معلومة

ارتباط الحمض النووي غير المشفر بالحمض النووي المشفر

ارتباط الحمض النووي غير المشفر بالحمض النووي المشفر


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لقد قمت بتسلسل أول إكسون من جين MC1R المكون من 15 لابرادورًا (الحمض النووي الجيني) للبحث عن طفرة فقدان الوظيفة (C.916C> T) وكما هو متوقع ، كان المكان الذي كان ينبغي أن يكون فيه (زوج القاعدة 916). عندما قارنت تعدد الأشكال مع النمط الظاهري للكلاب ، وجدت طفرة ثانية ترتبط أيضًا بنسبة 100 ٪ بالنمط الظاهري للكلاب. تقع الطفرة في 45 زوجًا أساسيًا قبل كودون البداية للإكسون الأول. بقدر ما أشعر بالقلق ، لا ينبغي أن تكون المنطقة التي تقع مباشرة قبل exon الأول جزءًا من DNA الترميز. إذا كان الأمر كذلك ، فلماذا تم الحفاظ على هذه الطفرة التطورية؟ أم أنني ببساطة مخطئ في أن الطفرة قبل أول إكسون يمكن أن تكون أيضًا جزءًا من جين MC1R (بمعنى أنه سيكون هناك intron قبل exon الأول لست متأكدًا مما إذا كان ذلك ممكنًا)؟


إذا كان لديك طفرتان مختلفتان (بغض النظر عن مكان تواجدهما فيما يتعلق بالمنتج الجيني النهائي) ، وكلاهما مرتبطان تمامًا بنمط ظاهري معين ، (وقد رفضت أي سبب محتمل آخر) ، فلا يمكنك القول رسميًا ، إذا كان الطفرة الأولى ، أو الثانية ، أو كلتا الطفرتين مطلوبة لنمطك الظاهري. (على الرغم من أنه يمكنك إجراء تخمينات مستنيرة أو الاعتماد على معلومات خارجية ...)

لا يجب أن تكون طفرات فقدان الوظيفة في منطقة ترميز البروتين (ولكن ببساطة في جزء واحد من الجينوم ، وهو مطلوب للتعبير عن الجين تجاه النمط الظاهري).

يمكن أيضًا أن يكون تعدد الأشكال محايدًا - خاصةً في الحيوانات المرباة / المختارة صناعياً ، مثل الحيوانات الشبيهة بالذئب التي نسميها الآن لابرادور. يمكنك بسهولة تصور سيناريو حيث توجد بعض الطفرات المحايدة في الفرد ، والتي سيكون لها طفرة مرغوبة / قابلة للاختيار. إذا كانت هذه الطفرة المحايدة في نطاق 100 نقطة أساس من الطفرة المحددة ، فمن غير المحتمل أن يتم فصلها عن السمة / الطفرة المختارة.


المنطقة في المنبع mRNA لموقع البدء هي 5 'UTR ؛ 5 'منطقة غير مترجمة. في بعض الأحيان ، تحتوي UTRs على وظائف تنظيمية. أو ، قد تكون طفرة UTR على طول الطريق ، وليس لها أي تأثير على الإطلاق. لا يمكنك عمومًا النظر إلى SNP غير المشفر ومعرفة ما إذا كان يعمل بدون معلومات أخرى ما لم يعبث بأحد القواعد القليلة الأولى لموقع لصق معروف.

تحرير: ما زلت لا أفهم. هل الطفرة في أول إكسون ، قبل كودون البدء ، أم أنها في بداية أول إكسون؟ لا يوجد موقع لصق في المنبع لأول إكسون.


فقط للتوضيح هو أن الطفرة 45 نقطة أساس في المنبع من موقع بدء البروتين ، وخارج أول إكسون. (لا يحتوي exon الأول المطلوب على موقع بدء البروتين. هناك mRNA حيث يكون موقع بدء البروتين في exon الثاني)

1 - لا يبدأ mRNA الخاص بك من حيث تعتقد أنه يبدأ. بروتينات الثدييات لها أشكال إسوية متعددة. وربما يكون للبروتين الذي يهمك شكل إسوي وظيفي مع موقع بدء بديل أعلى المنبع.

2 - اللابرادور من السلالات الفطرية. معظم سلالات الكلاب فطرية. ربما الطفرة خارج exon موجودة فقط للركوب.

3- تسبب الطفرة في تلف المحفز. الجين الخاص بك على ما يرام. ولكن نظرًا لأن المروج كان طفرة ، فإن التعبير الجيني الآن أقل من المستويات المطلوبة للنمط الظاهري الطبيعي الرئيسي.

4- تم تفويت التعليق التوضيحي على بداية أول exon. الطفرة موجودة في exon ، وتحديداً 5UTR. وقد أحدثت هذه الطفرة ارتباطًا بالريبوسوم بطريقة ما


ما هي العلاقات بين خيوط الدنا المشفرة وغير المشفرة؟

يتطلب نسخ الحمض النووي استخدام كل من السلاسل المشفرة وغير المشفرة ، والتي تحدث عندما تخلق المعلومات من الجينات الجزيئات الكبيرة اللازمة لخلق الحياة. تتطلب جميع الكائنات الحية ، باستثناء بعض الفيروسات والبكتيريا ، الحمض النووي لأنه يحمل المعلومات الوراثية للكائن الحي. لا يمكن أن يحدث النسخ بدون الحمض النووي المشفر وغير المشفر.


