معلومة

16: المعلوماتية الحيوية - علم الأحياء

16: المعلوماتية الحيوية - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

  • 16.1: مقدمة
    يتم تمرير التسلسلات البيولوجية إلى برنامج بتنسيق قياسي يشار إليه باسم FASTA. FASTA هو تنسيق نص عادي يمكن قراءته في أي محرر نصوص (TextEdit ، Notepad ، VIM ، إلخ). يتم تمثيل الأحماض النووية (DNA و RNA) والبروتينات بواسطة نيوكليوتيدات أحادية الحرف (A ، T ، C ، G) أو حمض أميني أحادي الحرف (20 حمض أميني). تبدأ تسلسلات FASTA بحرف> في السطر الأول ويمكن أن تحتوي على إدخالات تسلسل متعددة جميعها محددة بسطر جديد وسطر عنوان يبدأ بـ>.
  • 16.2: تحليل التسلسل
    تحتوي هذه الصفحة على إرشادات حول كيفية إجراء تحليل التسلسل عن طريق حساب ORFs باستخدام ملف FASTA وبرنامج UGENE.
  • 16.3: في قيود السيليكو
    تعمل إنزيمات التقييد كمقص جزيئي. تلك التي نستخدمها في علم الأحياء الجزيئي هي تلك التي تقطع التسلسلات المعروفة التي تحدث غالبًا بدرجة كافية ، ولكنها نادرة بما يكفي لقطع الحمض النووي إلى أجزاء قابلة للتحليل. غالبًا ما يستخدم علماء الأحياء الجزيئية 6 قواطع. هذا يعني أن موقع الهضم "مقيد" بتسلسل التعرف على 6 نيوكليوتيدات. عادة ما تكون هذه النيوكليوتيدات متجانسة كما نوقش من قبل.
  • 16.4: في Silico PCR
    باستخدام تسلسل التمهيدي ، يمكن للمرء تحديد حجم و / أو موقع منتج PCR. يمكن القيام بذلك باستخدام BLAST أو باستخدام برنامج مثل UGENE. تحتوي هذه الصفحة على إرشادات حول كيفية استخدام BLAST و UGENE لتحديد حجم و / أو موقع منتج PCR.
  • 16.5: برايمر بلاست
    Primer-BLAST هو مزيج من برنامج يسمى Primer3 يساعد في تصميم البادئات ذات الخصائص المحددة و BLAST. يسمح Primer-BLAST ببناء مواد أولية لـ qPCR حيث يمكن للمستخدم تحديد درجة حرارة الانصهار ، وتقليل كمية التهيئة الذاتية ، وتمديد تقاطعات exon-exon من أجل تجنب تضخيم تلوث الحمض النووي الجيني. تضمن هذه العملية أن البادئات المصممة تقع ضمن معايير التصميم الخاصة بك وعلى الأرجح فقط تضخم الجين المهتم.
  • 16.6: التحليل الصرفي
    القياس المورفومتري (الشكل - الشكل ؛ المقاييس - القياسات) هو استخدام القياسات الفيزيائية لتحديد علاقة الكائنات الحية. مع الكائنات المنقرضة التي ماتت منذ فترة طويلة ، ثبت أن استخراج الحمض النووي أمر صعب. وبالمثل ، قبل تقنيات الحمض النووي لتحليل الأنواع ، نُسب تصنيف لينيان إلى الكائنات الحية بناءً على أوجه التشابه في الميزات.
  • 16.7: محاذاة التسلسل وبناء الشجرة
    تحتوي هذه الصفحة على فيديو إعلامي حول كيفية تنفيذ عملية بناء الشجرة على UGENE باستخدام MUSCLE و PhyML بالإضافة إلى سطر الأوامر لملف المثال.

المعلوماتية الحيوية

المعلوماتية الحيوية هي مجال علمي متعدد التخصصات يجمع بين مفاهيم من علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر لمعالجة أسئلة حسابية كبيرة. ازداد دور أجهزة الكمبيوتر بشكل متزايد في السنوات الأخيرة ، ويستفيد كل علم تقريبًا من التكنولوجيا لمعالجة المعلومات وتحليلها. على المستوى الأساسي ، يمكن اعتبار المعلوماتية الحيوية الاستخدام البسيط لجداول البيانات الحاسوبية والملاحظات البيولوجية لتحديد وتحليل المعلومات الموجودة. في حين أن هذه الأنواع من المهام كانت مقصورة على العلماء الذين لديهم إمكانية الوصول إلى الكمبيوتر ، يمكن لأي شخص لديه فهم لعلم الأحياء ومعالج جداول البيانات المشاركة في المعلوماتية الحيوية. ومع ذلك ، فقد تقدم المجال بسرعة منذ إنشائه. الآن ، يتم إنشاء برامج وبرامج متقدمة لمعالجة مجموعة متنوعة من المشكلات والإجابة على الأسئلة التي لم تكن قابلة للاختبار سابقًا. المعلوماتية الحيوية و علم الأحياء الحسابي تعتبر الآن مصطلحات قابلة للتبديل.


16: المعلوماتية الحيوية - علم الأحياء

تاريخ التجميع: يونيو 2006

أخذ عينات من الاهتمامات البحثية

MS المهنية مع مسار المعلوماتية الحيوية-الجينوميات

مؤسسة سلون للعلوم الحيوية الحاسوبية في قسم علوم الحياة

30 ساعة معتمدة من الدورات ، و 6 وحدات تدريب ، و 6 ساعات معتمدة للتطوير المهني أو الدراسة المتقدمة. إجمالي 42 ساعة معتمدة.

الخوارزميات الحسابية للاستخدام الفعال لطرائق التصوير (مثل PET) في دراسة مرض الزهايمر. تصميم خوارزميات فعالة وقابلة للتطوير لتشوه الصورة وإعادة البناء والتحليل الكمي (باستخدام علوم الكمبيوتر ومركز Good Samaritan PET) ، خوارزميات متوازية.

دكتوراه - البيولوجيا الهيكلية والحاسوبية والفيزياء الحيوية الجزيئية ، دكتوراه في الطب / دكتوراه

كلية الدراسات العليا في العلوم الطبية الحيوية

الدكتوراه: مجموعة من الدورات الدراسية الخاصة بالبرنامج ، والمناهج الأساسية لمدرسة الدراسات العليا ، وتناوب المختبر ، وامتحان التأهيل ، وأطروحة دكتوراه في الطب / دكتوراه: أول سنتان من مدرسة الطب (بما في ذلك التدريب السريري) ، تليها الدورات الدراسية للخريجين ، وتناوب المختبر ، وإكمال الأطروحة مع السنة الأخيرة من المدرسة المتوسطة.

تشمل الأنشطة البحثية لأعضاء هيئة التدريس تطوير التقنيات الهيكلية والحاسوبية ، وتصميم وهندسة البروتين ، والكيمياء الفيزيائية الحيوية للجزيئات الكبيرة ، والفيزياء الحيوية للأغشية ، وعلم الأعصاب ومعلومات الجينوم ، والنهج الكمية والفيزيائية لبيولوجيا الجزيئات والخلية ، والفيزياء الحيوية ، وعلم الجينوم ، والبروتيوميات ، وعلم الأعصاب ، وعلم الأحياء النانوي ، التصميم الجزيئي وتصميم الأدوية والطب

بكالوريوس في المعلوماتية مع تخصص المعلوماتية الحيوية

قسم علوم الحاسب ، قسم الأحياء

124 ساعة معتمدة مطلوبة بما في ذلك العلوم الإنسانية والاجتماعية ، وعلوم الكمبيوتر وعلم الأحياء ، والرياضيات والكيمياء.

طرق التعلم غير الخاضعة للإشراف ، وأتمتة التعلم ، لا سيما في اكتشاف معرفة التطبيقات في العلوم ، مثل تفاعل المعلومات الحيوية والفيزياء الفلكية بين خدمات التوجيه وبروتوكولات النقل ومجالات مشكلة نشر المعلومات

دكتوراه. شهادة في علم الأحياء مع مسار المعلوماتية الحيوية / علم الأحياء الحسابي

الحد الأدنى من المناهج الدراسية لدرجة الدكتوراه. يتكون الطلاب من أربع دورات أساسية للخريجين (BI611 Advanced Genetics و BI612 Graduate Biochemistry و BI614 Graduate Molecular Biology و BI615 Advanced Cell Biology و BI616 Graduate Bioinformatics) خمس دورات اختيارية إضافية معتمدة في علم الأحياء (على سبيل المثال ، BI500 + ، BI800 +) ، ثلاثة على الأقل والتي يجب أن تكون ندوات للخريجين (على سبيل المثال ، BI800 +) وندوة حول السلوك المسؤول للبحث والتطوير المهني (BI880). فحص شامل ، أطروحة.

دراسة الاختلافات الجينية ، والتعداد البشري وعلم الوراثة الطبية (البروفيسور جابور مارث) ، وعلم الجينوم المقارن وتنظيم الجينات (البروفيسور جيف تشوانج) ، وتنبؤات الحمض النووي الريبي الحاسوبي وبنية البروتين (البروفيسور بيتر كلوت).

MS-Bioinformatics ، MS -Clinical Bioinformatics (MD Track) ، PhD-Bioinformatics

قسم المعلوماتية الحيوية

MS: 32 ساعة معتمدة مطلوبة والتدريب. مسار MD: 32 معتمدًا وأطروحة. دكتوراه: (ما بعد البكالوريوس) - 64 وحدة دراسية مطلوبة والامتحان (32 وحدة دراسية ، 16 وحدة بحثية) (ما بعد الماجستير) 32 ساعة معتمدة (16 ساعة معتمدة للدورة التدريبية ، 16 ساعة معتمدة للبحث) والامتحان (للجميع: ليس أقل من "ب" "في الدورات الأساسية)

النمذجة الحاسوبية للشبكات التنظيمية والتمثيل الغذائي ، والالتحام ، وعلم الجينوم المقارن ، وتصميم البروتين ، والتكنولوجيا الحيوية الجينومية والبروتينية ، وهندسة المصفوفات الدقيقة والتحليل ، وعلم الجينوم الصيدلاني ، والبيولوجيا الهيكلية ، والنمذجة واسعة النطاق للأنظمة البيولوجية ، والحمض النووي الريبي ، والدراسات الحسابية للسرطان والاضطرابات العصبية والجينوميات الوظيفية وشبكات الجينات الاصطناعية والحوسبة الجزيئية وعلم الوراثة

ماجستير المعلوماتية الحيوية ، شهادة الدراسات العليا في المعلوماتية الحيوية

مدرسة رب للدراسات المستمرة - تدرس من قبل محترفين في هذا المجال

MS: 36 ساعة معتمدة: 21 ساعة معتمدة. تشمل جميعها دورات ودورات أساسية في البرمجة ولغة البرمجة النصية وإدارة قواعد البيانات.

قائمة أعضاء هيئة التدريس والبحث في http://www.brandeis.edu/facguide/department؟

برنامج درجة الماجستير في التكنولوجيا الحيوية والمعلوماتية الحيوية

إجمالي 33-34 وحدة ، التركيز على المعلوماتية الحيوية (18 وحدة (9 دورات))

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

قسم علوم الحاسوب

37 دورة (128 ساعة معتمدة) المطلوبة. منهج جامعي كامل.

الذكاء الاصطناعي (المنطق ، تمثيل المعرفة ، التفكير ، فهم اللغة الطبيعية ، الروبوتات) ، العلوم المعرفية ، تعليم علوم الكمبيوتر ، المعلوماتية الحيوية.

قسم العلوم البيولوجية

علم الأحياء ، علم الوراثة ، التطور ، الإحصاء الحيوي ، دورتان في المعلوماتية الحيوية

النباتات النادرة ، الفيزيولوجيا العصبية ، الأمراض الميكروبية ، الوراثة الفيروسية ، الوراثة التطورية والبيئية

ماجستير ودكتوراه- درجتان في المعلوماتية الطبية الحيوية مع خيار التركيز في المعلوماتية الحيوية

قسم المعلوماتية الطبية الحيوية

ماجستير: 30 ساعة معتمدة المطلوبة ، امتحان شفوي دكتوراه: 60 ساعة معتمدة ، امتحان كومب ، أطروحة ، عرض ندوة حول البحث ، عرض شفوي ، أطروحة.

معايير ترميز ومشاركة المبادئ التوجيهية السريرية ، ومعلوماتية مرض السكري ، واستخراج البيانات السريرية

بكالوريوس في المعلوماتية الطبية الحيوية

التكنولوجيا - المعلوماتية الطبية الحيوية

126 ساعة معتمدة (أكبر تركيز في المعلوماتية الطبية الحيوية والرعاية الصحية: 28 ساعة معتمدة ، البرمجة: 19 ساعة معتمدة ، الرياضيات والعلوم: 16 ساعة معتمدة)

لم يذكر أي بحث محدد.

برنامج فرعي جامعي ، ماجستير - كلا الدرجتين لهما تركيزات في المعلوماتية الحيوية دكتوراه في المعلوماتية الحيوية المتكاملة

كلية الهندسة الطبية الحيوية والعلوم والنظم الصحية - مركز المعلوماتية الحيوية المتكاملة-

قاصر المرحلة الجامعية: فصلين أساسيين ودورتين دراسيتين لمشروع بحث كبير ، ماجستير ودكتوراه: لا توجد متطلبات محددة متاحة على صفحة الويب

المستشعرات الطبية والطبية الحيوية ، هندسة الأنسجة ثلاثية الأبعاد ، الطب الحيوي
البصريات ، دمج تكنولوجيا النانو مع
التطبيقات الطبية الحيوية ، الأطراف الاصطناعية.

