التغير لكل من Fabs متورطة في الاتصالات مع مقاطع Fc المرتبطة بالتناظر عند تقاطع مفتاح CH2-CH3 ، مما يشير إلى بنية "معقدة". الجزء المفصلي الذي يربط Fabs بـ Fc ممتد تمامًا ويعرض عوامل حرارية تدل على درجة عالية من التنقل. وهو يتألف من مفصل علوي محدد جيدًا يحافظ جزئيًا على تناظر الثنائي ونواة صلبة إلى حد ما يحدها فوق وأسفل البولي ببتيدات السائلة التي توفر مرونة قطعية. يمثل هذا الهيكل التصور الأول من خلال تحليل الأشعة السينية لقطعة Fc الفئران ، وتظهر نطاقات CH2 تغييرات كبيرة في توافق الجسم فيما يتعلق بـ Fc البشري المستخدم كنموذج بديل جزيئي أولي. تم العثور على السكريات القلة بالاختلاف في توليفات فورييه لتكون مشابهة جدًا لتلك الخاصة بجزء Fc البشري الحر ، على الرغم من وجود اختلافات في المخلفات النهائية. يظهر الهيكل التفصيلي لـ IgG المقدم هنا ، وتوزيع مواقع ربط المستجيب ، متسقًا مع آليات تنشيط المستجيب التي تتضمن الانتقال و / أو تجميع Fc بعد ربط مولد الضد بواسطة Fabs.

  • التركيب ثلاثي الأبعاد لجسم مضاد أحادي النسيلة سليم لمفومة الكلاب
    Harris، L.J.، & nbspLarson، S.B.، & nbspHasel، K.W.، & nbspDay، J.، & nbspGreenwood، A.، & nbspMcPherson، A.
    (1992) Nature & nbsp360: 369

قسم الكيمياء الحيوية ، جامعة كاليفورنيا ، ريفرسايد 92521 ، الولايات المتحدة الأمريكية.


معلومات عن IMGT & reg

IMGT & reg ، نظام المعلومات الدولي ImMunoGeneTics & reg ، http://www.imgt.org، التي أنشأتها ماري بول لفرانك في عام 1989 في مونبلييه ، فرنسا (Laboratoire d'ImmunoG & eacuten & eacutetique Mol & eacuteculaire (LIGM) ، جامعة مونبلييه (UM) والمركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي (CNRS)) مهمتها أن تكون المرجع العالمي في علم الوراثة المناعية والمعلوماتية المناعية.

IMGT & reg هو المسؤول ، منذ إنشائه ، عن اللجنة الفرعية للتسمية التابعة للاتحاد الدولي لجمعيات المناعة (IUIS) ، IMGT-NC ، عن تسمية الجينات والأليلات للجلوبيولينات المناعية (IG) أو الأجسام المضادة ومستقبلات الخلايا التائية (TR) من جميع أنواع الفقاريات ذات الفكين (gnasthostomata).

IMGT & reg ملحق بـ CNRS وجامعة مونبلييه ووزارة التعليم العالي والبحث والابتكار (MESRI).

IMGT & reg هو فريق من Institut de G & eacuten & eacutetique Humaine (IGH) ، UMR 9002 CNRS-University of Montpellier.

IMGT & # 174 المرفق والانتماء

دولي

  • علامة تجارية مسجلة لـ CNRS (الاتحاد الأوروبي ، كندا ، الولايات المتحدة).
  • لجنة التسمية IMGT (IMGT-NC) هي IUIS المناعية (IG) ، مستقبلات الخلايا التائية (TR) والتوافق النسيجي الرئيسي (MH) اللجنة الفرعية للتسمية (IMGT-NC) منذ عام 1992.
  • عضو مؤسسي أكاديمي في الرابطة الدولية للمعلوماتية الطبية (IMIA) منذ عام 2006.
  • شريك في البنية التحتية الأوروبية لعلوم الحياة للمعلومات البيولوجية (ELIXIR) IFB الفرنسية.
  • عضو التحالف العالمي لعلم الجينوم والصحة (GA4GH) منذ عام 2015.

وطني

  • عضو في Institut Fran & ccedilais de Bioinformatique (IFB) ، منذ إنشائه في ديسمبر 2014.
  • عضو GDR CNRS n & deg 3003 الجزيئية المعلوماتية الحيوية (BiM).
  • عضو GDR CNRS n & deg 3260 الأجسام المضادة والاستهداف العلاجي (ACCITH) (2009-2016).
  • المنصة الوطنية للبحوث في المعلوماتية الحيوية مع تسمية الأبحاث المشتركة بين المنظمات RIO (CEA ، CNRS ، INRA ، INSERM) ، منذ إنشاء RIO في عام 2001 وحتى إنشاء GIS IBiSA في عام 2007.
  • عضو في البنية التحتية لنظم المعلومات الجغرافية في البيولوجيا الصحية والهندسة الزراعية (IBiSA) ، وهو تنسيق منصات البحث في العلوم الحية ، منذ إنشاء نظام المعلومات الجغرافية في عام 2007.
  • عضو الشبكة الوطنية لمنصات المعلوماتية الحيوية (ReNaBi) (2007-2014).