علم التخلق وعلم التخلق

جينيفر وو ، مايلز براون ، في أمراض الدم (الإصدار السابع) ، 2018

مجالات الكروماتين الوظيفية

يمكن أن يكون لمناطق الحمض النووي التنظيمية وغير المشفرة مجموعة متنوعة من الوظائف المختلفة (موضحة في الشكل 2.1 أ) ، مصنفة بشكل مختلف على أنها محفزات ومعززات / كاتمات صوت ومُحَسِّنات فائقة وعوازل. تقع المروجين عادة في حدود 1 إلى 2 كيلو بايت من موقع بدء النسخ (TSS) للجين. كحد أدنى ، تحتوي المحفزات المعتمدة على RNA polymerase II على مواقع ربط لعوامل النسخ العامة لبروتين رابط TATA (TBP) وعامل النسخ IIB (TFIIB) ، والتي تشكل جوهر مجمع النسخ. تعدل مواقع ربط عامل النسخ داخل المروج التعبير الجيني عن طريق تجنيد الإنزيمات المعدلة للهيستون والمنشطات النسخية أو المثبطات.

المُحسِّن / كاتم الصوت عبارة عن منطقة قصيرة (من 50 إلى 1500 نقطة أساس) من الحمض النووي يمكن ربطها بعوامل النسخ لزيادة / تقليل احتمالية حدوث نسخ جين معين. يمكن أن تعمل المعززات / كاتمات الصوت على حد سواء رابطة الدول المستقلة (داخل كروموسوم) ونادرًا ما يدخل عبر (بين الكروموسومات) ، يمكن أن يكون موجودا على بعد 1 ميغا بايت من الجين ، ويمكن أن يكون أعلى أو في اتجاه التيار من TSS. تتفاعل المروجين جسديًا مع المعززات أو كاتمات الصوت المرتبطة بها عبر "حلقات" الكروماتين ثلاثية الأبعاد التي تسهلها مجمعات البروتين الوسيط والكوهيسين (الشكل 2.1 د). يمكن تنظيم الجينات بواسطة عدة معززات / كاتمات صوت ، وقد يعدل كل مُحسِّن / كاتم للصوت التعبير عن جين واحد أو أكثر. المُحسِّن الفائق عبارة عن مجموعة من المُحسِّنات المرتبطة جسديًا ووظيفيًا والتي تنظم الجينات المهمة لهوية الخلية. تتميز المُحسِّنات الفائقة بمستويات عالية من تعديل الهيستون المرتبط بالمُحسِّن وتربط مستويات عالية من عوامل النسخ الخاصة بنوع الخلية وتحديد النسب (المعروفة باسم عوامل النسخ "الرئيسية").

تساعد العوازل في تقييد مجموعة الجينات التي يمكن تعديلها بواسطة مُحسِّن عن طريق منع التفاعلات الفيزيائية بين المعززات والمُحفزات. ترتبط العوازل ببروتينات cohesin و CTCF وتشكل حدودًا بين الجينات الصامتة والنشطة. مجموعات من العوازل تفصل الهيتروكروماتين عن كروماتين حقيقي ، وتعرف أجزاء الكروماتين النشط التي تحدها هذه المجموعات بالمجالات الطوبولوجية - المناطق الجينومية التي يحدث فيها التنظيم.


ارتباط الحمض النووي غير المشفر بالحمض النووي المشفر - علم الأحياء

(تمت إعادة التوجيه من عدم- الترميز ساحل) اذهب الى: برنامج الملاحة، ابحث . إنها عدم- الترميز ساحل مكمل ل الترميز تسلسل مرنا هذا.
المقال كامل >>>

عند الإشارة إلى نسخ الحمض النووي ، فإن حبلا الترميز هو الحمض النووي ساحل التي لها نفس التسلسل الأساسي مثل نسخة RNA المنتجة. هذا هو ساحل الذي يحتوي على الكودونات ، في حين أن ملف عدم-حبلا الترميز يحتوي على الكودونات المضادة.
المقال كامل >>>

الترميز ساحل أحد خيطي الحمض النووي المنسوخَين. يسمى أيضا بمعنى ساحل. . التعرف على الترميز و عدم-الترميز ساحل من الحمض النووي في 5 '.
المقال كامل >>>

شريط الترميز شريط الترميز هي تقنية تحديد تلقائي تسمح بجمع البيانات. التعرف على الترميز و عدم-الترميز ساحل من الحمض النووي في 5 '.
المقال كامل >>>

هلعدم-الترميز' ساحل الشفرة؟ ف م شارب. يظهر التحليل أن عدم-الترميز ساحل لديه الخصائص المتوقعة من أ.
المقال كامل >>>

. منطقة المروج ، عدم-الترميز ساحل و الترميز ساحلعلى التوالي من. ايم البولياميدات التي تستهدف الترميز ساحل تمثل نهجا جديدا ل.
المقال كامل >>>

مسرد ناطق سهل الاستخدام للمصطلحات الجينية ، من إنتاج National. ال عدم-الترميز ساحل هي صورة طبق الأصل من الترميز ساحل وهو معروف أيضًا.
المقال كامل >>>

أنتيكويد ساحل تعريف. AKA: مضاد المعنى ساحل, عدم-الترميز ساحل، نموذج ساحل. . أنتيكويد ساحل - تعريف القاموس الطبي.
المقال كامل >>>

. هو ما يمثله عدم-الترميز DNA: introns ("التسلسلات المتداخلة". top ساحل هل "عدم-الترميز" ساحل والجزء السفلي هو "الترميز" ساحل. .
المقال كامل >>>

. ما هو التسلسل الوارد في عدم-الترميز ساحل من نفس قطعة الحمض النووي؟ . الترميز ساحل سيكون هو الذي يصنع RNA والآخر عدم .
المقال كامل >>>