دكتوراه في علم الأحياء الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية (مصرف البحرين المركزي)

معهد ديوك لعلوم الجينوم وسياسة أمبير

الفصول الأساسية والاختيارية والامتحانات وندوات الخريجين والتناوب والأطروحة

الهندسة الحسابية والمنفصلة ، علم الأحياء الحسابي ، قواعد البيانات المكانية ، الروبوتات ، علم الأحياء التطوري ، القائمة على http://cbb.genome.duke.edu/faculty

كلاهما في المعلوماتية الحيوية: خريج ماجستير في العلوم المهنية ، وشهادة دراسات عليا.

الأقسام المشاركة المتعددة: أقسام الأحياء والكيمياء وعلوم الحاسب والرياضيات في كلية الآداب والعلوم ، وقسم الإدارة في كلية الأعمال.

السيدة. : تتطلب 34-36 ساعة معتمدة من العمل. الشهادة: تتطلب 18 ساعة معتمدة من عمل الدورة التي تغطي المجالات التي تتكون منها مواد الماجستير. يمكن استخدام الشهادة كبوابة لبرنامج MS للطلاب الذين قد لا يكونوا متأكدين من رغبتهم في الحصول على درجة الماجستير.

لا يوجد بحث محدد متاح على الموقع

ماجستير ودكتوراه في علوم الحاسب مع التخصص

قسم علوم الحاسوب

اعتمادات MS-15 لفئات CS المطلوبة و 15 مقررًا اختياريًا أو 9 مواد اختيارية ، وخيار أطروحة الدكتوراه - 6 فصول CS مطلوبة ، و 6 مواد اختيارية ، و 24 وحدة أطروحة ، وساعتان معتمدتان من الندوة

اكتشاف الأنماط في التسلسلات والهياكل ، وتحليل بيانات المصفوفة الدقيقة ، وتصميم التمهيدي والمسبار ، وتحليل النشوء والتطور ، ومعالجة الصور - التي أجرتها BioRG

ماجستير / دكتوراه في الرياضيات الطبية الحيوية

قسم الرياضيات

ماجستير: 36 ساعة من الدورات الدراسية والندوات الدكتوراه: متطلبات درجة الماجستير ، امتحان كومب ، أطروحة

علم وظائف الأعضاء الرياضي ، تحديد بنية البروتين ، رسم خرائط الدماغ البشري ، طوبولوجيا الحمض النووي

شهادة جامعية ، شهادة مهنية

قسم العلوم البيولوجية والصحية (الأقسام الحيوية / الصحية) بالاشتراك مع قسم تكنولوجيا الحاسب ونظم المعلومات (CTIS)

53 ساعة معتمدة للحصول على درجة الزمالة ، و 49 للحصول على الشهادة

ماجستير ، دكتوراه ، خريج شهادة البكالوريوس في المعلوماتية الحيوية

كلية العلوم الحسابية

MS: 31 ساعة معتمدة بما في ذلك مشروع بحث أو رسالة ماجستير. الدكتوراه: مجموع 72 ساعة معتمدة ، 48 ساعة معتمدة و 24 ساعة معتمدة لبحث الأطروحة. - شهادة 15 ساعة معتمدة

تكامل قواعد البيانات السريرية والتعبير الجيني والتعبير الجيني وبنية البروتين وتحليل الوظائف ونماذج العمليات الخلوية والاستقلابية ونماذج الاتحادات الميكروبية. يتناول البحث في البرنامج الأساليب الحسابية الأساسية مع تطبيقات في المعلوماتية الحيوية ، بما في ذلك الهندسة الحسابية ومعالجة الصور والتعرف على الأنماط واستخراج البيانات

بكالوريوس في علوم الكمبيوتر أو علم الأحياء مع التركيز في المعلوماتية الحيوية أو بكالوريوس مزدوج في علوم الكمبيوتر وعلم الأحياء ، وماجستير في علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية مع مسارات في علم الأحياء أو علوم الكمبيوتر

تعدد الأقسام المشاركة

بكالوريوس: 130 ساعة معتمدة مطلوبة جنبًا إلى جنب مع المناهج المقررة ، درجة البكالوريوس المزدوجة: 133 ساعة معتمدة مطلوبة في علم الأحياء MS: خيار بدون أطروحة ، 35 ساعة معتمدة مطلوبة مع مشروع نهائي. خيار الرسالة: 32 ساعة معتمدة بالإضافة إلى الرسالة. CS MS: 38 ساعة معتمدة مطلوبة.

علم الوراثة ، نظم المعلومات ، الجينوميات والبروتيوميات الخاصة بفيروس نقص المناعة البشرية وأمراض القلب والأوعية الدموية

ماجستير في الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية مع التخصص في التكنولوجيا الحيوية والتركيز في المعلوماتية الحيوية

كلية الطب ، قسم الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية

برنامج فردي. بالإضافة إلى دورات برنامج التكنولوجيا الحيوية ، يمكن للطلاب أخذ دورات في المعلوماتية الحيوية ، وعلوم الكمبيوتر ، وكذلك التدريب في المعلوماتية الحيوية. يمكن أن يكون هذا التدريب في الأوساط الأكاديمية أو في الصناعة. 6 فصول أساسية. .

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

ماجستير في علم الأحياء ، دكتوراه في المعلوماتية الحيوية - مدارس مشاركة متعددة

اعتمادات MS-37 ، ثلاثة فصول دراسية من دورات محددة في علم الأحياء والرياضيات وبرمجة الكمبيوتر والكيمياء. درجة الدكتوراه في المعلوماتية الحيوية - 36 ساعة معتمدة ، 24 ساعة معتمدة للبحث

تحليل تسلسل الحمض النووي والبروتين ، التحليل الجيني المقارن ، تحليل النظم وتحليل الهيكل والتنبؤ.

السيدة. في الطب والمعلوماتية الحيوية

كلية الحاسبات ونظم المعلومات

36 ساعة معتمدة وتدريب داخلي في منظمات مكان العمل الشريكة ، بدون أطروحة

تحليل صناعة الكمبيوتر ، سياسة نظم المعلومات في الإدارة ، تبادل البيانات المتنقلة / XML

قسم العلوم الصحية والتكنولوجيا بجامعة هارفارد

المقررات الأساسية ومتطلبات الرسالة

معالجة المعلومات في الطب والاتصال في الطب.

قسم العلوم الصحية والتكنولوجيا بجامعة هارفارد

المقررات الأساسية ومتطلبات الأطروحة ، دورات متعددة التخصصات بين المدرستين.

لا توجد معلومات متاحة عن اهتمامات بحثية محددة

المعلوماتية الحيوية ماجستير ، دكتوراه المعلومات الحيوية الثانوية

كلية المعلوماتية ، قسم الأحياء

MS: 36 ساعة معتمدة ، 6 ساعات معتمدة ، 6 وحدات معلوماتية حيوية ، 18 ساعة معتمدة من الاختيارية ، 6 ساعات معتمدة لمشروع / أطروحة / تدريب دكتوراه ثانوي: 12 ساعة معتمدة

التعرف على نمط التسلسل (علم النسخ ، والتنبؤ بالمنطقة التنظيمية والتوصيف ، والتعرف على موقع الربط ، والتنبؤ بالجينات) الجينوم المقارن (مقارنات الجينوم الكاملة ، واللغويات الحيوية ، والتحليل الوراثي) الجينوميات الهيكلية (الحمض النووي ، والحمض النووي الريبي ، والتنبؤ بالهيكل الثانوي للبروتينات ذات الصلة بتجميع القطع في أنظمة تسلسل الحمض النووي البيولوجيا (الشبكات البيولوجية ، البروتينات ، شرح البروتين) نماذج التطور (الوراثة الكمية أو السكانية ، التطور الجزيئي ، النظريات الكيميائية الحيوية لأصل الحياة) النمذجة الجزيئية وتصميم الأدوية.

كلية المعلوماتية مع أقسام علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر والكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية وأقسام أخرى في كلية الطب.

MS: 36 ساعة معتمدة ، 6 اعتمادات أساسية ، 3 اعتمادات المعلوماتية الحيوية ، 21 ساعة معتمدة من الاختيارية ، 6 وحدات مشروع / أطروحة / تدريب

برنامج في المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية مع العديد من الأقسام المشاركة

دورات في علم الوراثة ، والبيولوجيا الجزيئية ، والرياضيات والإحصاء ، وعلوم الكمبيوتر ، مع تناوب البحث في السنة الأولى ، مشروع بحث أطروحة متعدد التخصصات أكمل السنة الثانية. مطلوب 72 ساعة معتمدة.

البحث الذكي ، مخازن البيانات ، الأدوات التحليلية ، الحوسبة عالية الأداء في علم الجينوم

ماجستير في علوم الصحة (MHS)

كلية الصحة العامة: أقسام علم الأحياء الدقيقة الجزيئية والمناعة والإحصاء الحيوي

يُطلب من الطلاب الحصول على 16 ساعة معتمدة لكل فصل دراسي في عامهم الأول ، بما في ذلك ما لا يقل عن 12 ساعة معتمدة خارج الإحصاء الحيوي. مطلوب ما لا يقل عن 64 ساعة معتمدة للتخرج وتشمل مشروع تتويجا ، ومحفظة ويب.

آليات تنظيم الجينات الوراثية واللاجينية في النباتات ، وعلم الوراثة البشرية ، وعلم الوراثة الإحصائية ، وتحليل البقاء ، والتجارب السريرية ، والدراسات الوبائية ، ومراقبة الإرهاب البيولوجي ، وتحليل بيانات المصفوفات الدقيقة ، واكتشاف العلامات الحيوية والتحقق من صحتها ، والمنهجية الإحصائية ، وتحليل البيانات الطولية ، وعلم الجينوم ، وعلم الأوبئة البيئية.

المرشحين قبل وبعد الدكتوراه في علم الأحياء المؤسسي

معهد البحوث الفيزيائية الحيوية

يتقدم المرشحون للدراسات العليا مباشرة إلى القسم الأكاديمي الذي يختارونه. يتم قبول الطلاب المقبولين كزملاء ما قبل الدكتوراه في البرنامج عامهم الأول في هوبكنز كطالب دراسات عليا في قسمهم الأكاديمي بهدف إرضاء درجة الدكتوراه. متطلبات الدرجة في هذا القسم. بعد ذلك ، يتمتع هؤلاء الطلاب بحرية كبيرة في تحديد برنامج الدراسات العليا الخاص بهم بناءً على اهتماماتهم المحددة.

البروتين والحمض النووي الريبي: الطي ، وعلم الطاقة ، والديناميكيات ، والميكانيكا الحسابية للبروتينات الكبيرة ، والإحصاءات التوافقية للجزيئات البيولوجية الكبيرة ، والرياضيات التطبيقية ، والفيزياء الحيوية الحاسوبية لأنظمة الأغشية ، والنمذجة الجزيئية الحيوية ، وتصميم البروتين الحاسوبي ، والربط الترابطي

ماجستير في المعلوماتية الحيوية (خيار لإكمال درجة الماجستير في المعلوماتية الحيوية عبر الإنترنت بالكامل)

دراسات التكنولوجيا الحيوية المتقدمة في هوبكنز ، مدرسة زانفيل كريجر للفنون والعلوم وكلية وايتينج للهندسة

ما مجموعه 11 دورة لإكمال متطلبات الدرجة: خمس دورات أساسية ، وأربع دورات تركيز ، ومادة اختيارية من العلوم الحيوية ، ومادة اختيارية من علوم الكمبيوتر. بعد الانتهاء من الدورات الأساسية والتركيز ، يمكن للطلاب اختيار مشروع دراسة مستقل كواحد من اختياراتهم أو كليهما. لدى الطلاب ما يصل إلى خمس سنوات لإكمال البرنامج.

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

السيدة. في التكنولوجيا الحيوية مع تركيز المعلوماتية الحيوية

كلية العلوم الطبيعية والتطبيقية والصحية

38-42 ساعة معتمدة ، ورقة مشروع بحث مكتوبة ، عرض بحث في منتدى عام.

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

الماجستير المهني في العلوم البيولوجية ، دكتوراه في علم الأحياء والأنظمة الحاسوبية

الدكتوراه: KGI و Claremont Gradu في كلية العلوم الرياضية بجامعة

ماجستير: سنتان أكاديميتان من العمل ، مع فترة تدريب خلال الصيف وورقة الماجستير ، دكتوراه: 72 وحدة من الدورات الدراسية ، أطروحة

تحسين إنتاج البروتينات المؤتلف الخميرة تقنيات الجينوم والبروتينات والخلايا الدقيقة تقنيات تضخيم الحمض النووي وطرق التحليل التحليل الجزيئي والحاسبي للشبكات التنظيمية التصميم العقلاني للعلاج متعدد الأدوية لفيروس نقص المناعة البشرية والجينوم الهيكلي

أقسام الرياضيات والإحصاء وعلوم الكمبيوتر والهندسة الحيوية والكهربائية (MU) والمعلوماتية الحيوية والبحوث الطبية الحيوية (UWM)

الرسالة: 24 ساعة معتمدة بالإضافة إلى الرسالة (6 ساعات معتمدة). بدون أطروحة: 36 ساعة معتمدة.الدورات الأساسية المطلوبة لكلا الخيارين.