أقاليمية

إقليمي

  • CNRS، D & eacutel & eacutegation R & eacutegionale Languedoc-Roussillon، DR13. منذ إنشاء IMGT & # 174 في عام 1989 (خطة Pluri-تشكيل 1999-2009).
  • تقنية الهضبة الكبرى للبحث والابتكار لانغدوك روسيون (GPTR) ، منذ إنشاء GPTR في عام 2005
  • منصة المعلوماتية الحيوية من مونبيلييه لانغدوك روسيون جينوبول & # 174.
  • عضو في GIS ، Genopole Montpellier Languedoc-Roussillon (حتى عام 2007 ، تم إنشاء GIS IBiSA).

الشهادات

سلطة IMGT & # 174

مدير IMGT (منذ 2015)صوفيا كوسيدا ([email protected]) ، أستاذة ، جامعة مونبلييه

مؤسس ومدير IMGT (1989-2014): Marie-Paul Lefranc ([email protected]) ، عضو أول في المعهد الجامعي الفرنسي ، أستاذ فخري ، جامعة مونبلييه (2015-2019)

إن Laboratoire d'ImmunoG & eacuten & eacutetique Mol & eacuteculaire (LIGM) (البروفيسور Marie-Paul Lefranc والبروفيسور G & eacuterard Lefranc) ، جامعة مونبلييه ، IGH (UMR 9002 CNRS-University of Montpellier) ، شارك لأكثر من 30 عامًا في علم الوراثة هيكل وتعدد الأشكال ووظيفة الغلوبولين المناعي (IG) ومستقبلات الخلايا التائية (TR).

تظهر المساهمة العلمية لـ LIGM من خلال المنشورات في المجلات الدولية ، والاتصالات ، والدعوات إلى المؤتمرات والندوات ، وعزل 40 المجسات الجينومية. هذه المجسات ، الصادرة عن ATCC (American Type Culture Collection) ، JCRB (بنك موارد أبحاث السرطان الياباني) و ICRF (الصندوق الإمبراطوري لأبحاث السرطان ، مركز الموارد الوراثية البشرية) ، تستخدم من قبل العديد من المختبرات في الخارج ، للبحث الأساسي والتطبيقات السريرية. بعض هذه المسابير هي أدوات قوية في توصيف الخلايا B و T ، وتحليل الاستنساخ في اللوكيميا والأورام اللمفاوية ، والمتابعة العلاجية (الأمراض المتبقية). 134 تم إرسال التسلسلات الجينية إلى قواعد بيانات EMBL / GenBank.

في عام 1989 ، بدأت LIGM IMGT / LIGM-DB ، وهي أول قاعدة بيانات متخصصة ومتكاملة حول الجلوبولين المناعي (IG) ومستقبلات الخلايا التائية (TR). منذ مايو 2000 وبسبب التوسع الكبير والنجاح في IMGT & # 174 ، نظام معلومات ImMunoGeneTics الدولي & # 174 ، تم تكريس النشاط العلمي LIGM بشكل أساسي للبحث والتطوير IMGT & # 174.

نظرة عامة على نظام المعلومات IMGT & # 174

IMGT & # 174 ، التي تأسست في مونبلييه في عام 1989 من قبل ماري بول لفرانك (جامعة وإيست مونبلييه 2 و CNRS) هي المرجع الدولي في علم الوراثة المناعية والمعلوماتية المناعية. IMGT & # 174 متخصص في تسلسل وجينات وتركيبات الغلوبولين المناعي (IG) أو الأجسام المضادة ، ومستقبلات الخلايا التائية (TR) ، وبروتينات التوافق النسيجي الرئيسية (MH) للفقاريات ، وبروتينات IgSF و MhSF الفائقة للفقاريات واللافقاريات ، وبروتينات الاندماج للمناعة. تطبيقات (FPIA) والبروتينات المركبة للتطبيقات السريرية (CPCA).