لذلك عدم-الترميز ساحل هو فقط الآخر ساحل لم يتم استخدامه. AGACTTGCAACTTGA - & GT الترميز TCTGAACGTTGAACT - & GT عدم-الترميزأ) هناك 15 قاعدة.
المقال كامل >>>

مضاد المعنى ساحل. التعريف (ق) عدم-الترميز ساحل في الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل. المضاد ساحل بمثابة نموذج لتوليف mRNA. .
المقال كامل >>>

تسلسلات محددة على عدم الترميز ساحل يتم التعرف على الحمض النووي كإشارة. عدم-الترميز DNA -5 'أقسام التعرف بالخط العريض.
المقال كامل >>>

ثلاثة إضافية قصيرة عدم-الترميز المناطق موجودة عند التقاطعات الجينية. . هناك أيضا أهمية ساحل عدم التماثل ، مع كون J-strand أكثر.
المقال كامل >>>

مضاد المعنى ،ساحلالقاموس البيولوجي ، علم الأحياء ، علم الأحياء. ال عدمالترميز ساحل من الحلزون المزدوج للحمض النووي الذي يعمل كقالب لتخليق الرنا المرسال. .
المقال كامل >>>

قاموس طبي على الإنترنت ومسرد مع تعاريف طبية. RNA هو عدم-الترميز ساحل مكمل ل الترميز تسلسل مرنا ، أ.
المقال كامل >>>

عدم-الترميز الحمض النووي هو ساحل من الحمض النووي الذي لا يحمل المعلومات. ال عدم-الترميز ساحل هي صورة طبق الأصل من الترميز ساحل وهو معروف أيضًا.
المقال كامل >>>

تسلسل ملف الترميز (يشعر، عدم-نموذج) ساحل من الحمض النووي ، اقرأ 5 '- 3'. وظيفة و عدم-الوظيفة: تغييرات في الحمض النووي الترميز تسلسل (الطفرات) يمكن.
المقال كامل >>>


الحمض النووي والحمض النووي الريبي غير المشفر

يركز هذا القسم على التحليل التجريبي والحاسبي للحمض النووي غير المشفر والعديد من الرناوات القصيرة والطويلة المنسوخة من جينومات الكائنات حقيقية النواة. تشمل الموضوعات المناسبة مبادئ البنية والتنظيم الجينومي ، والدراسات داخل الجينوم وفيما بينها للمناطق التنظيمية ، وآليات التكوُّن الحيوي للـ RNA ومعالجته ، والتحليلات الكيميائية الحيوية والجزيئية لـ RNAs الفردية أو فئات RNAs ، وتوضيح التفاعلات الجزيئية بين RNAs و أهدافهم ، والفحص الوظيفي لأدوار RNAs في سياق نوع خلية معين أو حالة خلية ، والتحقيقات على مستوى النظام لفئات RNAs غير المميزة حاليًا أو سيئة التوصيف.

الإفراط في التعبير عن miR-146b ودوره التنظيمي في بقاء الخلايا الظهارية المعوية وانتشارها وموت الخلايا المبرمج في الخنازير

يؤثر إجهاد الفطام على الأمعاء الدقيقة للخنازير. يتم التعبير عن MiR-146b بشكل تفاضلي في الخنازير الرضيعة والمفطمة. في هذه الدراسة ، قمنا بتقييم آثار miR-146b على حيوية الخلية وانتشارها.

المؤلفون: Xin Tao و Shujie Liu و Xiaoming Men و Ziwei Xu

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2017 12 :27

تاريخ النشر: ٢٥ نوفمبر ٢٠١٧

ZFAS1: رنا طويل غير مشفر مرتبط بالريبوسومات في خلايا سرطان الثدي

يتم نسخ معظم جينوم حقيقيات النوى ، مما ينتج عنه شبكة معقدة من النسخ بما في ذلك الآلاف من lncRNAs التي تفتقر عمومًا إلى إمكانات تشفير البروتين. ومع ذلك ، فقط نسبة صغيرة من هذه مو.

المؤلفون: Herah Hansji، Euphemia Y. Leung، Bruce C. Baguley، Graeme J. Finlay، David Cameron-Smith، Vandre C. Figueiredo and Marjan E. Askarian-Amiri

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2016 11 :62

تاريخ النشر: ٢١ نوفمبر ٢٠١٦

تحديد تنظيم microRNAs الإشريكية القولونية عدوى F18 في خنازير ميشان المفطومة

الإشريكية القولونية F18 مسؤول بشكل رئيسي عن الإسهال بعد الفطام (PWD) في الخنازير. التنظيم الجزيئي لـ بكتريا قولونية مقاومة F18 في الخنازير الصينية المحلية المفطومة لا تزال أوب.

المؤلفون: Zhengchang Wu و Weiyun Qin و Seng Wu و Guoqiang Zhu و Wenbin Bao و Shenglong Wu

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2016 11 :59

تاريخ النشر: ٣ نوفمبر ٢٠١٦

التحوير المدفوع بالعمر للشظايا المشتقة من الحمض الريبي النووي النقال في ذبابة الفاكهة وأهدافها المحتملة

يتيح تطوير تقنيات التسلسل والحساب الداعم اكتشاف جزيئات الحمض النووي الريبي الصغيرة التي نجت سابقًا من الاكتشاف أو تم تجاهلها بسبب انخفاض عدد الأعداد. بينما يتم التركيز في الشرج.