تحديد الأنظمة المطبق على التحكم العصبي العضلي في علم التحكم الآلي للحركة وتعلم تصميم روبوتات إعادة التأهيل للأجهزة الطبية القائمة على الكمبيوتر للصحة العصبية عن بعد الحوسبة النمذجة الحاسوبية للأنظمة الطبية الحيوية ، ومعالجة الصور وتحليلها ، ونمذجة ديناميكا الدم الرئوية ، والمعادلات المتكاملة المدرجة في http://gp.bbc .mcw.edu / people / faculty.html.

قسم القياس الحيوي وعلم الأوبئة

ماجستير: 5 دورات أساسية و 6 دورات مطلوبة لمسار المعلوماتية الحيوية دكتوراه: 7 دورات أساسية ، ثلاث دورات معملية مع موجهين مختلفين ، امتحان كتابي أساسي ، امتحان مؤهل كتابي متقدم ، ويجب على جميع الطلاب إثبات الكفاءة في لغة كمبيوتر واحدة على الأقل.

تركز أنشطة البحث الجماعي على تحديد النظرية وتطوير الخوارزمية مع التركيز بشكل خاص على بيولوجيا الأنظمة ، ونمذجة أنظمة S للعمليات الديناميكية مثل التمثيل الغذائي والشبكات التنظيمية ، والتعلم الآلي ، بما في ذلك الذكاء الاصطناعي ، أي الشبكات العصبية الاصطناعية ، وشبكات بايز والتحليل الاستكشافي. بواسطة الإحصاء متعدد المتغيرات.

قسم العلوم البيولوجية

مطلوب 74 ساعة معتمدة من عمل المعلوماتية الحيوية وخبرة العمل التعاوني الإلزامي.

علم المناعة والسموم الميكروبية والكيمياء الحيوية والتشخيص الجزيئي

تركيز بكالوريوس في المعلوماتية الحيوية

قسم علوم الحاسوب

إجمالي 124 ساعة معتمدة (66 ساعة معتمدة مجتمعة من المقررات الأساسية في علوم الكمبيوتر والبيولوجيا)

لا يوجد بحث محدد متاح على الموقع

قسم التعليم المهني المستمر

4 دورات (12 ساعة معتمدة) - 3 دورات أساسية وواحدة اختيارية

لا يوجد بحث محدد متاح على الموقع

ماجستير (بدون أطروحة) ، دكتوراه ، فرعي (للطلاب الذين يسعون للحصول على درجة الدكتوراه في الجينوم الوظيفي أو تخصص آخر ، لا يوجد عرض ثانوي للحصول على درجات ماجستير)

برنامج في علوم الجينوم

ماجستير: 33-36 ساعة معتمدة: 15 جوهر علوم الجينوم ، 9 أساسيات معلوماتية حيوية ، 9 ساعات معتمدة من الاختيارية ، مع امتحان شفوي ، درجة غير أطروحة. الدكتوراه: 72 ساعة معتمدة: 15 علم الجينوم ، 9 أساسيات المعلوماتية الحيوية ، 48 معلوماتية حيوية وأطروحة.

استخدام أدوات علم الجينوم لتحديد مواقع السمات الكمية ، وعلم الوراثة الكمي التطوري والتطور الجزيئي ، والسكان الجزيئي وعلم الوراثة التطوري ، وتطبيق نظرية المعلومات على علم الوراثة ، وعلم الوراثة الجزيئية الفطرية ، وتصميم الحمض النووي ، والبيولوجيا الجزيئية والفيزياء الحيوية

برنامج قسم علم الأحياء في المعلوماتية الحيوية مع العديد من الأقسام المشاركة

32 ساعة معتمدة المطلوبة. يمكن ملء الدورات الأساسية مع المواد الاختيارية والتدريب الداخلي وبعض الخلفية في التخصصات الأساسية بعمل إضافي.

المسار الجيني لتكوين خلايا الدم الحمراء ، وعلم وظائف الأعضاء الحسية للكائنات الدقيقة ، وطرق التحليل النظري والحاسبي للجزيئات البيولوجية الكبيرة ، وتطوير تطبيقات المعلومات الحيوية الأمامية للكمبيوتر للتصور والتحليل ، وأنظمة المعلومات الإلكترونية المستقبلية لأدبيات البحث العلمي ، وفهم الأساس الجزيئي لـ إشارات عبر الغشاء بواسطة مستقبلات البروتين G ، والجسيمات النانوية ، وأنظمة الكم

تخصص MS ، شهادة

قسم العلوم البيولوجية

30 ساعة معتمدة للحصول على ماجستير مع التخصص ، 16-17 ساعة معتمدة مطلوبة للشهادة

عمليات بحث Arabidopsis BLAST ، ودراسات معدل الإنزيم ، ومصفوفات التشابه ، ودراسات كروموسوم الأرز

كلية الهندسة والعلوم التطبيقية - قسم الهندسة الكهربائية وعلوم الحاسوب

3 دورات أساسية ، تسلسل الندوة ، خمس مواد اختيارية ، 3 وحدات بحث مستقل مع إنفاق ربع واحد في بيئة صناعية ، أطروحة مطلوبة.

دكتوراه (يشجع البرنامج جميع المتقدمين على الذهاب للحصول على درجة الدكتوراه ، ويتلقاها جميع الطلاب الذين يجتازون امتحاناتهم العامة (تقريبًا بعد عامهم الثاني))

برنامج الفيزياء الحيوية قسم البيولوجيا الحاسوبية والفيزياء الحيوية الجزيئية

البرامج فردية للغاية ويتم العمل عليها مع مرشدك في شكل عقد. قبل نهاية الربع العاشر من الإقامة ، يجب على الطالب إكمال كل من الاختبار التمهيدي التحريري والامتحان العام. الدفاع عن الأطروحة مطلوب لإكمال الدرجة.

تجميع ووظيفة مجمعات البروتين والشبكات العصبية ووظيفة ناقلات الذائبة في الصحة والمرض.

جميع الدرجات العلمية في المعلوماتية الطبية الحيوية: ماجستير (بحثي) وماجستير (مهني) ، شهادة دراسات عليا دكتوراه

قسم المعلوماتية الطبية وعلم الأوبئة السريري

بحث ماجستير: مطلوب 60 ساعة معتمدة ، مع 48 ساعة معتمدة للعمل الدراسي موزعة على أربعة مجالات أساسية ، و 12 ساعة معتمدة من بحث الأطروحة. ماجستير متخصص: 52 ساعة معتمدة مطلوبة مع مشروع Capstone. ستة ائتمانات في الحرم الجامعي متطلب دكتوراه: الفصول الأساسية (48 ساعة) ، طرق البحث المتقدمة (12 ساعة بعد الحد الأدنى في ماجستير) ، المعلوماتية الخارجية (12 ساعة) ، الامتحان التأهيلي ، الندوة (3 ساعات) ، ندوة الدكتوراه (12) + ساعات ، ساعتان / فصل دراسي) ، بحث أطروحة (48 ساعة) ، تدريس موجه (حتى 6 ساعات) الشهادة: ثماني دورات (3 ساعات معتمدة لكل منهما).

تشمل مجالات البحث السجلات الطبية الإلكترونية ، واسترجاع المعلومات ، وتقييم احتياجات المعلومات ، وواجهات التفاعل بين الإنسان والحاسوب ، ومعلومات صحة المستهلك ، والتطبيب عن بعد ، وعلم الأوبئة السريري ، والبحوث القائمة على الاتحاد.

خمس سنوات ، برنامج درجة مزدوجة: بكالوريوس درجة علوم الكمبيوتر ودرجة الماجستير في المعلوماتية الطبية الحيوية بنهاية خمس سنوات

قسم علوم الكمبيوتر بجامعة الأمير سلطان وقسم المعلوماتية الطبية وعلم الأوبئة السريري في جامعة الأمير سلطان

ب. درجة في علوم الكمبيوتر من متطلبات جامعة الأمير سلطان وماجستير في المعلوماتية الطبية الحيوية من متطلبات OHSU. انظر صفحة الدورة.

لا يوجد بحث محدد مذكور على صفحة الويب. قائمة الكلية / البحث: http://www.cs.pdx.edu/facultyIndex.php

كلية العلوم النظرية والتطبيقية

128 ساعة معتمدة ، 65 ساعة معتمدة أساسية مع خيار لأبحاث المعلوماتية الحيوية مع أعضاء هيئة التدريس أو التدريب في الصناعة

تطبيقات خادم العميل ، ومنهجية تخليق الببتيد ، وأبحاث الحمض النووي ، وعلم الوراثة الجزيئي وعلم وظائف الأعضاء ، وتصميم قاعدة البيانات

بكالوريوس ، ماجستير في العلوم التطبيقية مع التركيز في المعلوماتية الحيوية ، دكتوراه في علم الأحياء مع التركيز في المعلوماتية الحيوية ، شهادة في المعلوماتية الحيوية

كلية العلوم قسم العلوم التطبيقية وعلم الأحياء

الشهادة: 13-14 Rensselaer graduat e Crits لا توجد معلومات على موقع الويب عن الآخرين (الملفات غير متوفرة (خارج الخط))

تنظيم التعبير الجيني ، طي البروتين وهيكله ، استخراج البيانات ، المحاكاة الجزيئية ، تصميم الأدوية

ماجستير في علوم الكمبيوتر مع التركيز

قسم علوم الحاسوب

بكالوريوس ، ماجستير (مهني) ، بكالوريوس / ماجستير (يمكن دمج برنامج البكالوريوس الحالي مع برنامج ماجستير في المعلوماتية الحيوية ، مما يسمح للتخصصات الجامعية بالحصول على درجتين في أقل من خمس سنوات.)

قسم العلوم البيولوجية

درجة البكالوريوس: 187 ساعة معتمدة بما في ذلك متطلبات ماجستير لخبرة تعليمية تعاونية كاملة ليست موجودة على موقع الويب

لا يوجد بحث محدد مذكور (صفحة الويب قيد التطوير)

قسم علم الأحياء (مركز جامعة نيويورك لعلم الجينوم الوظيفي المقارن)

لا توجد معلومات محددة متاحة.

بيولوجيا الأنظمة وبنية البروتيين ، الجينوم الإحصائي ، قواعد البيانات وبيولوجيا الأنظمة ، C. elegans علم الجينوم التطوري ، وشبكات النسخ المتطاير

كلية العلوم الطبيعية

52 ساعة معتمدة من الدورات الأساسية ، مع 13 ساعة معتمدة اختيارية مطلوبة في المعلوماتية الحيوية

ماجستير (أكاديمي - برنامج في الحرم الجامعي بدوام كامل) ، ماجستير (محترف - بدوام جزئي ، عبر الإنترنت ، برنامج عن بعد) ، ماجستير (مشترك ، جامعة ستانفورد فقط) ، دكتوراه ، برنامج ماجستير مشترك (طلاب جامعيون في ستانفورد فقط) ، شهادة

قسم المعلوماتية الطبية الحيوية مركز ستانفورد للتطوير المهني (SCPD) (برنامج شهادة)

ماجستير (أكاديمي): أطروحة بالإضافة إلى إكمال ما لا يقل عن 45 وحدة دورة ماجستير (محترف): مطابق لدرجة الماجستير الأكاديمية ، باستثناء عدم وجود متطلبات أطروحة دكتوراه: بحد أدنى 135 وحدة دراسية في المعلوماتية الطبية الحيوية ، والمعرفة بالمجال الطبي الحيوي ، وعلوم الكمبيوتر ، والاحتمالية ، الإحصاء والقضايا الاجتماعية والأخلاقية التأهيلية الفحص الشفوي (في موعد لا يتجاوز نهاية السنة الثالثة) ورسالة الدكتوراه حول السنة الخامسة.

مواضيع متنوعة بما في ذلك: المعلوماتية الطبية الحيوية ، والتصوير الطبي الحيوي ، وهندسة الأنطولوجيا ، والسجلات الطبية الإلكترونية ، وعلم الوراثة الدوائية / علم الصيدلة الجيني ، وأوصاف استرداد المعلومات لمشاريع البحث التابعة المتاحة على http://bmi.stanford.edu/affiliatedproj.htm

بكالوريوس ، ماجستير ، دكتوراه في البيولوجيا الكيميائية مع شهادة تركيز

قسم الكيمياء والبيولوجيا الكيميائية

ماجستير: 30 ساعة معتمدة مطلوبة (أطروحة غير مطلوبة ، ولكن يتم تشجيعها) الدكتوراه مطلوب تسعون رصيدًا من عمل الخريجين في برنامج دراسي معتمد بعد درجة البكالوريوس ، وقد يشمل ذلك ما يصل إلى 30 ساعة معتمدة تم الحصول عليها في برنامج درجة الماجستير ، إذا كانت منطقة درجة الماجستير ذات صلة ببرنامج الدكتوراه. أولئك الحاصلين على درجة الماجستير الذين يرغبون في تحويل تلك الاعتمادات إلى الدكتوراه. يجب أن تدرك أنه يمكن استخدام درجة ماجستير واحدة فقط للحصول على درجة الدكتوراه وأطروحة الدكتوراه والدفاع. الشهادة: 12 ساعة معتمدة (4 دورات) ، وكلها قابلة للتحويل إلى برنامج درجة الماجستير المناسب.