يتكون IMGT & # 174 من قواعد البيانات والأدوات التفاعلية وموارد الويب. يستخدم IMGT & # 174 من قبل الباحثين في المختبرات الأكاديمية والصيدلانية في مجالات بحث متعددة:

  • بحث أساسي،
  • البحوث الطبية (تحليل ذخيرة من الأجسام المضادة ومواقع التعرف على مستقبلات الخلايا التائية في الحالات الطبيعية (العدوى والسرطانات) والشاذة (أمراض المناعة الذاتية ، ونقص المناعة) والاستجابات المناعية والمتلازمات التكاثرية (اللوكيميا والأورام اللمفاوية والأورام النخاعية)) ،
  • البحوث البيطرية (دراسة ذخيرة IG و TR في الأنواع المحلية والبرية) ،
  • البحث الجينومي (دراسة تنوع وتطور جينات الاستجابة المناعية التكيفية) ،
  • البحث في البيولوجيا الهيكلية (تطور مجالات البروتين IgSF و MhSF) ،
  • المشاريع المتعلقة بالتكنولوجيا الحيوية لمنظمة البروتينات البشرية (HUPO) وهندسة الجسم المضاد (سلسلة أحادية متغيرة للجزء scFv و Fab والمكتبات التوافقية وعرض الملتهمة والأجسام المضادة الخيمرية والمتوافقة مع البشر والأجسام المضادة البشرية) ،
  • التشخيص والتشخيص والمراقبة العلاجية لسرطان الدم والأورام اللمفاوية والأورام النخاعية (تحديد الاستنساخ الخبيث وتقييم الأمراض المتبقية) ،
  • الأساليب العلاجية (الطعوم ، العلاج المناعي ، علم التطعيمات).

تم تسمية IMGT & # 174 باسم Bioinformatics Platform RIO (2001) ، IBiSA (منذ 2007) ، تقنية Grand Plateau للبحث والابتكار لانغدوك روسيون (منذ 2005) ، Canc & eacuterop & ocircle Grand Sud-Ouest، ReNaBi، GDR CNRS: BiM، ACCITH، Labex MabImprove ، عضو مؤسسي أكاديمي في الرابطة الدولية للمعلوماتية الطبية (IMIA) (منذ عام 2006). IMGT & # 174 حاصل على شهادة ISO 9001 (منذ 2010) و NFX 50-900 (منذ 2014).

قواعد بيانات

جميع قواعد البيانات متاحة على الموقع http://www.imgt.org

قواعد بيانات التسلسل

    (LIGM ، مونبلييه ، فرنسا) (ANRI ، BPRC ، مستضاف في EBI ، Hinxton ، المملكة المتحدة) (LIGM ، مونبلييه ، EUROGENTEC ، بلجيكا) (LIGM ، مونبلييه ، فرنسا)

قاعدة بيانات الجينات

قاعدة بيانات هيكلية ثلاثية الأبعاد وثنائية الأبعاد

قاعدة بيانات الأجسام المضادة وحيدة النسيلة

أدوات تفاعلية على الإنترنت

جميع الأدوات التفاعلية على الإنترنت متاحة على http://www.imgt.org

تحليل التسلسل

تحليل الجينات

تحليل الهيكل ثنائي الأبعاد وثلاثي الأبعاد

موارد الويب

جميع موارد الويب IMGT متاحة على http://www.imgt.org

    (تمثيلات الموقع ، جداول الجينات ، محاذاة الأليل ، تمثيلات ثنائية الأبعاد (أو IMGT Colliers de Perles) ، تمثيلات ثلاثية الأبعاد) (قواعد المخطط العلمي) (فهرس مرجعي) (العديد من الروابط) (صفحات تعليمية)

يتوفر IMGT & # 174 على الويب منذ يوليو 1995. يزود IMGT & # 174 علماء الأحياء والباحثين والأطباء بواجهة سهلة الاستخدام وودية. يتمتع IMGT & # 174 باستجابة استثنائية مع أكثر من 150.000 جلسة عمل شهريًا. يتم توزيع الزوار بالتساوي بين الاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة وبقية العالم. يتم أيضًا توزيع بيانات IMGT / LIGM-DB بواسطة HTTP أو FTP. يمكن البحث عن IMGT / LIGM-DB بواسطة BLAST أو FASTA على خوادم مختلفة (EBI ، Institut Pasteur ، IGH.).

من خلال جودته العالية وسهولة توزيع البيانات ، فإن IMGT & # 174 له آثار مهمة في البحث الطبي (ذخيرة في أمراض المناعة الذاتية والأمراض المعدية ، والإيدز ، وسرطان الدم ، والأورام اللمفاوية ، والأورام النخاعية ، والحساسية) ، والبحوث البيطرية ، وعلم الجينوم الوظيفي ، وتنوع الجينوم ، ودراسات تطور الجينوم وعلم الجينوم المقارن لجهاز المناعة التكيفي ، والتكنولوجيا الحيوية المتعلقة بهندسة الأجسام المضادة (المكتبات التوافقية ، وعروض الملتهمة ، وشظية أحادية السلسلة scFv ، والأجسام المضادة البشرية والخيمرية) ، والتشخيص (الكشف عن الأمراض المتبقية ومتابعتها) ، والأساليب العلاجية (الطعوم ، العلاج المناعي ، علم اللقاحات).