المؤلفون: سبيروس كارايسكوس وعمار س. نقفي وكارل إي سوانسون وأندري غريغوريف

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2015 10 :51

نُشر في: 16 سبتمبر 2015

الثدييات أرغونوت ربط الحمض النووي؟

عندما يشترك حقل ما في الإجماع على عدم حدوث ظاهرة معينة ، فقد يعكس ذلك تحقيقات تجريبية مكثفة ذات نتائج سلبية ، أو قد يمثل موقف "الفطرة السليمة".

المؤلفون: Neil R Smalheiser و Octavio L A Gomes

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2014 10 :27

نُشر في: 4 ديسمبر 2014

استكشاف استقرار الحمض النووي الريبي طويل الأمد غير المشفر بين الجينات في خلايا K562 من خلال الدراسات المقارنة لمجموعات بيانات RNA-Seq

قد يكون استقرار الحمض النووي الريبي طويل الأمد غير المشفر (lincRNAs) الذي يمتلك تعبيرًا خاصًا بالخلية / النسيج مرتبطًا ارتباطًا وثيقًا بوظائفها الفسيولوجية. ومع ذلك ، فإن الآلية المرتبطة بالثقب.

المؤلفون: لي وانغ ، وديكان زو ، وجينغ تو ، ويان وانغ ، وزوهونغ لو

الاقتباس: علم الأحياء المباشر 2014 9 :15

الصفائح الدموية البشرية: ارتباطات قوية بين الأفراد ترتبط بشكل ضعيف ببروتين الصفائح الدموية

بالنسبة للصفائح الدموية ، لم يكن واضحًا مدى ارتباط ترانسكريبتومات الصفائح الدموية بين المتبرعين المختلفين أو عبر منصات مختلفة لتوصيف الحمض النووي الريبي ، وما علاقة الترانسكريبتومات بـ t.

المؤلفون: إريك آر لوندين ، وإلفثريا هاتزيميكل ، وفيليب لوهير ، وليونارد إدلشتاين ، وتشاد شو ، وكاثلين ديلغروسو ، وباولو فورتينا ، وبول إف براي ، وستيفن إي ماكنزي ، وإيزيدور ريغوتسوس


يتكيف الحمض النووي غير المشفر

الكثير من الحمض النووي "غير المرغوب فيه" في ذبابة الفاكهة تظهر علامات الاختيار إما سلبية أو إيجابية ، وفقا لدراسة أجريت هذا الأسبوع طبيعة سجية. يكشف تحليل أجراه بيتر أندولفاتو من جامعة كاليفورنيا في سان دييغو أن حوالي نصف حالات عدم الترميز ذبابة الفاكهة الحمض النووي مقيد تطوريًا وأن الكثير من الحمض النووي المتباين المتبقي قد خضع لتطور تكيفي. قال أندولفاتو إن كلا النوعين من الانتقاء يظهران أن "هذا الحمض النووي غير المشفر له في الواقع أهمية وظيفية للكائن الحي".

قال جيرالد ويكوف من جامعة ميسوري - كانساس سيتي ، الذي لم يشارك في الدراسة: "لقد عرفنا منذ فترة أنه من الممكن أن ترى قيودًا - تحديدًا سلبيًا بشكل أساسي - في المناطق غير المشفرة". "لكن منهجيته توضح أن هذا النوع من الاختيار وفير."

أثناء الدراسة ، حلل أندولفاتو تعدد الأشكال في 35 جزء ترميز و 153 شظية غير مشفرة منتشرة عبر ذبابة الفاكهة سوداء البطن كروموسوم إكس. قارن هذه البيانات مع D. melanogasterقريب ، D. simulans.

استخدم أندولفاتو طفرات مترادفة - طفرات في الدنا المشفر لا تسبب تغيرات في تسلسل الأحماض الأمينية - كواسمات للتطور المحايد. بمقارنة معدل تراكم الطفرات المترادفة مع معدل الطفرات في الحمض النووي غير المشفر ، وجد أندولفاتو أن معظم الحمض النووي غير المشفر في D. melanogaster يتطور بشكل أبطأ بشكل ملحوظ - مع عدد أقل من تعدد الأشكال وتباعد أقل - من المواقع المترادفة المتطورة بشكل محايد. وقدر أن مستويات القيد تبلغ 40٪ للإنترونات ، و 50٪ للمناطق الجينية ، و 60٪ للمناطق غير المترجمة (UTRs).

قال أندولفاتو إنه على الرغم من أن المستويات المنخفضة من تعدد الأشكال والتباعد تتوافق مع الاختيار السلبي ، إلا أنه يظل من الممكن أن يكون للحمض النووي غير المشفر معدل طفرة أقل. ومع ذلك ، فقد وجد أيضًا أن الأشكال المتعددة الفردية في الحمض النووي غير المشفر تميل إلى الظهور بتواتر منخفض في السكان ، وهو النمط المتوقع بالضبط في ظل الاختيار السلبي. قال أندولفاتو: "هناك قيود أكثر بكثير مما كنا نعتقد في السابق".

نظرًا لأن تسلسلات الحمض النووي غير المشفرة أظهرت الكثير من الأدلة على الاختيار السلبي ، فقد اعتقد أندولفاتو أن حفظ التسلسل هذا يمكن أن يخفي التباعد المتزايد في بعض المواقع - السمة المميزة للتطور التكيفي. لتصفية بعض تأثيرات الانتقاء السلبي ، استبعد تعدد الأشكال النادرة من تحليله ، لأنها "من المرجح أن تكون أهدافًا للانتقاء السلبي المستمر من تعدد الأشكال عند الترددات الأعلى" ، كما قال أندولفاتو. العالم. "مع تقليل تأثيرات الاختيار السلبي ، يصبح توقيع الاختيار الإيجابي أكثر وضوحًا."