توليف وتوصيف البوليمر ، وطرق التحليل الآلي ، والكيمياء الطبية والكيمياء الإنشائية (النظرية وكذلك التجريبية) هي مجالات الكيمياء التي حصل فيها القسم على اعتراف دولي.

ULAR الجامعية الثانوية ، ماجستير ، دكتوراه ، شهادة مهنية في المعلوماتية الحيوية (PCB) وشهادة الدراسات العليا في المعلوماتية الحيوية (GCB) قيد التطوير

برنامج الدراسات العليا المشترك UALR / UAMS في المعلوماتية الحيوية ULAR فرعي فرعي: أقسام علم الأحياء وعلوم المعلومات

التخصص الفرعي: لتخصصات علوم المعلومات وعلوم الحاسب: 18 ساعة معتمدة. MS: ما يقرب من 34 ساعة معتمدة من الدورات الدراسية في 10 دورات ، و 4 وحدات دراسية إجمالية للندوة على مدار 4 فصول دراسية ، واعتمادات إجمالية لـ 4 دورات في معمل الأبحاث على فصلين دراسيين. الدكتوراه: يتطلب إكمال برنامج الماجستير في المعلوماتية الحيوية. بعد ذلك ، يركز الطلاب بشكل حصري تقريبًا على أبحاثهم ويجب أن يكملوا ما لا يقل عن 36 ساعة معتمدة إضافية

فهم آليات نقل الإشارات التي تتم بوساطة المستقبلات وإشارات الإشارات داخل الخلايا فيما يتعلق بالتغيرات البيئية أو في حالات المرض النظاميات الجزيئية والتطور ، والإيكولوجيا ، والإحصاء الحيوي ، الهندسة المعمارية عالية المستوى الموجهة لمجال هندسة البرمجيات ، وتطوير البرمجيات القائمة على المكونات ، والتعدين الذكي لبيانات التطوير القائم على واجهة المستخدم ، انظر http://bioinformatics.ualr.edu/academics/bioinformatics_graduate_faculty.html

تخصصات ماجستير ، دكتوراه ، ماجستير / دكتوراه. برنامج (مخصص للطلاب الذين يتمثل هدفهم النهائي في الحصول على درجة الدكتوراه ، ولكنهم لا يحملون حاليًا درجة الماجستير في علوم الكمبيوتر ، ويحصل الطلاب على درجة الماجستير في الطريق إلى الدكتوراه. التقى ولكن هذا سيحدث عادةً في وقت متأخر جدًا عما إذا كنت تدرس مباشرة للحصول على ماجستير حيث يُتوقع منك أن تشارك بشكل كبير في البحث الذي يحسب لنيل درجة الدكتوراه ولكن ليس للحصول على درجة الماجستير)

قسم علوم الحاسب والمعلومات المتاحة للحصول على درجة الدكتوراه. تخصص في المعلوماتية الحيوية بالتعاون مع المركز الصحي الأكاديمي UAB.

MS: مع التخصص ، يستغرق الطلاب 15 ساعة في مجال التخصص (6 ساعات مطلوبة ، 9 ساعات اختيارية) و 21 ساعة من دورات علوم الكمبيوتر الأخرى ، لما مجموعه 36 ساعة يجب أن يفي بمتطلبات امتحان الخروج ومتطلبات الاتساع. الدكتوراه: خيارات الدراسة المرنة التي لا تحتوي على دورات مطلوبة ، ولكنها تركز على التدريب الفردي المناسب للمرشح المحتمل المحدد ومجال تخصصه تتطلب الدكتوراه اختبارات تأهيلية وشاملة وأطروحة ودفاع

مشاريع بحثية مشتركة مع مجموعات تشمل برنامج الدراسات العليا في الهندسة الطبية الحيوية ، ومركز علم البلورات ، وقسم الكيمياء الحيوية ، وقسم علوم المواد والهندسة الميكانيكية. فرص البحث في المعلوماتية الطبية المتاحة في مشاريع أبحاث تصفية المعلومات بالتعاون مع إدارة المعلومات الصحية. بعض المشاريع تابعة لمركز تعليم وبحوث الاتصالات. كما تم إنشاء علاقات بحثية مع العديد من المختبرات الوطنية: لورانس ليفرمور ولوس ألاموس وأرجون. توفر هذه العلاقات فرصًا لطلاب الدراسات العليا لاستخدام المرافق في هذه المواقع.

بكالوريوس في المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحسابي (BCB)

كلية الآداب والعلوم - يختار الطلاب في برنامج BCB تخصصًا من بين أربعة تخصصات ، يتم تقديمها في أقسام العلوم البيولوجية ، وعلم وظائف الأعضاء والفيزياء الحيوية ، وعلوم الكمبيوتر والهندسة ، والرياضيات.

يكمل الطلاب في البرنامج تخصصًا كاملاً في مجال تركيزهم ويأخذون أيضًا دورات إضافية مهمة للمعلوماتية الحيوية في التخصصات التي تكمل تركيزهم. يأخذ جميع الطلاب دورات في حساب التفاضل والتكامل والإحصاء والبيولوجيا الجزيئية والكيمياء العضوية وقواعد البيانات ، بالإضافة إلى دورة أساسية في المعلوماتية الحيوية. بالإضافة إلى ذلك ، يسجل الطلاب في ندوة المعلوماتية الحيوية ويكملون مشروعًا متعدد التخصصات خلال سنتهم الأخيرة. 120 مجموع الائتمانات المطلوبة. راجع http://undergrad-catalog.buffalo.edu/academicprograms/bioinfo.shtml للحصول على متطلبات الدورة التدريبية المحددة والساعات المعتمدة.

علم الأحياء الحسابي ، بنية البروتين والتنبؤ بالوظيفة على نطاق الجينوم ، الجينوميات الحسابية ، البروتينات ، علم الصيدلة الجيني ، الأيض ، علم التخلق والمحاكاة البيولوجية واسعة النطاق ، بهدف نهائي هو محاكاة الخلايا بأكملها على المستوى الجزيئي.

التسلسل المهني (التسلسل المهني في المعلوماتية الحيوية: الطرق الكمية والحسابية) مع الحصول على الشهادة

ملحق جامعة كاليفورنيا في بيركلي - التعليم المستمر

ثلاث مقررات دراسية بفصلين دراسيين / 30 ساعة معتمدة ومقرر 0.7 CEU بمجموع 97 ساعة (6 وحدات فصل دراسي و 0.7 CEu). يجب إكمال جميع الدورات الدراسية في غضون عامين ، بمتوسط ​​درجة لا يقل عن 2.5 ولا تقل درجة عن C في أي فصل دراسي. لا توجد بدائل أو تنازلات

لا يوجد بحث محدد مذكور على الموقع.

ماجستير ، دكتوراه ، كلاهما لهما مجالات بحثية في المعلوماتية في علم الأحياء أو الطب

ثلاث دورات أساسية ، بالإضافة إلى 6 دورات إضافية على الأقل ، ودورات لتلبية متطلبات واسعة النطاق. الدورات الأساسية الأخرى المطلوبة لمدرسة ICS. متطلبات الورق للدكتوراه. الدرجة العلمية. يجب على كل طالب كتابة ورقة استطلاع وورقة بحث ذات جودة قابلة للنشر.

تشمل الأبحاث في المعلوماتية الحيوية / الطبية ما يلي: الوصول إلى المعلومات الطبية تمثيل المعرفة لإرشادات الرعاية الصحية الهيكل في البيانات الطبية الحيوية المحاكاة الطبية الحيوية اكتشاف التحكم في التعبير الجيني اكتشاف المعرفة في قواعد البيانات السريرية علم الأحياء الحسابي المعلوماتية الحيوية والنمذجة الاحتمالية

بكالوريوس في علم التحكم الآلي مع التركيز في المعلوماتية الحيوية ، ماجستير ، دكتوراه

متعدد. الأقسام: الرياضيات الحيوية والكيمياء والكيمياء الحيوية والإحصاء وعلوم الكمبيوتر وآخرون.


بكالوريوس: منهجية أساسية (6 دورات: 23 وحدة) ، منطقة تركيز المعلوماتية الحيوية (38 أو 32 وحدة) ، 6 دورات مختارة من قائمة الدورات المعتمدة في المعلوماتية الحيوية ومنطقة اتساع النطاق (3 دورات: 12 وحدة كحد أدنى).

توقع بنية بروتين الغشاء ، تحليل تطور الجينوم ، المصفوفات الدقيقة

دكتوراه في علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية (GGB) مع تخصص فرعي في مسار علم الجينوم / المعلوماتية الحيوية. يدير برنامج GGB أيضًا منهجًا جامعيًا كاملاً في علم الجينوم / المعلوماتية الحيوية في تخصص العلوم البيولوجية.

برنامج الدراسات العليا في علم الوراثة وعلم الجينوم والمعلوماتية الحيوية (GGB)

BS: المتطلبات الأساسية لعلوم الحياة (65 & # 821168 وحدة) ، علوم الكمبيوتر والرياضيات (16 وحدة). الأخلاق والعلوم (4 وحدات) ، متطلبات القسم العلوي (بحد أدنى 45 وحدة) ، الاختيارية على نطاق واسع ، الدراسة المستقلة أو البحث في مجال المعلوماتية الحيوية أو علم الجينوم يوصى به دكتوراه: الوقت المعياري إلى الدرجة 15 ربعًا: يتم تحديد متطلبات الدورة المحددة على أساس الانضباط الفرعي واحتياجات وأهداف الطالب الخاصة. يتم تشجيع الطلاب بشدة على المشاركة في دورات المختبر واختيار أستاذ رئيسي وبدء العمل البحثي في ​​وقت مبكر من تدريبهم (خلال السنة الأولى من الإقامة). الامتحان التمهيدي الكتابي والامتحان الشفوي التأهيلي ، ومتطلبات التدريس (ربع الخبرة التدريسية على الأقل) ، والأطروحة والامتحان الشفوي النهائي.

التلاعب الجيني للحشرات ذات الأهمية التجارية التنظيم الانتقالي الاستجابات الجزيئية للإجهاد البيئي والإيكولوجيا الميكروبية الجزيئية للآفات ومسببات الأمراض والخوارزميات التوليفية للنظام الإيكولوجي البيولوجيا الجزيئية الحسابية ، وضغط بيانات البيولوجيا الجزيئية الحسابية ، وإخفاء معلومات التنقيب عن المعلومات وغيرها في http: //www.genetics .ucr.edu / genomics_bioinformatics_faculty.html

بكالوريوس علوم الكمبيوتر مع تخصص في المعلوماتية الحيوية ، ودكتوراه ، وكذلك دكتوراه في المعلوماتية العصبية

بكالوريوس: قسم علوم وهندسة الكمبيوتر ، قسم الأحياء ، قسم الكيمياء والكيمياء الحيوية وقسم الهندسة الحيوية: دكتوراه: متعدد. الأقسام: 7 أقسام وبرامج دراسات عليا مشاركة - الهندسة الحيوية ، علم الأحياء ، العلوم الطبية الحيوية ، الكيمياء والكيمياء الحيوية ، علوم وهندسة الكمبيوتر ، الرياضيات ، والفيزياء

BS: متطلبات علوم وهندسة الكمبيوتر: 152 وحدة من سلسلة المعلومات الحيوية: 24 وحدة دكتوراه: البيانات البيولوجية وأدوات التحليل ، تحليل التسلسل ، التحليل الجينومي ، والإحصاء هي مجالات تم التأكيد عليها ثلاثة أرباع العمل المطلوب ، دورة واحدة من أربع وحدات في كل ربع سيكون تناوبًا بحثيًا في مختبر معلم هيئة التدريس بالبرنامج. ستشمل الدورات التسعة المتبقية 4 دورات أساسية إجبارية و 5 دورات يتم اختيارها من قائمة الاختيارية المعتمدة من قبل اللجنة الاستشارية. عند الانتهاء من متطلبات الدورة الرسمية ، سيُطلب من كل طالب إجراء اختبار تأهيلي كتابي وشفهي والذي من شأنه قبول الطالب في ترشيح الدكتوراه. برنامج. اعترف كل طالب دراسات عليا لدرجة الدكتوراه. تم تفويض برنامج المعلوماتية الحيوية للعمل كمساعد تدريس (TA) لمدة ربعين على الأقل. مطلوب أطروحة وامتحان شفهي نهائي.

شبكات تنظيم الجينات الاصطناعية ، خوارزميات للبيولوجيا الجزيئية الحسابية ، المعلوماتية الحيوية الهيكلية ، الذكاء الاصطناعي ، الإنزيمات ، علم الجينوم إلخ http://bioinformatics.ucsd.edu/faculty/index.htm#

MS & # 8211 The MS البرنامج مفتوح فقط للطلاب الحاصلين على درجة علمية أو مهنية متعلقة بالعلوم الصحية (على سبيل المثال ، ماجستير ، دكتور صيدلة ، ماجستير في علم الأوبئة)

برنامج الدراسات العليا في المعلوماتية البيولوجية والطبية

ماجستير: ما مجموعه 36 وحدة أكاديمية ودكتوراه مشروع بحث نهائي: لا توجد متطلبات وحدة لدرجة الدكتوراه ، ولكن المتطلبات تشمل امتحان التأهيل الشفوي والأطروحة.