أصبح IMGT & # 174 المرجع الدولي في علم الوراثة المناعية والمعلوماتية المناعية. في طليعة علم المناعة والمعلوماتية الحيوية ، يعد IMGT & # 174 قاعدة بيانات متكاملة لا تقدر بثمن لكل من البحوث الأساسية والصيدلانية والبيطرية والسريرية.

IMGT & reg ، نظام المعلومات الدولي ImMunoGeneTics & reg (موارد IFB-ELIXIR)

وصف المورد

IMGT & reg ، نظام المعلومات الدولي ImMunoGeneTics & reg (http://www.imgt.org) هو المرجع العالمي في علم الوراثة المناعية والمعلوماتية المناعية ، تم إنشاؤه في عام 1989 بواسطة ماري بول ليفرانك (جامعة مونبلييه وسي إن آر إس). IMGT & reg هو مورد معرفي متكامل عالي الجودة متخصص في الغلوبولين المناعي (IG) أو الأجسام المضادة ، ومستقبلات الخلايا التائية (TR) ، والتوافق النسيجي الرئيسي (MH) للأنواع البشرية والفقاريات الأخرى ، وفي عائلة الغلوبولين المناعي (IgSF) ، عائلة MH ( MhSF) والبروتينات ذات الصلة في الجهاز المناعي (RPI) للفقاريات واللافقاريات. يوفر IMGT & reg وصولًا مشتركًا إلى بيانات الجينات المناعية المتسلسلة والجينوم والهيكل ، بناءً على مفاهيم IMGT-ONTOLOGY وعلى قواعد المخطط العلمي IMGT. يعمل IMGT & reg في تعاون وثيق مع EBI (أوروبا) و DDBJ (اليابان) و NCBI (الولايات المتحدة الأمريكية). وبشكل أكثر تحديدًا ، يستخدم IMGT & reg نفس أرقام الانضمام لتسلسل النيوكليوتيدات مثل ENA و GenBank و DDBJ. تمت الموافقة رسميًا على جينات IMGT من قبل لجنة التسميات HUGO (HGNC) منذ عام 1999 وتستخدمها Ensembl (Hinxton ، المملكة المتحدة) ، NCBI Gene (التي لها روابط مباشرة إلى IMGT / GENE-DB وهي قاعدة البيانات المرجعية الدولية لجينات IG و TR).

يتكون IMGT & reg من 7 قواعد بيانات (IMGT / LIGM-DB ، IMGT / GENE-DB ، إلخ) و 17 أداة تفاعلية على الإنترنت لتحليل التسلسلات (IMGT / V-QUEST وإصداره عالي الإنتاجية IMGT / HighV-QUEST لتسلسل الجيل التالي (NGS) ، IMGT / DomainGapAlign ، إلخ) ، وتحليل الجينات وثلاثي الأبعاد (3D) الهياكل. يوفر IMGT & reg أيضًا ملفات قائمة بذاتها وأكثر من 20000 صفحة من موارد الويب. يتم توفير تمثيل تخطيطي لتبادل البيانات في الشكل الوارد أدناه. يعتبر مورد IMGT & reg فريدًا: لا يوجد ما يعادله في الولايات المتحدة الأمريكية أو في أي مكان آخر في العالم.

المحققون الرئيسيون:

سنة التأسيس

حالة دورة الحياة:

ملخص :

IMGT & reg ، نظام المعلومات الدولي ImMunoGeneTics & reg (http://www.imgt.org) يتكون IMGT & reg من 7 قواعد بيانات (أسطوانات) و 17 أداة (مستطيلات). يوفر IMGT & reg أيضًا (غير معروض) IMGT / StatClonotype ، أداة جديدة قائمة بذاتها تقوم بإجراء مقارنة إحصائية لمجموعتين من النتائج من IMGT / HighV-QUEST لتسلسل الجيل التالي (NGS) (1000000 تسلسل لكل دفعة) وأكثر من 20000 صفحة من الويب مصادر.