وجد اختلافًا كبيرًا بشكل غير متوقع بين ذبابة الفاكهة الأنواع في UTRs و introns و DNA intergenic ، مما يشير إلى أن هذا الحمض النووي غير المشفر كان مدفوعًا إلى التثبيت عن طريق الاختيار الإيجابي. باستخدام الاختبارات الإحصائية ، قدر أن حوالي 20 ٪ من تباعد النيوكليوتيدات في الإنترونات والحمض النووي بين الجينات و 60 ٪ من تباعد UTR كان مدفوعًا إلى التثبيت عن طريق الاختيار الإيجابي.

توضح ورقة Andolfatto أن "المنهجيات التي استخدمناها لاكتشاف الاختيار الإيجابي متحفظة للغاية - أكثر تحفظًا مما كنا نعتقد" ، كما قال ويكوف العالم. "الاختيار الإيجابي - وهو أمر مثير للاهتمام ، لأن هذه هي السمة المميزة للتكيف - هو في الواقع أكثر وفرة مما كنا نظن."

وفقًا لمقالة مصاحبة لـ News & amp Views كتبها Alexey S. في حين أن هذه النظرية ، التي تقول أن معظم الحمض النووي غير المشفر لا يعمل ويتجاهله التطور ، قد لا تكون ذات صلة ذبابة الفاكهةيكتب كوندراشوف أنه لا يزال يعمل مع الثدييات والفقاريات الأخرى.

وقال أندولفاتو: "من المحتمل أن تكون أجزاء كبيرة من جينوم الثدييات خردة حقًا" وبالتالي تخضع لتطور محايد. وقال إن الحمض النووي غير المشفر للثدييات قد يحتوي على مواقع مختارة بشكل إيجابي ، ولكن "إذا كانت مواقعك المختارة بشكل إيجابي مدفونة في خردة ، فسيكون من الصعب العثور عليها."

قال أندولفاتو: نظرًا لأن معظم الحيوانات تمتلك أكثر بكثير من الحمض النووي غير المشفر ، فحتى كمية صغيرة من التكيف غير المشفر قد تساهم بشكل كبير في وظيفة الجينوم. قال أندولفاتو: "إن توقيع الانتقاء الإيجابي أضعف في الحمض النووي غير المشفر ، ولكن هناك الكثير من الحمض النووي غير المشفر أكثر من الحمض النووي المشفر". "لذا إذا تلخصت الجينوم بأكمله ... فأنت تدرك أن تطور البروتين ربما ليس مهمًا للغاية بعد كل شيء."


التحقيق في سلسلة من طول تسلسل الحمض النووي المشفر وغير المشفر للبكتيريا باستخدام تحليل الارتباط المتبادل متعدد الفركتلات

في إطار تحليل الارتباط المتبادل متعدد الفركتلات ، نقوم بالتحقيق في خصائص سلسلة طول تسلسل الحمض النووي المشفر وغير المشفر لبعض البكتيريا والعتائق. نقترح استخدام سلسلة الارتباط التبادلي متعددة الفركلات والتي يمكن تحديدها لأي زوج من متواليات البيانات ذات الأطوال المتساوية (أو السلاسل الزمنية) والتي يمكن أن تتميز بمجموعة كاملة من المعلمات المنسوبة إلى أي سلسلة زمنية. تُستخدم المقارنة بين خصائص سلسلة طول تسلسل الحمض النووي المشفر وغير المشفر وسلسلة الارتباط المتبادل متعدد الفركلات المرتبطة بها لمجموعات مختارة لتحديد الانتماء الطبقي لبعض البكتيريا والعتائق. يتم إجراء التحليل باستخدام اعتماد أس هيرست المعمم على حجم التقلبات وشكل أطياف التفرد والشكل والتصرف النسبي لمنحنيات أس القياس المفرد وقيم المعلمات المرتبطة. من الناحية التجريبية ، نوضح أنه يمكن تقريب سلسلة أطوال التسلسلات المشفرة وغير المشفرة بالإضافة إلى سلسلة الارتباط التبادلي متعددة الفركلات المصاحبة على أنها كائنات متعددة الفركتلات العالمية.


يمكن أن يكون السبب وراء الإصابة بالسرطان هو طفرات الحمض النووي غير المشفرة

حدد العلماء في الولايات المتحدة ما يقرب من 200 طفرة في الحمض النووي غير المشفر تلعب أدوارًا وظيفية في أنواع مختلفة من السرطان. يبدو أن معظم مواقع السمات الكمية للتعبير الجسدي (eQTLs) تؤثر على مجموعة من المسارات الأساسية ، مما يجعل من الممكن تصنيف الأورام إلى أنواع فرعية قائمة على المسارات ، وفقًا للباحثين في جامعة كاليفورنيا ، سان دييغو (UCSD) وستانفورد. كلية الطب الجامعية.