هيكل ووظيفة وطي البروتينات والكروموسومات والجوانب المركزية تطبيقات تكنولوجيا الكمبيوتر في الطب السريري والتصوير تحليل المعلومات الحيوية والتجريبية لعائلات البروتين الفائقة لفهم العلاقات بين بنية البروتين ووظائفه وتطوير استراتيجيات لهندسة البروتين ، إلخ. http: // www. bmi.ucsf.edu/faculty.html

جميع الدرجات العلمية في المعلوماتية الحيوية: بكالوريوس (قد يتقدم طلاب المعلوماتية الحيوية في سنتهم الأخيرة للحصول على بكالوريوس / برنامج خريج مشترك) ، ثانوي (هذا التخصص الفرعي مناسب لتخصصات البيولوجيا والكيمياء أو لتخصصات علوم الكمبيوتر وهندسة الكمبيوتر.) ، ماجستير ودكتوراه.

قسم الهندسة الجزيئية الحيوية

ثانوي: 15 دورة كلاهما ماجستير يجب على طلاب الدكتوراه إكمال تسع دورات مكونة من 5 ساعات معتمدة (سبع دورات أساسية واثنان اختياريان) ودورة بحث وتدريس مكونة من 3 ساعات معتمدة. بالإضافة إلى ذلك ، أ. يجب على الطلاب إكمال 4 أرصدة ندوة ، بينما يجب على طلاب الدكتوراه إكمال 8 وحدات دراسية للندوة. أيضا ، م. يجب على الطلاب إكمال دورتين دراسيتين (1-Credit أو 2-Credit) بحثية ودكتوراه. يجب على الطلاب إكمال ثلاث دورات معملية بحثية مع مشرفين مختلفين. الأطروحة المطلوبة لكل من الماجستير والدكتوراه.

طرق البحث عن الجينات ، تقنيات الكشف عن الحمض النووي الريبي ، البروتينات ، تقدير توزيعات الأحماض الأمينية. أوصاف أكثر تحديدًا على http://www.cbse.ucsc.edu/research/research_bioinfproject.shtml

دكتوراه في الهندسة الطبية الحيوية مع التخصص في المعلوماتية الحيوية

قسم الهندسة الطبية الحيوية

138 ساعة معتمدة ، امتحان تأهيلي كتابي وشفهي في نهاية السنة الثانية ، آخر 2-3 سنوات مكرسة لإكمال الأطروحة

علم الأعصاب الحسابي ، وتعلم الكمبيوتر ، وعلم الجينوم ، وعلم البروتينات ، والنمذجة الحاسوبية ، وتطوير البرمجيات الحاسوبية وتطبيقات الرعاية الصحية. تجمع المعلوماتية الحيوية بين الباحثين في هندسة الكمبيوتر وعلوم الكمبيوتر وعلم الجينوم وعلم البروتينات وعلم الأعصاب

شهادة في علم الأحياء الحسابي

مركز البيولوجيا الحاسوبية

معالجة الصور والعلاج الإشعاعي ، علم الوراثة السكانية ، تصميم الخوارزمية لمشاكل رسم خرائط الحمض النووي ، الميكانيكا الحسابية

دكتوراه في علوم الصحة التحليلية / المعلوماتية الحيوية

مركز العلوم الصحية بجامعة كاليفورنيا - قسم الطب الوقائي والقياسات الحيوية

للتقدم للترشح في مسار الدكتوراه في AHS / Bioinformatics ، يجب على الطلاب إكمال ما لا يقل عن 30 ساعة معتمدة من الفصل الدراسي (بحد أدنى 10 ساعات معتمدة للفصل الدراسي من دورات المعلوماتية الحيوية) (بما في ذلك الاعتمادات الأكاديمية المحولة من برامج أخرى) وما لا يقل عن 30 الساعات المعتمدة الفصل الدراسي لبحوث أطروحة الدكتوراه. بينما يحتوي برنامج الدكتوراه على ثلاث دورات مطلوبة فقط ، يتعين على الطلاب في كثير من الأحيان ملء جوانب القصور بدورات اختيارية / موصى بها إضافية تتجاوز عملهم الأكاديمي السابق على مستوى الدراسات العليا. امتحان الأطروحة.

علم الوجود في الطب الحيوي ، الديناميكيات الجزيئية الحيوية ، التسلسل الجيني وتعدد الأشكال ، تحليل التعبير الجيني ، تحليل المسار الكيميائي الحيوي

ماجستير ودكتوراه المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية (BCB)

مبادرة المعلوماتية الحيوية والدراسات التطورية (IBEST)

تتطلب كلا الدرجتين: دورات أساسية ودورات متعمقة وتناوب معمل وندوات وخبرة في التدريس وأطروحة. MS: 32 ساعة معتمدة (9 ساعات معتمدة لبحث الأطروحة) ، الدكتوراه: 78 ساعة معتمدة (30 ساعة على الأقل من بحث الأطروحة).

البحث في ثلاثة تخصصات: العلوم البيولوجية والرياضية والحاسوبية. أخذ عينات من المشاريع: الديناميات المكانية لتفاعلات البلازميد والبكتيريا ، وتحليل المجتمع الميكروبي ، والنهج النظري لاختيار النموذج ، والشبكات البيئية المتطورة ، والخريطة الجينية للبطاطس. قائمة على http://styx.ibest.uidaho.edu/ibest/research.html

بكالوريوس في الهندسة الحيوية مع تركيز المعلوماتية الحيوية ماجستير ، دكتوراه المعلوماتية الحيوية

قسم الهندسة الحيوية

بكالوريوس: 128 ساعة معتمدة (12 ساعة اختيارية في مجال المعلوماتية الحيوية) الخريج: 36 ساعة معتمدة كحد أدنى من دورات محددة في الكيمياء الحيوية والرياضيات والإحصاء والهندسة الحيوية لماجستير ، 108 ساعة معتمدة لدرجة الدكتوراه. الأطروحة المطلوبة لكليهما.

المعلوماتية الحيوية الهيكلية - طرق حسابية متطورة لتحليل أسطح البروتين الملزمة والتعبئة الأساسية للبروتينات Cheminformatics - تطوير واصفات أشكال جديدة لتعدين البيانات الجزيئية لاكتشاف العقاقير البحث في البيولوجيا الحاسوبية والتعلم الآلي وتعدين بيانات مضخم الصوت التحسين التوافقي والعالمي.

دراسات التكنولوجيا الحيوية MS مع شهادة مسار المعلوماتية الحيوية

ماجستير: 36 ساعة معتمدة (18 ساعة معتمدة - دورات المعلوماتية الحيوية ، 15 ساعة معتمدة اختيارية ، 3 دورات تتويجا ائتمانيًا) الشهادة: 15 ساعة معتمدة (5 دورات)

البحوث الطبية الحيوية ، الميكروفونات الجينية ، أجهزة الاستشعار الحيوية ، البيولوجيا الجزيئية ، نمذجة وتصميم قاعدة البيانات البيولوجية ، على وجه التحديد قواعد بيانات التعبير الجيني للمصفوفة الدقيقة

الدرجات العلمية في مناطق محددة متاحة مع خيار المعلوماتية الحيوية / Cheminformatics: بكالوريوس ، ماجستير ، دكتوراه

يتعاون قسم علوم الكمبيوتر مع أقسام الأحياء والكيمياء والرياضيات وكلية الطب.

بكالوريوس: 120-124 ساعة معتمدة اعتمادًا على ماجستير رئيسي: 30 درجة إجمالية دكتوراه: 42 ساعة معتمدة (24 ساعة معتمدة - أطروحة)

استخراج البيانات ، تصور البيانات ، الهندسة الحسابية التطبيقية ، التحسين التوافقي ، المعلوماتية الطبية ، رسومات الحاسوب ، البيئات الافتراضية ، واجهات المستخدم ، التعقيد الحسابي ، الخوارزميات التطبيقية

معهد المعلوماتية في UMDNJ ، كلية الدراسات العليا للعلوم الطبية الحيوية (GSBS)

ماجستير: سيتم منح شهادة توثق إكمال التركيز في المعلوماتية الحيوية للطلاب الحاصلين على ماجستير. درجة من برنامج الدراسات العليا عند الانتهاء من 12 ساعة معتمدة بالتشاور مع مشرف البرنامج الدكتوراه: دكتوراه. درجة من برنامج الدراسات العليا عند الانتهاء بنجاح من كامل المناهج الأساسية للمعلوماتية الحيوية بما في ذلك البحوث المناسبة والاختيارية لما مجموعه 18 ساعة معتمدة.

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

ماجستير علوم الحاسب أو العلوم الرياضية مع التركيز

قسم علوم الحاسب الآلي شعبة علوم الرياضيات

مع دكتوراه: 30 ساعة معتمدة ، بدون: 33 ساعة معتمدة مطلوبة. الأطروحة المطلوبة لكليهما.

تصميم وبناء الحواسيب العملاقة لتطبيقات المعلومات الحيوية والتجارة الإلكترونية ، وتوليد الأرقام العشوائية ، وتحليل البيانات القابلة للتبادل ، ونظرية التوزيع ، وتقييم المخاطر الإحصائية ، والتحليل التلوي

ماجستير: مسار درجة الماجستير المهنية ، مسار درجة الماجستير في البحث دكتوراه

MS: برنامج المعلوماتية الحيوية من خلال الدكتوراه في كلية الدراسات العليا Rackham ، مساران: يجب على الطلاب المهتمين بالتركيز التجريبي والحاسبي المشترك ولديهم خبرة سابقة في العلوم البيولوجية الدخول من خلال برنامج العلوم الطبية الحيوية (PIBS) في كلية الطب بجامعة ميشيغان. يجب على الطلاب المهتمين بالعلوم الكمية والتحليلية التقدم مباشرة إلى برنامج المعلوماتية الحيوية من خلال كلية راكهام للدراسات العليا.

ماجستير: 31 ساعة معتمدة من الدورات الأساسية والاختيارية ، ماجستير المهنية: التدريب في الصناعة مطلوب ماجستير البحث: التناوب في المختبر مطلوب ، أطروحة تشجيع. الدكتوراه: 68 ساعة معتمدة مع دورتين بحثيتين كاملتين في السنة الأولى ، والامتحان الأولي والأطروحة.

نظرية طي البروتين ، بما في ذلك الهيكل والديناميكا الحرارية والطرق الإحصائية والحسابية الحركية لتحليل بيانات التعبير الجينومي والبروتيني عالي الإنتاجية ، والبروتياز داخل الخلايا ، والموضوعات النظرية والحسابية في التفاعل بين البيولوجيا الجزيئية الهيكلية والكيمياء الفيزيائية ، وإيجاد الجينات المشاركة في الأمراض السلوكية والعصبية والنفسية

القاصر متاح للماجستير & # 8217s (ماجستير وماجستير) وطلاب الدكتوراه

قسم الطب المخبري وعلم الأمراض

يتطلب المستوى الثانوي دورات أساسية ، 9 ساعات معتمدة للماجستير ، 15 ساعة معتمدة للدكتوراه.

علم الأدوية: الآليات الجينية الجزيئية لإصلاح وإعادة تركيب الحمض النووي في خلايا سرطان الثدييات علوم الكمبيوتر: قواعد بيانات علمية معقدة علوم الحيوان: علم الوراثة الكمي ، بما في ذلك التحليل الإحصائي لرسم خرائط جينات الأمراض ومواقع السمات الكمية ، الطب المخبري وعلم الأمراض: أدوات المعلوماتية الحيوية الكيمياء الحيوية ، البيولوجيا الجزيئية والفيزياء الحيوية: استخدام وتطوير أدوات الجينوميات الوظيفية ، وغيرها على http://www.binf.umn.edu/ faculty.html
.

بكالوريوس في علم الأحياء ث / التركيز على المعلوماتية الحيوية ماجستير دكتوراه في علوم الكمبيوتر مع التركيز على المعلوماتية الحيوية دكتوراه في المعلوماتية مع التركيز على المعلوماتية الحيوية

بكالوريوس: قسم الأحياء ماجستير ، دكتوراه: كلية الحوسبة وهندسة الأمبير: قسم علوم الكمبيوتر والهندسة الكهربائية

BS: متطلبات درجة علم الأحياء أو علوم الكمبيوتر جنبًا إلى جنب مع مكونات الرياضيات والكيمياء والفيزياء (انظر عنوان url للدورة التدريبية) ماجستير: خيار أطروحة وغير أطروحة (يجب أن يفي كلاهما بجميع المتطلبات المشتركة). خيار الرسالة: 27 ساعة من الدورات الدراسية المعتمدة ، أكمل ما لا يقل عن 3 ساعات من البحث والرسالة ، أكمل ما لا يقل عن 9 ساعات في مجال التركيز ، اتصل بمستشار أطروحة في الفصل الدراسي الذي يكمل فيه الطالب 12 ساعة من عمل الدراسات العليا ، والماجستير الحالي & # رسالة 8217s ، اجتياز امتحان شفوي عام. عدم الأطروحة: 36 ساعة من الدورات الدراسية المعتمدة ، 12 ساعة في مجال التركيز ، اتصل بمستشار بعد إكمال 12 ساعة من عمل الخريجين لإكمال برنامج الدراسة. الدكتوراه: مقدار العمل المطلوب للحصول على الدكتوراه. يعتمد على مستوى الطالب & # 8217s الإعداد. تتطلب اختبارات تأهيلية وشاملة.