الوصول إلى الخدمة / المورد:

    تأتي البيانات التي تقدمها عقدة ELIXIR الفرنسية من مصادر أكاديمية وهي متاحة للجمهور تأتي البيانات المقدمة من IMGT & reg من مصادر أكاديمية وهي متاحة للجمهور. ست قواعد بيانات IMGT متاحة للجمهور للمستخدمين الأكاديميين: IMGT / LIGM-DB (قاعدة بيانات IMGT & reg nucleotide (196440 تسلسل من 354 نوعًا في مارس 2020) ، IMGT / PRIMER-DB (قاعدة بيانات IMGT & regprimer) ، IMGT / GENE-DB (ال قاعدة بيانات الجينات IMGT & reg (7759 جينًا و 10069 أليلات من 31 نوعًا ، منها 723 جينًا و 1629 أليلات لـ الانسان العاقل و 871 جينًا و 1321 أليلاً لـ موس العضلات في مارس 2020) ، IMGT / 2Dstructure-DB (للأجسام المضادة والبروتينات الأخرى التي لا يتوفر لها الهيكل ثلاثي الأبعاد) و IMGT / 3Dstructure-DB (للهياكل ثلاثية الأبعاد ، وتحليل التلامس والتفاعلات المظلية / الحاتمة لـ IG / antigen و TR / مجمعات الببتيد- MH) ، IMGT / mAb-DB (واجهة للأجسام المضادة العلاجية وبروتينات الاندماج للتطبيقات المناعية (FPIA). IMGT / CLL-DB ، تتطلب كلمة مرور لأنها مكان عمل لمجموعة من الأطباء وتحتوي على تسلسلات من المرضى قبل التقديم إلى قواعد البيانات العامة (ENA ، GenBank ، DDBJ) والمنشورات.

المؤشرات المستخدمة لقياس جودة وتأثير الخدمة / المورد

قصص متعدية

من خلال إنشائها في عام 1989 ، تميز IMGT & reg بظهور المعلوماتية المناعية ، والتي ظهرت في التفاعل بين علم الوراثة المناعية والمعلوماتية الحيوية. For the first time, immunoglobulin (IG) or antibody and T cell receptor (TR) variable (V), diversity (D), joining (J), and constant (C) genes were officially recognized as "genes" as well as the conventional genes. This major breakthrough allowed genes and data of the complex and highly diversified adaptive immune responses to be managed in genomic databases and tools.
The IMGT® الانسان العاقل IG and TR gene names were approved by the Human Genome Organisation (HUGO) Nomenclature Committee (HGNC) in 1999 and were endorsed by the WHO-IUIS Nomenclature Subcommittee for IG and TR. The IMGT® IG and TR gene names are the official international reference and, as such, have been entered in IMGT/GENE-DB, in the Genome Database (GDB), in LocusLink at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) USA, in Entrez Gene (NCBI) when this database (now designated as "Gene") superseded LocusLink, in NCBI MapViewer, in Ensembl at the European Bioinformatics Institute (EBI), and in the Vertebrate Genome Annotation (Vega) Browser at the Wellcome Trust Sanger Institute (UK). HGNC, Gene NCBI, Ensembl, and Vega have direct links to IMGT/GENE-DB.
IMGT® human IG and TR genes were also integrated in IMGT-ONTOLOGY on the NCBO BioPortal and, on the same site, in the HUGO ontology and in the National Cancer Institute (NCI) Metathesaurus. Since 2007, IMGT® gene and allele names have been used for the description of the therapeutic mAb and FPIA of the WHO INN Programme. Amino acid sequences of human IG and TR constant genes (e.g., الانسان العاقل IGHM, IGHG1, IGHG2) were provided to UniProt in 2008. The current collaboration has for aim the entry of the الانسان العاقل germline IG variable genes in UniProt.
As an ELIXIR resource, IMGT® will actively pursue the current collaborations with the different genome databases of species newly sequenced and the laboratories engaged in the characterization of the IG and TR genes (UK, Italy, USA, etc.). Indeed the same IMGT concepts IDENTIFICATION (standardized keywords), DESCRIPTION (labels), CLASSIFICATION (gene and allele nomenclature), NUMEROTATION (IMGT unique numbering) and IMGT Scientific chart rules are used whatever the species from fishes to humans.

IMGT® is the international reference resource for standardized analysis of the adaptive immune responses in humans and other vertebrate species

IMGT® high-quality and integrated system provides the resource for the standardized analysis of the expressed IG and TR repertoire of the adaptive immune responses in humans and other vertebrate species (e.g., animal models). They are used in basic, veterinary, and medical research, and are at the forefront of major methodological advances and medical implications. Examples of clinical applications (mutation analysis in leukemia and lymphoma, NGS repertoire analysis of the adaptive immune responses) and of pharmaceutical research and biotechnology (therapeutic antibody engineering and humanization) are given below.

    Mutation analysis in leukemia and lymphoma

IMGT/V-QUEST is frequently used by clinicians for the analysis of IG somatic hypermutations in leukemia, lymphoma, and myeloma, and more particularly in chronic lymphocytic leukemia (CLL) in which a low percentage of mutations of the rearranged IGHV gene in the VH of the leukemic clone has a poor prognostic value for the patients. For this evaluation, IMGT/V-QUEST is the standard recommended by the European Research Initiative on CLL (ERIC) for comparative analysis between laboratories. The sequences of the V-(D)-J junctions determined by IMGT/JunctionAnalysis are also used in the characterization of stereotypic patterns in CLL and for the synthesis of probes specific of the junction for the detection and follow-up of minimal residual diseases (MRD) in leukemias and lymphomas. A new era is opening up in hemato-oncology with the use of NGS for analysis of the clonality and MRD identification, making IMGT® standards usage more needed as ever.