"تحدث معظم الطفرات المرتبطة بالسرطان في مناطق الجينوم خارج الجينات ، ولكن هناك الكثير منها بشكل لا يصدق لدرجة أنه من الصعب معرفة أيها وثيق الصلة وأيها مجرد ضوضاء ، & # 8221 يقول المؤلف الكبير Trey Ideker ، دكتوراه ، أستاذ في كلية الطب بجامعة كاليفورنيا في سان دييغو ومركز موريس للسرطان. & # 8220 هنا لأول مرة وجدنا حوالي 200 طفرة في الحمض النووي غير المشفر التي تعمل في السرطان - وهذا يعني 199 أكثر مما كنا نعرفه من قبل. & # 8221

تشير النتائج إلى أن الشبكة المحددة من eQTLs تعطلت في 88٪ من الأورام ، "مما يشير إلى تأثير واسع النطاق للطفرات غير المشفرة في السرطان" ، كما كتب الفريق في ورقتهم المنشورة في علم الوراثة الطبيعي، والتي تحمل عنوان "شبكة نسخ عالمية تربط الطفرات غير المشفرة بالتغيرات في التعبير الجيني للورم."

يوضح المؤلفون أن الأورام البشرية معقدة للغاية ، وهناك العديد من الأنواع الفرعية التي تظهر خصائص جزيئية وخلوية وسريرية مختلفة. ومع ذلك ، فإن مناطق الترميز هذه تمثل أقل من 2٪ من الجينوم البشري ، وكما يشير الفريق بقيادة جامعة كاليفورنيا ، فإن الاهتمام يتحول الآن إلى عدد أكبر من الطفرات الجسدية في المناطق غير المشفرة. كتبوا أن جينومات السرطان "مليئة" بالطفرات غير المشفرة ، لكننا ما زلنا لا نفهم حقًا الطفرات غير المشفرة ذات الصلة بتطور السرطان وتقدمه.

بينما حاولت مبادرات مثل أطلس جينوم السرطان (TCGA) والاتحاد الدولي لجينوم السرطان (ICGC) اكتساب رؤى جديدة حول تعقيد أنواع الأورام المختلفة ، كان تركيزها الأولي في البداية على مناطق ترميز البروتين ، على الرغم من أن TCGA حددت نوعًا من السرطان. الطفرة غير المشفرة ذات الصلة في محفز جين إنزيم التيلوميراز العكسي (TERT). وبينما تم العثور على طفرات جسدية متكررة في مواقع أخرى غير مشفرة ، كما يشير فريق جامعة كاليفورنيا ، فإن "تقييم وظيفة هذه الطفرات ، إن وجدت ، كان أمرًا صعبًا.

لتحديد الطفرات غير المشفرة المرتبطة بالتأثيرات الوظيفية في السرطان ، عاد فريق الدكتور إيديكر إلى بيانات TCGA وأجرى تحليلًا منهجيًا لـ 930 ورمًا ، ودمج تسلسل الجينوم الكامل ، وملفات تعريف mRNA المتطابقة ، وخرائط تفاعل النسخ المرجعية. & # 8220 كانت الصلصة السرية هي البحث عن التغييرات في التعبير الجيني ، & # 8221 يلاحظ الدكتور إيديكر ، وهو أيضًا مؤسس مركز جامعة كاليفورنيا في سان دييغو للبيولوجيا الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية والمدير المشارك لمبادرة خريطة الخلايا السرطانية. "

من مجموعات البيانات الناتجة والتحليلات الإضافية ، حدد الفريق 193 موقعًا غير مشفر وجد أن الطفرات فيه تعطل التعبير الجيني المستهدف. تم التحقق من صحة معظم هذه المواقع المحددة في مجموعة ثانية مستقلة من 3382 ورمًا آخر من مجموعة ICGC.

ومن المثير للاهتمام ، أنه بينما ربطت eQTLs الجسدية الطفرات غير المشفرة بمستويات التعبير لـ 13 جينًا معروفًا من الجينات أو الجينات المسرطنة ، فإن معظم الطفرات غير المشفرة لم تكن مرتبطة بالفعل بالجينات المرتبطة بالسرطان ، كما لاحظ المؤلفون. بدلاً من ذلك ، فإن العديد من الجينات المتأثرة بطفرات eQTL "لم يتم تقديرها على نطاق واسع حتى الآن كقوى محركة للسرطان ، & # 8221 يلاحظ الفريق ،" تحفيز المزيد من الدراسات على الأساس الآلي للطفرات غير المشفرة في السرطان. "

تم العثور على العديد من eQTLs الجسدية التي تم تحديدها لتكون طفرة بشكل شائع في أنسجة سرطانية معينة. "بعيدًا عن محفز TERT ، الذي يتحور بشكل كبير في العديد من الأنسجة ... وجدنا مواضع متحولة بشكل متكرر مرتبطة بالتعبير عن DHX34 (تحور في 43٪ من سرطان الغدد الليمفاوية B الكبيرة المنتشرة) ، TUBBP5 (29٪ من الأورام اللمفاوية و 17٪ من سرطانات الكبد ) ، HYI (21٪ من الورم الميلاني) ، و PCDH1 (19٪ من سرطان الدم النخاعي الحاد) ، من بين أمور أخرى "، كتب الفريق. "من بين ما يقرب من 200 طفرة غير مشفرة تم تحديدها سابقًا على أنها متكررة في السرطان ، تم تحديد ثلثها أيضًا هنا على أنها مواضع طفرة متكررة ، بما في ذلك الطفرات المعروفة جيدًا في مروجي PLEKHS1 و DPH3."

وبينما تحور معظم eQTLs الجسدية في أكثر من نسيج واحد ، تحور 12 نسجًا بشكل حصري تقريبًا في الورم الميلانيني. في الواقع ، 80٪ أو أكثر من الطفرات حدثت في سرطان الجلد. ويشير الباحثون إلى أن "هذا التخصيب لنسيج واحد لم يُشاهد في أي نوع آخر من الأنسجة".