التنقيب عن البيانات البيولوجية ، وكلاء البرامج الذكية في علم الأحياء ، نمذجة النظم البيولوجية ، الحساب المتوازي ، الخوارزميات ، الهندسة الحسابية ، تصميم نظام التشفير ، أمن الكمبيوتر ، أمن الشبكات ، وغيرها مدرجة في http://www.csee.umkc.edu/student/info/ csi-phd-info-f05n.pdf

ماجستير في علم الأمراض والأحياء الدقيقة مع مسار خاص في المعلوماتية الحيوية ، ودكتوراه في علم الأمراض وعلم الأحياء الدقيقة مع مسار خاص في المعلوماتية الحيوية

قسم علم الأمراض والأحياء الدقيقة في المركز الطبي بجامعة نبراسكا (UNMC) ، بدعم من أقسام علوم الكمبيوتر ونظم المعلومات والتحليل الكمي في كلية علوم وتكنولوجيا المعلومات بجامعة نبراسكا في أوماها (UNO)

ماجستير: أحد عشر مقررًا في علم الأحياء التأسيسي ، ودورات العلوم الحاسوبية ، والعلوم البيولوجية الأساسية ، والعلوم الحاسوبية ، والاختيارية ، والدراسة المستقلة. الدكتوراه: متطلبات دورة مماثلة مع إضافة اختبار شامل ورسالة

لا توجد معلومات متاحة عن اهتمامات بحثية محددة

شهادة ماجستير في التخصص ، شهادة دكتوراه في التخصص

MS: كلية المعلومات وعلوم المكتبات الدكتوراه: برنامج التدريب على المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية (BCB) (التابع لمركز كارولينا لعلوم الجينوم

شهادة MS: 48 ساعة مطلوبة للحصول على MLS / MIS مع الانتهاء من مشروع مهم في مجال المعلوماتية الحيوية ، والدورات الدراسية في الإحصاء الحيوي: 3 ساعات معتمدة كحد أدنى ، العلوم البيولوجية: 6 ساعات معتمدة كحد أدنى درجة الدكتوراه التخصص: دورتان بحثيتان ، فصل دراسي واحد مطلوب تدريس ، وفصول أساسية للمعلوماتية الحيوية ، وعرض بحثي بالإضافة إلى استكمال متطلبات الدكتوراه في القسم المشارك (أكثر من 20 قسمًا مشاركًا). التدريبات الممكنة.

المكتبات الرقمية ، والطرق الجديدة للاتصالات العلمية الإلكترونية ، وسلوك الباحثين عن المعلومات في مجال المعلوماتية الحيوية ، وواجهات الإنسان الحاسوبية لدعم البحث عن المعلومات عن طرق حسابية وتجريبية لتصميم البروتينات ، والطبيعة الفيزيائية للتفاعلات بين الذرات والجزيئات والخلايا والبروتينات الحركية للكائنات الحية وتنظيم النسخ الحوسبة عالية الأداء: الخوارزميات ، ولغات البرمجة ، والمجمعون ، والتنقيب عن البيانات المعماريات. آخرون على http://bcb.unc.edu/bcbresearch.html

بكالوريوس علم الأحياء أو علوم الكمبيوتر أو الرياضيات مع علم الأحياء الحسابي / تركيز المعلومات الحيوية ، ماجستير في التكنولوجيا الحيوية (MB) مع التركيز ، دكتوراه في علم الجينوم وعلم الأحياء الحسابي

بكالوريوس: أقسام علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر والمعلومات (CIS) والرياضيات ، ماجستير: أقسام متعددة مشاركة (علم الأحياء والكيمياء وعلم الوراثة وعلوم الكمبيوتر والمعلومات والهندسة الكيميائية والهندسة الحيوية) من كلية الآداب والعلوم وكلية دكتوراه في الهندسة والعلوم التطبيقية: الأقسام المشاركة المتعددة ، البرنامج الذي يديره مكتب الدراسات العليا الطبية الحيوية (BGS)

ماجستير: أحد عشر مقررًا: ست دورات أساسية وخمس دورات من مسار المعلوماتية الحيوية.دكتوراه: ثلاث دورات بحثية (إجمالي 3-4 وحدات معتمدة) ، ثماني دورات تتكون من محاضرات أساسية واختيارية (إجمالي 8 وحدات ائتمانية) ، ندوة لمدة فصل دراسي واحد التي تركز على قراءة ومناقشة الأدب الابتدائي ، أي مجموعة من الدورات الإضافية أو الدورات أو الندوات أو الدراسة المستقلة لما مجموعه 20 وحدة ائتمانية على مدى أربعة فصول دراسية وصيفين. الامتحان و الأطروحة.

لا توجد معلومات متاحة على موقع الويب حول اهتمامات بحثية محددة ، فقد لاحظوا أن أنشطة الوحدات الأكاديمية المشاركة في GCB يتم تعزيزها من خلال الارتباط بوحدتين إضافيتين: مركز بن للمعلوماتية الحيوية (PCBI) ، الذي يوفر التركيز على المعلوماتية الحيوية وأبحاث الجينوميات والخدمات إلى Penn ، ومعهد Penn Genomics ، الذي تم إنشاؤه لتوفير القيادة الفكرية في دراسة الجينوم ككل وإجراء تحليل واسع النطاق للمنتجات الجينية من خلال دمج التخصصات المرتبطة في Penn.

شهادة ، ماجستير في المعلوماتية الطبية الحيوية مع التركيز ، دكتوراه في المعلوماتية الطبية الحيوية مع التركيز ، برنامج شهادة المعلوماتية الطبية الحيوية

مركز المعلوماتية الطبية الحيوية

ماجستير: 36 ساعة معتمدة ، المقررات الأساسية المطلوبة ، الاختيارية ، الامتحان الشفوي والأطروحة. دكتوراه: 72 ساعة معتمدة (54 ساعة معتمدة من الدورات الدراسية و 18 ساعة معتمدة لأطروحة بعد القبول في الترشح) تتطلب الدورات الأساسية والاختيارية والامتحان الشفوي والأطروحة. الشهادة: 15 ساعة معتمدة (تشمل 2-3 ساعات معتمدة لمشروع بحثي)

المعلوماتية الحيوية ، التجارب السريرية ، معلوماتية صحة المستهلك ، تقييم نظام المعلومات الصحية ، التعلم الآلي في المعلوماتية الطبية الحيوية ، نمذجة ومحاكاة العمليات السريرية والطبية الحيوية ، معالجة اللغة الطبيعية (NLP) للوثائق النصية السريرية ، سلامة المرضى ، مراقبة الصحة العامة (التفاصيل في http : //www.cbmi.pitt.edu/content/research.htm)

يدار من قبل قسم الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية في كلية الطب مع الأقسام المشاركة الأخرى

41 ساعة معتمدة ، مع 9 فصول أساسية وأطروحة أو تدريب داخلي

هيكل ووظيفة وتنظيم التخليق الحيوي لأكسيد النيتريك البطاني لموليبدوبترين في البيولوجيا الجزيئية لحقيقيات النوى في التخليق الحيوي للبولي إيزوبرينول.

دكتوراه في علم الأحياء الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية

قسم العلوم البيولوجية (قسم البيولوجيا الجزيئية والحاسوبية)

التحليل الإحصائي لبيانات المصفوفات الدقيقة والتقنيات ذات الصلة ، ودراسة تفاعلات البروتين والبروتين والتنبؤ بوظيفة البروتين التي تجمع بين مصادر مختلفة من البيانات البيولوجية ، ومسح تعدد الأشكال الجينومي لأرابيدوبسيس.

مدرسة الدراسات العليا لعلوم الجينوم والتكنولوجيا في UT-K w / Oak Ridge National Laboratories

MS: متطلبات مماثلة مع الأطروحة في النهاية. الدكتوراه: 26 ساعة معتمدة كحد أدنى ، مع أطروحة.

إنتاج تسلسل الجينوم عالي الإنتاجية ، أدوات تحليل تسلسل عالية الإنتاجية وخطوط الأنابيب ، اكتشاف الجينوم الكامل ، ونمذجة الجينات والبروتينات ، وتعليقات الجينوم ، أنظمة المعلومات الحيوية المتقدمة وتطبيقات أنظمة المعلومات المختبرية للحوسبة الحيوية عالية الأداء والبحوث الحسابية في البيولوجيا الجزيئية

مسار دكتوراه في المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية

برنامج الدراسات العليا في الخلية والبيولوجيا الجزيئية

مسار المعلوماتية الحيوية: الدورات الأساسية (المدرجة في http://www.icmb.utexas.edu/cmb/prospective/curriculum.asp) و 3 دورات اختيارية يتم اختيارها من القائمة المعتمدة ، والمشاركة في نادي المجلات كل عام للسنوات الثانية حتى الرابعة ، ليس بالضرورة للحصول على الائتمان ، والأطروحة.

بيولوجيا الحمض النووي الريبي ، علم الأحياء الجزيئي للنبات ، النظم والبيولوجيا التركيبية

أقسام العلوم البيولوجية والكيمياء وعلوم الكمبيوتر والعلوم الرياضية.

سنتان ، تتكون من 40-41 ساعة دراسات عليا في العلوم الحسابية والرياضية والحياتية تتطلب أيضًا تدريبًا عمليًا في الصيف على خبرة عملية في القطاع العام أو الخاص.الأطروحة خيار ولكنها ليست شرطًا لهذه الدرجة

تجميع تسلسل الحمض النووي وتحليله ، علم البيئة وعلم الوراثة الجزئي وتحليل بيانات البروتينات RNA وتنبؤ بنية البروتين.

بكالوريوس ، ماجستير (تم تصميم البرنامج بحيث يمكن للطلاب الذين أكملوا درجة البكالوريوس في جامعة جنوب المحيط الهادئ أن يتوقعوا بشكل واقعي إكمال متطلبات درجة الماجستير مع سنة إضافية من الدراسة. الطلاب الذين لا تتضمن خلفيتهم إعدادًا مكثفًا في المعلوماتية الحيوية و / أو الكمبيوتر يجب أن يتوقع العلم فترة أطول للدراسة.)

برنامج في المعلوماتية الحيوية

22 ساعة معتمدة من الدورات الأساسية والاختيارية بعد ذلك وإكمال مشروع مستقل على مدار فصلين دراسيين. سيتحمل الطالب المسؤولية الأساسية عن مشكلة البرمجة العملية في المعلوماتية الحيوية ، وعادةً ما يكون إنشاء البرامج اللازمة لتلبية حاجة معينة في الحياة الواقعية. سيتم إجراء هذا العمل المستقل في موقع شريك صناعي أو أكاديمي لبرنامج USP Bioinformatics

لا يوجد بحث محدد مذكور على الموقع.

ماجستير / دكتوراه في المعلوماتية الطبية مع مسار المعلوماتية الحيوية ، برنامج الشهادة (بداية من 8/2006 ،
سيتم نشر المتطلبات والإرشادات المحددة على موقع القسم بمجرد توفرها.)

قسم المعلوماتية الطبية

ماجستير: 30 ساعة فصل دراسي (23 من الدورات الدراسية الرسمية ، و 7 من الأبحاث المؤدية إلى الأطروحة) ، وإكمال الرسالة ، وامتحان comp بعد السنة الأولى من الدراسة الدكتوراه: 40 ساعة فصل دراسي من الدورات الدراسية الرسمية ، امتحان كتابي / شفوي بعد السنة الأولى ، 14 ساعات الفصل الدراسي من العمل البحثي ، والأطروحة ، وإكمال الامتحانات التأهيلية الكتابية / الشفوية بعد الانتهاء من الدورات الدراسية.الشهادة: إجمالي 15 ساعة مطلوبة الشهادة

الأساليب الإحصائية الحسابية لتحليل وعرض البيانات الجينية المعقدة مع التركيز على النمذجة الرسومية وطرق مونت كارلو لسلسلة ماركوف ، وتطوير خوارزميات جينية متوازية قابلة للتطوير للدراسات الجينية للمعلوماتية الحيوية المتعلقة بسرطان الثدي وسرطان البروستاتا وتمدد الأوعية الدموية داخل الجمجمة / هشاشة العظام / الربو / الاكتئاب والشيخوخة / طول العمر

جميع الدرجات العلمية من برنامج التدريب على الحساب والمعلوماتية في علم الأحياء والطب (CIBM): دكتوراه مع التركيز في المعلوماتية الحيوية المرشحين قبل وبعد الدكتوراه

برنامج التدريب على الحساب والمعلوماتية في علم الأحياء والطب (علوم الكمبيوتر ، الكيمياء الحيوية ، الإحصاء ، علم الوراثة ، الهندسة الكيميائية والبيولوجية ، إلخ)

الدكتوراه: إتمام قاصر خارج دائرة المنزل. (12 ساعة معتمدة) ، 3 فصول في المعلوماتية الحيوية / الإحصاء الحيوي ، 3 فصول بيولوجية ، 3 فصول علوم الكمبيوتر ، دورة فصل دراسي واحد في الأخلاقيات العلمية المستندات التمهيدية واللاحقة: 9 ساعات معتمدة كحد أدنى بالإضافة إلى دورة في الأخلاق العلمية

خوارزميات التعلم الآلي والمعلوماتية الحيوية لاستخراج البيانات والتعلم الآلي ، وتطبيقاتها على البيانات الطبية الحيوية.علاقة الهيكل ثلاثي الأبعاد وديناميكيات البروتينات بوظائفها البيولوجية ، واستخراج المعلومات من النص الطبي الحيوي عبر الإنترنت

برنامج شهادة Capstone في المعلوماتية الحيوية (لزملاء ما بعد الدكتوراه بجامعة UW-Madison وموظفي شركات منطقة ماديسون العاملون في البيولوجيا الجزيئية المهتمون بتدريب المعلوماتية الحيوية) ، برنامج شهادة الدراسات العليا في المعلوماتية الحيوية

قسم الإحصاء الحيوي والمعلوماتية الطبية

12 ساعة معتمدة (3 فصول مطلوبة ، واحدة اختيارية). يمكن إكمال البرنامج عادة في 1-2 سنوات.