  • More than 21 billions of sequences analyzed to date (March 2020)
  • 3203 users from 46 countries (43% from USA, 34% from EU, 23% from the remaining world) (March 2020)

The therapeutic monoclonal antibody engineering field represents the most promising potential in medicine. IMGT® standards usage is needed more than ever before in antibody humanization and engineering, IG and TR engineering for immunotherapy, search of new specificities and targets, paratope/epitope characterization as demonstrated by the IMGT/DomainGapAlign tool and the IMGT/2Dstructure-DB, IMGT/3Dstructure-DB and IMGT/mAb-DB databases. Indeed, a standardized analysis of IG genomic and expressed sequences, structures, and interactions is crucial for a better molecular understanding and comparison of the mAb specificity, affinity, half-life, Fc effector properties, and potential immunogenicity. IMGT-ONTOLOGY concepts have become a necessity for IG loci description of newly sequenced genomes, antibody structure/function characterization, antibody engineering [single chain Fragment variable (scFv), phage displays, combinatorial libraries] and antibody humanization (chimeric, humanized, and human antibodies). IMGT® standardization allows repertoire analysis and antibody humanization studies to move to novel high-throughput methodologies with the same high-quality criteria. The CDR-IMGT lengths are now required for mAb INN applications and are included in the WHO INN definitions, bringing a new level of standardized information in the comparative analysis of therapeutic antibodies.

Funding of the service/resource

(1) IMGT® is a team of the Institut de Génétique Humaine (IGH, UMR 9002 CNRS-University of Montpellier). The permanent positions depend on the French Ministère de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur. The present and former IMGT® directors are Professors of the University of Montpellier. There are 5 permanent positions: 2 from the University (1 PU, 1 research engineer IR) and 3 from CNRS (1 research engineer IR, 2 engineers IE).

(2) The salaries of the 8-10 CDD IE CNRS (biocurators, bioinformaticians) (turn-over of 3 years) are financed on pharmaceutical industry agreements with CNRS.

(3) Biocampus, Unité Mixte de Service (UMS 3426 CNRS - US 09 INSERM - UM), contributes to the renewal of PC and/or servers.

(4) IMGT/HighV-QUEST is granted access to the [email protected] and to the High Performance Computing (HPC) resources of the Centre Informatique National de l'Enseignement Supérieur (CINES) and to Très Grand Centre de Calcul (TGCC) of the Commissariat l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA) under the allocation [036029] (2010-2020) made by GENCI (Grand Equipement National de Calcul Intensif).

Previous funding sources include several EU grants (BIOMED, BIOTECH, 5th PCRDT, 6th PCRDT), IBiSA, ANR and Region Languedoc-Roussillon funding (listed on the web site).

SAB evaluating the resource

IMGT® has an international Scientific Committee since 1994. IMGT® is regularly evaluated scientifically by the SAB of the IGH (UMR 9002 CNRS-University of Montpellier).

Updates

IMGT® databases, tools and Web resources are constantly updated. New version numbers and dates are indicated on the web site and the users have the possibility to subscribe to the IMGT news RSS to be informed.

Recent citations (over the last three years)

Radtanakatikanon A., Keller S.M., Darzentas N., Moore P.F., Folch G., Nguefack Ngoune V., Lefranc M.-P., Vernau W. Topology and expressed repertoire of the Felis catus T cell receptor loci. علم الجينوم BMC. 2020 Jan 621(1):20. doi: 10.1186/s12864-019-6431-5. PMID: 31906850

Magadan S., Krasnov A., Hadi Saljoqi S., Afanasyev S., Mondot S., Lallias D., Castro R., Salinas I., Sunyer O., Hansen J., Koop B.F., Lefranc M-P., Boudinot P. Standardized IMGT® nomenclature of Salmonidae IGH genes, the paradigm of Atlantic salmon and rainbow trout: from genomics to repertoires. أمام. Immunol., 12 November 2019 doi: 10.3389/fimmu.2019.02541. PMID: 31798572

Mondot S., Lantz O., Lefranc M.-P., Boudinot P. The T cell receptor (TRA) locus in the rabbit (Oryctolagus cuniculus): Genomic features and consequences for invariant T cells. Eur J Immunol. 2019 Jul 29. doi: 10.1002/eji.201948228. [النشر الإلكتروني قبل الطباعة]. PMID: 31355919