على الرغم من أنه ليس من الممكن التأكد تمامًا من أن الارتباط بين جميع الطفرات غير المشفرة وتغيرات التعبير الجيني سببية ، فقد اختبر الفريق عددًا من الطفرات غير المشفرة في الخلايا المستنبتة ، لمعرفة تأثيرها على الجينات المستهدفة والوظيفة الخلوية . "أحد الأمثلة التي برزت هو الطفرة غير المشفرة التي تؤثر على جين يسمى DAAM1 ، ويضيف # 8221 مؤلف الدراسة الأول Wei Zhang ، دكتوراه ، وباحث ما بعد الدكتوراه في مختبر Ideker & # 39s. حددت دراسات الفريق وجود eQTL الجسدي المنبع لـ DAAM1 ، والذي أظهرت النتائج من كلا المجموعتين أنه تحور بشكل متكرر في المرضى الذين يعانون من الورم الميلانيني النقيلي.

تالي في المختبر وكتبوا أن الدراسات التي تم فيها إدخال الطفرات مباشرة في الخلايا المستنبتة أشارت إلى أن الطفرة تسبب انتظام تعبير DAAM1 ، مما يزيد من قدرة الخلايا على غزو البيئة المكروية المحلية ، "وبالتالي ربط هذه الطفرة غير المشفرة بالإفراط في التعبير عن DAAM1 وغزو الخلية". & # 8220DAAM1 يجعل تنشيط الخلايا السرطانية أكثر عدوانية ، وأكثر قدرة على غزو الأنسجة المحيطة ، "يقول الدكتور تشانغ. اختبر الفريق اثنين آخرين من الطفرات غير المشفرة المحددة في الخلايا في المختبر لدعم الارتباط السببي بين الطفرات وتغيرات التعبير الجيني.

حقق الباحثون أيضًا في العلاقة بين 196 جينًا تم تنظيمها نسبيًا بواسطة eQTLs الجسدية ، والجينات الـ 138 التي تم توثيقها سابقًا على أنها طفرات تشفير متكررة في السرطان. "حدد هذا النهج مجموعة من مناطق الشبكة ... التي طبقت الأورام في تسلسل هرمي لأنواع فرعية محددة بشكل متزايد." من بين هؤلاء ، احتوت أربعة من الأنواع الفرعية على نسبة كبيرة من المرضى الذين يعانون من طفرات غير مشفرة.

الأول ، النوع الفرعي & # 8220CDKN2A – EGFR – TERT ، & # 8221 تميز بتعطيل تسلسل تشفير CDKN2A ، أحيانًا بالاقتران مع الطفرات غير المشفرة لمروج TERT أو تنشيط EGFR أو تنشيط BRAF. اشتمل النوع الفرعي الثاني من الورم ، & # 8220TERT-BRAF-IDH1 ، & # 8221 على أورام ذات طفرات أو تضخمات غير مشفرة لـ TERT ، والتي تم دمجها أيضًا في بعض المرضى مع تعديلات الترميز للجينات ذات الصلة وظيفيًا مثل BRAF و SKP2. النوع الفرعي الثالث ، & # 8220PIK3CA – PEX26 – GATA3 ، & # 8221 مجتمعة تعديلات الترميز التي تعمل على تنشيط PIK3CA وتعطيل GATA3 مع التعديلات غير المشفرة التي تؤدي إلى تقليل تنظيم PEX26. النوع الفرعي الرابع من الورم ، & # 8220APOBEC2 – ARID1A-CTNNB1 ، & # 8221 يجمع بين الطفرات غير المشفرة داخل مُحسِّن لـ APOBEC2 وتعديلات الترميز في ARID1A و CTNNB1.

يخطط الباحثون لمعرفة ما إذا كانت هناك أنواع فرعية مختلفة من السرطان لها نمط شائع من الطفرات غير المشفرة والمشفرة. يتمثل أحد الأهداف في معرفة ما إذا كانت مثل هذه الأنماط الطفرية يمكن أن توفر رؤى تشخيصية أو تنبؤية ، أو تساعد الأطباء على وصف العلاج الأكثر فعالية للمرضى الأفراد ، بناءً على ملف تعريف الطفرات غير المشفر والمشفّر للورم.


DNA غير مشفر

في علم الجينوم والتخصصات ذات الصلة ، تعد تسلسلات الحمض النووي غير المشفرة مكونات الكائن الحي و rsquos DNA التي لا تشفر تسلسل البروتين. يتم نسخ بعض الحمض النووي غير المشفر إلى جزيئات RNA وظيفية غير مشفرة (مثل نقل RNA ، و RNA الريبوزومي ، و RNAs التنظيمي) ، بينما لا يتم نسخ البعض الآخر أو ينتج عنه نسخ RNA ذات وظيفة غير معروفة. تختلف كمية الحمض النووي غير المشفر اختلافًا كبيرًا بين الأنواع. على سبيل المثال ، أكثر من 98٪ من الجينوم البشري عبارة عن دنا غير مشفر ، في حين أن 2٪ فقط من الجينوم البكتيري النموذجي عبارة عن دنا غير مشفر.

في البداية ، لم يكن لنسبة كبيرة من الحمض النووي غير المشفر وظيفة بيولوجية معروفة ، وبالتالي تمت الإشارة إليها أحيانًا باسم & ldquojunk DNA & rdquo ، خاصة في الصحافة العادية. ومع ذلك ، فإن العديد من أنواع تسلسلات الحمض النووي غير المشفرة لها وظائف بيولوجية مهمة ، بما في ذلك التنظيم النسخي والترجمة لتسلسلات ترميز البروتين ، وأصول تكرار الحمض النووي ، والوسط ، والتيلوميرات ، ومناطق ارتباط السقالة (SARs) ، والجينات الخاصة بـ RNAs الوظيفية ، وغيرها الكثير. . التسلسلات الأخرى غير المشفرة لها وظائف محتملة ولكنها غير محددة بعد. قد لا يكون لبعض التسلسلات وظيفة بيولوجية للكائن الحي ، مثل الفيروسات القهقرية الذاتية.