تشمل المشاريع التعاونية اكتشاف الصيدلة لتصميم الأدوية ، والأنظمة الآلية التي تتعاون مع البشر في اكتشاف المعرفة ، والطرق الآلية لاستخراج المعلومات من الأدبيات الطبية الحيوية واستخدام تقنيات الكمبيوتر في الرعاية المنزلية للمرضى الذين يعانون من مشاكل صحية معقدة.

ب. في البيولوجيا الجزيئية والمعلوماتية الحيوية أمبير

دور تحلل البروتينات في فسيولوجيا بدائيات النواة إثراء تعليم العلوم للجميع من خلال التكنولوجيا
الآليات الجزيئية التي تتحكم في النظم الجزيئية للتعبير الجيني للنباتات لبيئة الفقاريات وتطور الجغرافيا الحيوية لجزيرة فقاريات غرب الهند

ماجستير في المعلوماتية الطبية الحيوية وتركيز الدكتوراه

برنامج المركز الطبي بجامعة فاندربيلت في المعلوماتية الطبية الحيوية

سيختلف مقدار الدورات الدراسية الرسمية اعتمادًا على الخلفية السابقة للطالب ومنطقة التركيز: MS: 27-40 ساعة معتمدة مطلوبة مع الأطروحة. الدكتوراه: 33-46 ساعة معتمدة مع خبرة في التدريس وأطروحة

نظم المصطلحات السريرية والمعلوماتية الطبية والتعلم الآلي والتعبير الجيني للجينات السرطانية. القائمة على http://www.mc.vanderbilt.edu/dbmi/bmigradprog/faculty.html#faculty

بكالوريوس ، ماجستير (بدون أطروحة ، درجة مهنية) ، ماجستير (مع أطروحة) ، بكالوريوس / برنامج مسرع (جميع الدرجات في المعلوماتية الحيوية)

مركز دراسة التعقيد البيولوجي

بكالوريوس: متطلبات التعليم العام لعلوم الحياة ، والتدريب المحدد في الدورات الدراسية الجانبية وفي المناهج الأساسية للمعلوماتية الحيوية (40 ساعة معتمدة) ، والتدريب المركّز في مجالات علم الأحياء / علم الجينوم أو العلوم الحسابية أو المعلوماتية الحيوية الكمية / الإحصائية من خلال الدورات التدريبية الخاصة بالمسار M Biof .: 35 ساعة معتمدة تقدم البرامج اختيارات من بين 3 مسارات مختلفة: علم الأحياء / علم الجينوم ، العلوم الحسابية ، الكمية / الإحصائية

لا يوجد بحث محدد متاح على صفحة الويب

دكتوراه في علم الوراثة والمعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية

برنامج في علم الوراثة والمعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحسابي

يختار الطلاب مسارًا أساسيًا من أربعة مسارات تخصصية: علوم الحياة وعلوم الكمبيوتر والإحصاء والرياضيات. قد تكون هناك حاجة أيضًا إلى دورات أساسية كاملة ومشروع بحث أطروحة ، وخبرات بحثية مركزة إضافية.

النمذجة الجزيئية وهيكل البروتين ووظيفته ، وتحليل التسلسل الجيني من منظور تطوري ، ونهج المعلومات الحيوية والتصوير لاكتشاف الأدوية المضادة للفيروسات ، والكهرباء الساكنة الجزيئية ، وطي البروتين وديناميكياته ، وبيانات نسخ المصفوفات الدقيقة ، والطرق الحسابية لاستخدامها في نمذجة جودة الهواء. راجع http://www.grads.vt.edu/academics/programs/gbcb/faculty.html للآخرين.

بكالوريوس في علوم الكمبيوتر مع خيار المعلوماتية الحيوية ، بكالوريوس في علم الأحياء مع خيار المعلوماتية الحيوية ماجستير في علوم الكمبيوتر (يمكن تصميم مسار الدراسة ليشمل الجوانب الحسابية للمعلوماتية الحيوية)

قسم علوم الحاسب وهندسة الأمبير ، قسم العلوم البيولوجية

CS: مطلوب 195 ساعة معتمدة. السيرة الذاتية: 200 ساعة معتمدة مطلوبة MS: 48 ساعة معتمدة (بما في ذلك 12 ساعة معتمدة نحو الأطروحة)

تفاعلات ربط البروتين ، نمذجة هيكل البروتين المقارن ، فحص الرصاص الدوائي عن طريق الانحدار القائم على المنطقة لتحليل QSAR ، استخراج البيانات لمعلومات بنية البروتين ثلاثية الأبعاد ، العناصر المتكررة كبيانات جينومية متسلسلة زمنية. ، التصور الجزيئي ، التحليل الجنائي لبيانات أدلة الحمض النووي

دكتوراه - برنامج البيولوجيا الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية

برنامج مشترك في العلوم البيولوجية والطبية الحيوية

الانتهاء من 9 دورات تشمل المجالات الأساسية التالية: البيولوجيا الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية ، والعلوم البيولوجية ، وندوة الدراسات العليا للمعلوماتية حول أخلاقيات البحث ، وتناوب البحوث المتعددة ، وسلسلة ندوات مصرف البحرين المركزي ، وفصلان دراسيان كمساعد تدريس ، والامتحان التأهيلي (الجزء الشفوي يتضمن أسئلة حول الأطروحة نشرة) ، والعمل في مختبر مرشد الأطروحة.

المناهج الحسابية لعلم الجينوم الوظيفي والتكامل ، والبيولوجيا الجزيئية النظرية والخوارزميات الحسابية ، والتحليل الحسابي للهياكل الجزيئية الكبيرة ، وتصميم قاعدة البيانات غير المتجانسة وتكامل المعلومات


هذه المادة متاحة لاستخدامك بموجب ترخيص الإسناد غير التجاري للمشاعات الإبداعية.


لا تدرس المعلوماتية الحيوية

دعني أخبرك عن رحلتي. لقد درست بكالوريوس المعلوماتية الحيوية في ألمانيا وعلم الأحياء الحسابي في سويسرا في أحد أفضل الجامعات في أوروبا. أنا عاطل عن العمل حاليا. بعض زملائي في نفس الموقف. أود بقوة أقترح عدم دراسة المعلوماتية الحيوية على الإطلاق. لم يتم قبولها جيدًا من قبل عالم الأحياء (انظر: http://www.nature.com/news/core-services-reward-bioinformaticians-1.17251) وستجد صعوبة في الحصول على وظيفة برمجة عادية في شركة برمجيات مثل جوجل أو أمازون. أنت قلت :

الالتحاق ببرنامج الدكتوراه والحصول على وظيفة بعد ذلك.

الحصول على الدكتوراه أمر سهل. الجزء الصعب هو الحصول على وظيفة بعد ذلك. بالطبع يجب أن تحدد ما هي & & quot؛ وظيفة الحصة & quot. أفترض أنك تعني: في الصناعة. حسنًا ، يجب أن أحذرك من أن الصناعة ليست كبيرة لعلماء المعلومات الحيوية. تصور الأمر على هذا النحو: لا يوجد سوى عدد قليل من فرص العمل وحاليا هناك أكثر من 500 خريج كل عام. لذا: الحصول على وظيفة هو مثل الحصول على دور في فيلم جيمس بوند القادم. ستحتاج على الأقل إلى شهادة دكتوراه أو أفضل ، ما بعد الدكتوراه. (انظر: http://www.nature.com/news/the-future-of-the-postdoc-1.17253 وانظر: http://www.economist.com/node/17723223)

المشكلة هي: لا أحد يخبرك بهذا في البداية. من فضلك لا تثبط عزيمتك عن هذا الأمر. إنه مجرد الوضع الحالي في أوروبا. ربما يكون الوضع مختلفًا في الولايات المتحدة.

إذن ها هي توصيتي:

إذا كنت ترغب في ترميز بعض البرامج النصية لتحليل بياناتك: قم بعمل بكالوريوس علوم في تخصص علوم الأحياء وماجستير ثانوي في علوم الكمبيوتر.

إذا كنت جادًا حقًا في كتابة برنامج جيد لـ & quotLabrats & quot. يجب أن تحصل على درجة البكالوريوس في علوم الكمبيوتر وكذلك درجة الماجستير. بعد ذلك ، يمكنك الانزلاق إلى برنامج الدكتوراه في المعلوماتية الحيوية.

بصفتك عالم كمبيوتر ، يمكنك الحصول على وظيفة في المعلوماتية الحيوية بسهولة بالغة. بالعكس ، ليس بهذه السهولة.

إذا كان لديك أي أسئلة ، فلا تتردد. تحياتي ، plasmid0h

ما رأيك في درجة الماجستير في المعلوماتية الحيوية على الساحل الشرقي للولايات المتحدة الأمريكية؟

أنا & # x27m مساعد مختبر في إحدى الجامعات ، أخذ دروسًا ليلية للحصول على درجة الماجستير في المعلوماتية الحيوية. حصلت & # x27ve على عام من Java تحت حزامي لغمس إصبع قدمي في CS ، لكنني لم أتحرك بالكامل بعد وأتقدم بالفعل كمرشح للحصول على درجة علمية.

حصلت على درجة البكالوريوس الثانية في مجال مشبع في عام 2011 وأصبت بحروق شديدة.

هناك طلب مرتفع نسبيًا على شهادات الدكتوراه التي تركز على المعلوماتية الحيوية ، ولكن يبدو أن أصحاب العمل يتوقعون الحصول على مقبس لجميع المهن بجزء بسيط من تكلفة ماجستير واحد.

نعم ، لأنهم على ما يبدو يعتقدون أنهم يتنافسون في مجال & quot؛ علوم الحياة ما بعد الدكتوراة & quot في صناعة & quot؛ تطوير & quot؛ quotsoftware & quot.

يمكنني أن أتفق مع. لقد فزت & # x27t تصبح ثريًا حتى الآن كخبير في المعلومات الحيوية. ولكن إذا كان هذا هو شغفك فإنك لن تتضور جوعًا. بالنسبة لي ، هذا أفضل بالفعل من معظم الأشياء الأخرى التي يهتم بها الناس.

أنت تقول أنك تريد إخبارنا عن رحلتك ولكن هذه الرحلة تبدو قصيرة جدًا. من الواضح أن الحصول على درجة البكالوريوس في المعلوماتية الحيوية سيحد من خياراتك. إنها & # x27s مجرد طبيعة الدرجات متعددة التخصصات. لا يُتوقع منك & # x27t المساهمة في مختبر بأربع سنوات فقط من العلوم العامة.

هل يمكنك إخبارنا بالمزيد عن تجربتك في التدريب؟ أو أي مناصب معملية في الأوساط الأكاديمية؟ في أي منطقة من العالم أنت موجود؟ هل فكرت في الانتقال إلى منطقة معروفة بالتكنولوجيا الحيوية؟ ما هي مجموعة مهاراتك؟ لكل ما نعرفه ، يمكنك أن تكون خريجًا جديدًا ليس لديه خبرة ويريد ببساطة منفذًا لعدم وجود أي خيارات عمل.

هذا & # x27s غريب ، جامعتي لديها معدل توظيف 100٪ ، 60٪ في الدكتوراه & # x27s و 40٪ في الصناعة. أيضا في أوروبا. لقد تحدثت إلى العديد من الأشخاص في هذا المجال ولم أر أبدًا أي شخص يعاني من مشاكل. نتلقى أيضًا رسائل بريد إلكتروني حول عروض العمل وقد رأيت العديد من المنشورات. ربما يمكنني أن أحيل إليكم البعض إذا كنتم على استعداد للانتقال إلى بلجيكا.

اين موقعك ؟ هل يمكنك إعادة توجيه أي عروض؟

شكرًا على رسالتك ، لكني & # x27m لست متأكدًا من أنها & # x27s انعكاس جيد لسوق العمل. يوصي الجميع في علم الأحياء بإجراء المعلوماتية الحيوية للحصول على وظيفة. تشير البيانات ، على الأقل في بلدي (في الاتحاد الأوروبي) إلى أن الطلب أكبر من العرض. أخبرني ريديتور ، الذي كان يعمل حاصلًا على درجة الدكتوراه في مجال التكنولوجيا الحيوية الكبيرة في وادي السيليكون ، أن هناك حاجة ماسة لعلماء المعلومات الحيوية المهرة الذين كانوا في الواقع يفهمون العمليات البيولوجية ولم يكونوا سوى مبرمجين.