Lefranc M-P. Lefranc G. IMGT® and 30 years of Immunoinformatics Insight in Antibody V and C Domain Structure and Function. In Jefferis R Strohl W. R., Kato K. Antibodies (Basel). 2019 Apr 118(2) 29. pii: E29. doi: 10.3390/antib8020029. PMID: 31544835

Ohlin M., Scheepers C., Corcoran M., Lees W.D., Busse C.E., Bagnara D., Thörnqvist L., Bürckert J.-P., Jackson K.J.L., Ralph D., Schramm C.A., Marthandan N., Breden F., Scott J., Matsen IV F.A., Greiff V., Yaari G., Kleinstein S.H., Christley S., Sherkow J.S., Kossida S., Lefranc M.-P., van Zelm M.C., Watson C.T., Collins A.M. Inferred allelic variants of immunoglobulin receptor genes: a system for their evaluation, documentation, and naming. Front Immunol. 2019 March 18. doi.org/10.3389/fimmu.2019.00435 Open access. PMID: 30936866 2018

Xochelli A, Bikos V, Polychronidou E, Galigalidou C, Agathangelidis A, Charlotte F, Moschonas P, Davis Z, Colombo M, Roumelioti M, Sutton L-A, Groenen P, van den Brand M, Boudjoghra M, Algara P, Traverse-Glehen A, Ferrer A, Stalika E, Karypidou M, Kanellis G, Kalpadakis C, Mollejo M, Pangalis G, Vlamos P, Amini R-M, Pospisilova S, Gonzalez D, Ponzoni M, Anagnostopoulos A, Giudicelli V, Lefranc M-P, Espinet B, Panagiotidis P, Piris MA, Du M-Q, Rosenquist R, Papadaki T, Belessi C, Ferrarini M, Oscier D, Tzovaras D, Ghia P, Davi F, Hadzidimitriou A, Stamatopoulos K. Disease-biased and shared characteristics of the immunoglobulin gene repertoires in marginal zone B cell lymphoproliferations. J Pathol. 2018 Nov 28. doi: 10.1002/path.5209. [النشر الإلكتروني قبل الطباعة]. PMID: 30484876

Lefranc M-P, Ehrenmann F., Kossida S., Giudicelli V., Duroux P. Use of IMGT® databases and tools for antibody engineering and humanization. In Nevoltris D and Chames P. (Eds) Antibody engineering, Humana Press, Springer, New York, USA. Methods Mol Biol. 20181827:35-69. doi: 10.1007/978-1-4939-8648-4_3. PMID: 30196491

Bradbury ARM, Trinklein ND, Thie H, Wilkinson IC, Tandon AK, Anderson S, Bladen CL, Jones B, Aldred SF, Bestagno M, Burrone O, Maynard J, Ferrara F, Trimmer JS, Görnemann J, Glanville J, Wolf P, Frenzel A, Wong J, Koh XY, Eng HY, Lane D, Lefranc M-P, Clark M, Dübel S. When monoclonal antibodies are not monospecific: hybridomas frequently express additional functional variable regions MAbs. 2018 May/Jun10(4):539-546. doi: 10.1080/19420862.2018.1445456. Epub 2018 Mar 29. PMID: 29485921 Free PMC Article.

Han SY, Antoine A, Howard D, Chang B, Chang WS, Slein M, Deikus G, Kossida S, Duroux P, Lefranc M-P, Sebra RP, Smith ML, Fofana IBF. Coupling of single molecule, long read sequencing with IMGT/HighV-QUEST analysis expedites identification of SIV gp140-specific antibodies from scFv phage display libraries. Front Immunol. 2018 Mar 19:329. doi: 10.3389/fimmu.2018.00329 Open access. PMID: 29545792

Martin J, Ponstingl H, Lefranc M-P, Archer J, Sargan D, Bradley A. Comprehensive annotation and evolutionary insights into the canine (Canis lupus familiaris) antigen receptor loci. Immunogenetics. 2018 Apr 70(4):223-236. doi: 10.1007/s00251-017-1028-0. Epub 2017 Sep 19. PMID: 28924718


Is there a database for immunoglobulin domain structure? - مادة الاحياء

I Historical questions

II.1 Light chains (kappa or lambda)

II.1.1 Kappa chain: V-J rearrangements
II.1.2 Lambda chain: V-J rearrangements
II.1.3 Allele exclusion and isotype

II.2.1 V-D-J rearrangements
II.2.2 Isotype switching

II.3 Membrane and secreted Igs

III.1. Germline diversity: multigene families
III.2. Diversity due to DNA rearrangements
III.3. Diversity as a result of somatic hypermutations

An immunoglobulin (Ig) consists of 2 identical light chains (L) and 2 identical heavy chains (H) (for example IgG-type) at the three-dimensional level, an Ig chain consists of one N-terminal variable domain, V, and one (for an L chain) or several (for an H chain) C-terminal constant domain(s), C.