Kotlar، D.، Lavner، T: التنبؤ الجيني بقياس الدوران الطيفي: طريقة جديدة لتحديد مناطق ترميز البروتين. الدقة الجينوم. 13(18), 1930–1937 (2003)

Lobzin ، V.V. ، Chechetkin ، VR: الترتيب والارتباطات في تسلسل الحمض النووي الجيني. النهج الطيفي. الفيزياء- Uspekhi 43, 55–78 (2000)

أناستاسيو ، د: تحليل مجال التردد للتسلسلات الجزيئية الحيوية. المعلوماتية الحيوية 16(12), 1073–1081 (2000)

Grosse، I.، Herzel، H.، Buldyrev، S.V.، Stanley، H.E .: استقلال الأنواع عن المعلومات المتبادلة في الحمض النووي المشفر وغير المشفر. فيز. القس إي 61(5), 5624–5629 (2000)

Bernaola-Galván، P.، Grosse، I.، Carpena، P.، Oliver، J.L.، Román-Roldán، R.، Stanley، H.E: إيجاد الحدود بين مناطق الحمض النووي المشفرة وغير المشفرة عن طريق طريقة التجزئة الحتمية. فيز. القس ليت. 85(6), 1342–1345 (2000)

Barral، J.P.، Hasmy، A.، Jiménez، J.، Marcano، A: تقنية النمذجة غير الخطية لتحليل سلاسل الحمض النووي. فيز. القس إي 61(2), 1812–1815 (2000)

Scafetta، N.، Hamilton، P.، Grigolini، P: الديناميكا الحرارية للعمليات الاجتماعية: ظاهرة الولادة في سن المراهقة. فركتلات 9(2), 193–208 (2001)

Grigolini ، P. ، Leddon ، D. ، Scafetta ، N: إنتروبيا الانتشار وإحصاءات وقت الانتظار للتوهجات الشمسية للأشعة السينية الصلبة. فيز. القس إي 65(4), 046203 (2002)

Yang ، HJ ، Zhao ، F.C. ، Qi ، L.Y. ، Hu ، B.L: نهج تحليل السلاسل الزمنية لأطياف الشبكات المعقدة. فيز. القس إي 69(6), 066104 (2004)

Yang ، HJ ، Zhao ، F.C. ، Zhang ، W. ، Li ، Z.N: نهج إنتروبيا الانتشار إلى التعقيد لعصب Hodgkin-Huxley. فيزيكا أ 347, 704–710 (2005)

Cai، S.M.، Zhou، P.L.، Yang، HJ، Yang، C.X.، Wang، B.H.، Zhou، T: تحليل إنتروبيا الانتشار على سلوك التوسع في الأسواق المالية. فيزيكا أ 367, 337–344 (2006)

Scafetta، N.، Latora، V.، Grigolini، P: Lévy Scale: تحليل إنتروبيا الانتشار المطبق على تسلسل الحمض النووي. فيز. القس إي 66(3), 031906 (2002)

Allegrini ، P. ، Bellazzini ، J. ، Bramanti ، G. ، et al: تحجيم الانهيار: توقيع للشيخوخة. فيز. القس إي 66(1), 015101 (2002)

Qi، JC، Yang، HJ: الأسس هيرست لسلسلة زمنية قصيرة. فيز. القس إي 84(6), 066114 (2011)

Zhang، W.، Qiu، L.، Xiao، Q.، Yang، HJ، Zhang، Q.، Wang، J: تقييم ثبات المقياس في الإشارات الفسيولوجية عن طريق التقدير المتوازن لانتروبيا الانتشار. فيز. القس إي 86(5), 056107 (2012)

ستانلي ، سعادة ، بولديريف ، S.V. ، Goldberger ، AL ، Havlin ، S. ، Peng ، C.K. ، Simons ، M: ميزات تحجيم الحمض النووي غير المشفر. فيزيكا أ 273(1–2), 1–18 (1999)

Yang، HJ، Zhao، F.C.، Zhuo، Y.Z.، Wu X.Z: تحليل سلاسل الحمض النووي عن طريق لحظات العوامل. فيز. بادئة رسالة. أ 292(6), 349–356 (2002)

García، P.، Jiménez، J.، Marcano، A.، Molelro، F: المقاييس المثلى المحلية والنمذجة غير الخطية للسلاسل الزمنية الفوضوية. فيز. القس ليت. 76(9), 1449–1452 (1996)


شاهد الفيديو: Синтез белка: трансляция. самое простое объяснение (قد 2022).


تعليقات:

  1. Danila

    أنت ترتكب خطأ. أقترح ذلك لمناقشة. اكتب لي في رئيس الوزراء ، وسوف نتواصل.

  2. Isham

    مسرحية مضحكة جدا

  3. Ararg

    أنا آسف ، ولكن ، في رأيي ، ترتكب أخطاء. أنا قادر على إثبات ذلك. اكتب لي في PM.

  4. Fera

    الله يعني! كذا و كذا!

  5. Emir

    أهنئ ، هذا الفكر يجب أن يكون على وجه التحديد عن قصد

  6. Calbex

    موضوع لا تضاهى ، أنا مهتم جدًا))))



اكتب رسالة