The cells of the B line synthesize immunoglobulins. They are either produced at a membrane (on the surface of the B-lymphocytes) or are secreted (by the plasmocytes).

As soon as the main characteristics of the immunoglobulins were discovered, a number of questions arose:

II.1. Light chains (kappa or lambda)

II.1.1. Kappa chain: V-J rearrangements

NOTE: Only the genes for the immunoglobulins and T-receptors undergo DNA rearrangement.

Each IGKV gene is followed downstream (in the 3' position) by an RS consisting of a CACAGTG heptamer, and then by a 12-bp spacer, and then an ACAAAAACC nonamer.

Each IGKJ gene is preceded upstream (in the 5' position) by an RS consisting, between 5' and 3', of a GGTTTTTGT nonamer, a 23-bp spacer and a CACTGTG heptamer.

II.1.2. Lambda chain: V-J rearrangements

II.1.3. Allele exclusion and isotype

II.3. Membrane and secreted Igs

III.1. Germline diversity: multigene families

III.2. Diversity due to DNA rearrangements

III.3.Diversity as a result of somatic hypermutations

Finally, somatic mutations are extremely numerous (somatic hypermutations) and produce very targeted characterization of the rearranged V-J and V-D-J genes of the Ig, but their mechanism of onset is not yet known. AID (activation-induced cytidine deaminase) may be implicated both in the occurrence of the mutations and the switch mechanism. The mutations appear during the differentiation of the B lymphocyte in the lymph glands and contribute to increasing the diversity of the Igs by a further factor of 10 3 , which makes it possible to achieve a potential diversity of 10 12 different Igs (answer to question A).

These different mechanisms of diversity make it possible to obtain 10 12 different immunoglobulins, capable of responding to the several million known antigens (answer to question A).

The number of different Igs is in fact limited by the number of B cells in a given species.


CATH / Gene3D الإصدار 4.3

هيكل ثلاثي الأبعاد

اكتشف الهيكل ثلاثي الأبعاد الذي يعتمده البروتين الخاص بك

تطور البروتين

تعرف على عائلة بروتين معينة وكيف تطورت

وظيفة البروتين

تحقق من وظيفة البروتين الخاص بك

المواقع المحفوظة

انظر إلى مواقع البروتين المحفوظة بشكل كبير والمتورطة في الوظيفة

تحميل البيانات

تنزيل ملفات البيانات والاستعلام عن CATH عبر خدمات الويب

يتعلم أكثر

اكتشف كيف يتم إنشاء CATH وصيانتها ، وكيفية الارتباط بـ CATH والمزيد

ما هو CATH-Gene3D؟

CATH هو تصنيف لهياكل البروتين التي تم تنزيلها من بنك بيانات البروتين. نقوم بتجميع مجالات البروتين في عائلات فائقة عندما يكون هناك دليل كاف على أنها تباعدت عن سلف مشترك.

يستخدم Gene3D المعلومات الموجودة في CATH للتنبؤ بمواقع المجالات الهيكلية على ملايين تسلسلات البروتين المتاحة في قواعد البيانات العامة. يتيح لنا ذلك تضمين تعليقات توضيحية إضافية لقاعدة بيانات CATH-Gene3D مثل المعلومات الوظيفية ومخلفات الموقع النشطة.

إذا كانت لديك أي أسئلة أو تعليقات أو اقتراحات ، فيرجى الاتصال عبر Twitter أو طرح سؤال في منتدانا عبر الإنترنت أو زيارة صفحة الدعم الخاصة بنا.

أحدث معلومات عن إحصاءات الإصدار

CATH-Plus 4.3.0.0 تحديث CATH (لقطة يومية)
إصدار PDB 01-07-2019 25-06-2021
المجالات 500238 536769
العائلات الفائقة 5481 6631
PDBs مشروحة 150885 171854

برنامج Gene3D v21
تسلسل البروتين82,665,384
توقعات مجال CATH151,013,797

نقلا عن هذا المورد

إذا وجدت المعلومات الواردة في هذا المورد مفيدة ، فيرجى التفكير في استخدام الاستشهادات التالية:


Format an alignment

We make all of our alignments available in Stockholm format. You can download them here as raw, plain text files or as gzip-compressed files.

بذرة
(48)
ممتلىء
(246980)
Representative proteomes UniProt
(496724)
RP15
(35951)
RP35
(110042)
RP55
(245928)
RP75
(340014)
Raw Stockholm تحميل تحميل تحميل تحميل تحميل
Gzipped تحميل تحميل تحميل تحميل تحميل

You can also download a FASTA format file containing the full-length sequences for all sequences in the full alignment.


شاهد الفيديو: ما هو تركيب الجسم المضاد المناعي Antibody Structure (قد 2022).