& # x27m لا أقول إن رسالتك خاطئة ، لكني أتساءل كيف تمثل وجهة نظرك الوضع الفعلي.

أعني ، لقد درست في جامعتين. لذلك لدي الكثير من الأصدقاء الذين ترقوا. أود أن أقول 80٪ من الحاصلين على درجة الدكتوراه. هذا & # x27s بخير. ولكن لا يوجد شيء في الصناعة لطلاب الماجستير المتخرجين (في أوروبا). لا تتردد في إثبات خطأ لي ..

من الصعب الحصول على وظيفة ثابتة في مجال المعلوماتية الحيوية - ربما أكثر من ذلك في علم البدلاء (على الرغم من أنه ليس من السهل الحصول عليه في هذه الأيام). ولكن على الرغم مما يدفع الناس في كثير من الأحيان إلى الاعتقاد في مدرسة الدراسات العليا (من قبل مرشدك الذي ربما يعرف فقط الأوساط الأكاديمية) ، فإن وظائف TT هي الشيء الوحيد الموجود هناك. من الواضح أن الصناعة خيار. هناك أيضًا الكثير من المراكز غير الدائمة و quotsoft money & quotes. ولا تنسى الوظائف الحكومية. في الولايات المتحدة ، توظف المعاهد الوطنية للصحة ، وإدارة الغذاء والدواء ، ووزارة الزراعة الأمريكية الكثير من المعلوماتية الحيوية.

بالنسبة إلى ما إذا كانت أنواع علوم الكمبيوتر أو أنواع الأحياء تتمتع بميزة ، فهذا يعتمد حقًا على الوظيفة. إذا كانت تقوم بتطوير خوارزميات جديدة ، فعندئذ نعم ، يتمتع قوم CS بالميزة. إذا كانت تقوم بتحليل البيانات وفهم ما تعنيه ، فلن يكون لدى أفراد CS ببساطة & # x27t الخلفية البيولوجية المطلوبة.

تصور الأمر على هذا النحو: لا يوجد سوى عدد قليل من فرص العمل وحاليا هناك أكثر من 500 خريج كل عام.

فقط بالحكم من خلال موجز Twitter الخاص بي هناك & # x27s على عدد كبير من فرص العمل للأشخاص الذين لديهم مهارات تطوير المعلومات الحيوية الحقيقية. نعم ، لقد جاءت الأيام التي تمكنت فيها من الحصول على وظيفة رائعة لأنك عرفت كيفية استخدام grep و BLAST (أي معظم الخريجين & # x27bioinformatics & # x27 درجة & # x27) وذهبت.

ولكن هناك & # x27s عمل حقيقي هناك للأشخاص ذوي المهارات الحقيقية - يجب أن أعرف - وهناك & # x27s نقص كبير في الأشخاص الذين لديهم هذه المهارات. تقريبًا كل مؤسسة من أي نوع تعمل في الفضاء البيولوجي تعمل على تكثيف التسلسل عالي الإنتاجية وتريد نوعًا من المعالجة الآلية. يمكن للأشخاص الذين لديهم المزيج الصحيح من البرمجة ومهارة devops ، بالإضافة إلى الإلمام بالبيولوجيا ، العثور بسهولة على عمل مدفوع الأجر.

ستواجه صعوبة في الحصول على وظيفة برمجة عادية في شركة برمجيات مثل google أو Amazon.

& # x27ll تواجه صعوبة تحت أي ظرف من الظروف. إنهم لا يبحثون عن درجات ، إنهم يبحثون عن المهارات. و Google / Amazon ليستا الألعاب الوحيدة في المدينة كل تحتاج الصناعة الآن إلى موهبة برمجة لأن الأشخاص الذين لا يعرفون بالفعل كيف يبرمجون ، لأي سبب كان ، يعتقدون أنه من المستحيل التعلم. هناك وظائف برمجة أكثر بكثير من المبرمجين في كل مكان. & # x27s في أي مكان & # x27s ليس صحيحًا. إذا كنت & # x27re تواجه مشكلة في الدخول إلى الباب في وظائف البرمجة ، فهذا & # x27s لأنك & # x27t لا تعرف كيفية إظهار مهارة البرمجة. تلميح: تثبت ذلك من خلال كتابة البرامج. ما & # x27s في مستودعات GitHub الخاصة بك؟ من الأفضل أن تكون & # x27ve أفضل برمجة قمت بها حتى الآن ، بالإضافة إلى سيرتي الذاتية في Markdown أو LaTeX. & quot إذا كانت إجابتك & quot & # x27re لا تتم مقابلتك من أجل أعمال البرمجة لأنك & # x27re لا تعطي أي مؤشر يمكنك برمجته.

يجب أن تتفق مع هذا ، في جميع النواحي تقريبًا.

لاستكمال / u / Iacoizumi سأضيف منظورًا من وادي السيليكون (الساحل الغربي للولايات المتحدة ، منطقة سان خوسيه / سان فرانسيسكو). لقد قمت بتخصص مزدوج (cs + علم الوراثة) للطلاب الجامعيين وذهبت لبرنامج يركز على علم الأحياء للحصول على درجة الدكتوراه (تكلفة فرصة كبيرة). أعمل حاليًا على علم الجينوم البشري كجزء من المعلوماتية الحيوية.

إن القفزة من خريج الدكتوراة الجديد - & gt صناعة التكنولوجيا الحيوية صعبة. هناك طلب على المعلوماتية الحيوية ، ولكن في كثير من الأحيان سيقول ذلك من سنة إلى سنتين من الخبرة بعد التخرج. الأوصاف الوظيفية هي مجرد قائمة أمنيات ، تقدم على أي حال! عند القيام بالمعلوماتية الحيوية في بيئة غير أكاديمية ، ستكون مقيدًا جغرافيًا (بوسطن / سادس / سان دييغو هي مراكز العمل في الولايات المتحدة). إذا كنت تعتقد أنه يمكنك & # x27burnt & # x27 من المعلوماتية الحيوية بنهاية الدكتوراه ، فتأكد من اكتساب مهارات التعلم الآلي / النمذجة الإحصائية لأن هذا أمر مطلوب بشدة الآن في التكنولوجيا (ضع نفسك على أنك تمتلك استخدموا هذه المهارات وطبقوها على مجموعات البيانات البيولوجية لإيجاد رؤية قابلة للتنفيذ).

لا تفعل المعلوماتية الحيوية من أجل المال. يحصل الأشخاص في علوم الكمبيوتر على تخفيض في رواتبهم للقيام بالمعلوماتية الحيوية. يُطلق على الموضع المعادل في CS عالم البيانات وسيحصل على 20٪ + رواتب أكثر (تخميني الخاص). ومع ذلك ، هل تفضل التنقيب في السجلات من تطبيق الجوال / حركة مرور الويب لمعرفة كيفية تحقيق الدخل بشكل أفضل من منتج الشركة & # x27s أو العمل على كيفية تحسين بقاء مرضى السرطان من العلاجات الدوائية؟

يتزايد طلب الصناعة على مهارات علم الجينوم باطراد بسبب انخفاض تكاليف التسلسل. ستكون الحاجة إلى الرعاية دائمًا عائقًا أمام التفكير في الحصول على وظيفة. بدلاً من التفكير في وظائف المعلوماتية الحيوية على أنها & # x27 ، أقوم بإجراء بحث مثير للاهتمام في مجال البحث والتطوير حيث يمكنني البرمجة والتفكير في مشكلات بيولوجية مثيرة للاهتمام لحلها & # x27 (نادرًا) ، فكر في الأمر أكثر نظرًا لوجود منتج تدفعه الشركة وتحتاج إلى أشخاص معه معرفة البرمجة والبيولوجيا للمساعدة (ترس في آلة). في الصناعة ، غالبًا ما تكون المرونة في اختيار موضوع البحث الخاص بك محدودة. هناك أيضًا فرص للعمل في دور أكبر يواجه العملاء أو كمدير منتج حيث ستساعدك معرفتك بالمعلوماتية الحيوية ولكن هذا لن يكون ما تفعله يومًا بعد يوم.


نظرة عامة على المنهج الدراسي (2015-16)

يتم تنظيم برنامج الدراسات العليا في المعلوماتية الحيوية وبيولوجيا الأنظمة حول مسارين تأديبيين لهما متطلبات متميزة ، ولكن متداخلة ، لأعضاء هيئة التدريس والمناهج الدراسية: المعلوماتية الحيوية وبيولوجيا الأنظمة (BISB) والمعلوماتية الطبية الحيوية (BMI). يشير الطلاب إلى اهتمامهم بمسار واحد ، لكن يمكنهم طلب التبديل في أي وقت أثناء دراستهم. لكل مسار ، هناك أربع دورات أساسية مطلوبة (يتم إكمالها بشكل عام خلال السنة الأولى) و 16 وحدة يتم اختيارها من قائمة الحقول الاختيارية ليتم إكمالها خلال العامين الأولين. يجب أن تؤخذ جميع المقررات الأساسية والاختيارية المطلوبة للحصول على الدرجة العلمية. يجب على الطلاب الحصول على "B" أو أفضل في الدورات التي تم الحصول عليها للحصول على الدرجة. إذا حصلت على "B-" أو أقل في الفصل الأساسي أو الاختياري ، أو حصلت على تقدير S / U ، فهذا لا يفي بمتطلباتك. يرجى الاطلاع على الأسئلة الشائعة حول الدرجات إذا كان لديك أي درجات من "B-" أو أقل أو "U".

يضمن المنهج الأساسي أن يكون لكل طالب في البرنامج نفس أساس المعرفة في المجالات الرئيسية للمعلوماتية الحيوية وعلم أحياء الأنظمة والمعلوماتية الطبية الحيوية. تهدف الاختيارية إلى تزويد الطلاب بدورات متعمقة تتعلق باهتماماتهم البحثية.

بالإضافة إلى ذلك ، يجب أن يأخذ الطلاب أيضًا

  • ندوة مسارهم (BNFO 281 لمسار BISB MED 262 لمسار BMI) لفصلي الخريف والشتاء والربيع من أول عامين.
  • محادثات بحثية للطلاب (BNFO 283) في فصلي الخريف والشتاء والربيع أول عامين.
  • واحدة من دورتين أخلاقيتين (SOMI 226 أو BIOM 219) خلال العامين الأولين. قد تتطلب مصادر التمويل أن يتم أخذها في السنة الأولى ، لذلك نوصي بأخذها بحلول ربيع العام الأول.
  • متطلبات تناوب البحث (BNFO 298 لـ 4 وحدات) في فصول الخريف والشتاء والربيع من السنة الأولى.
  • وحدات البحث (BNFO 299) مع مستشار أطروحاتهم بعد الانضمام إلى المختبر.
  • ربعين كمساعد تدريس (BNFO 500 أو الرموز المقابلة في الأقسام الأخرى).

محتويات

أصبحت المعلوماتية الحيوية جزءًا مهمًا من العديد من مجالات علم الأحياء. في علم الأحياء الجزيئي التجريبي ، تسمح تقنيات المعلوماتية الحيوية مثل معالجة الصور والإشارات باستخراج نتائج مفيدة من كميات كبيرة من البيانات الخام. في مجال علم الوراثة ، يساعد في تحديد تسلسل الجينوم والتعليق التوضيحي للطفرات الملحوظة. يلعب دورًا في التنقيب عن نصوص الأدب البيولوجي وتطوير الأنطولوجيا البيولوجية والجينية لتنظيم البيانات البيولوجية والاستعلام عنها. كما أنه يلعب دورًا في تحليل التعبير عن الجينات والبروتينات وتنظيمها. تساعد أدوات المعلوماتية الحيوية في مقارنة وتحليل وتفسير البيانات الجينية والجينومية وبشكل عام في فهم الجوانب التطورية للبيولوجيا الجزيئية. على مستوى أكثر تكاملاً ، فإنه يساعد في تحليل وفهرسة المسارات والشبكات البيولوجية التي تعد جزءًا مهمًا من بيولوجيا الأنظمة. في علم الأحياء البنيوي ، يساعد في محاكاة ونمذجة DNA ، [2] RNA ، [2] [3] بروتينات [4] بالإضافة إلى التفاعلات الجزيئية الحيوية. [5] [6] [7] [8]

تحرير التاريخ

تاريخيا ، المصطلح المعلوماتية الحيوية لا يعني ما يعنيه اليوم. صاغها Paulien Hogeweg و Ben Hesper في عام 1970 للإشارة إلى دراسة عمليات المعلومات في النظم الحيوية. [9] [10] [11] وضع هذا التعريف المعلوماتية الحيوية كمجال موازٍ للكيمياء الحيوية (دراسة العمليات الكيميائية في الأنظمة البيولوجية). [9]

تحرير التسلسلات

أصبحت أجهزة الكمبيوتر ضرورية في البيولوجيا الجزيئية عندما أصبحت تسلسلات البروتين متاحة بعد أن حدد فريدريك سانجر تسلسل الأنسولين في أوائل الخمسينيات من القرن الماضي. تبين أن مقارنة التسلسلات المتعددة يدويًا غير عملي. كانت مارغريت أوكلي دايهوف رائدة في هذا المجال. [12] قامت بتجميع واحدة من أولى قواعد بيانات تسلسل البروتين ، والتي نُشرت في البداية ككتب [13] وكانت رائدة في طرق محاذاة التسلسل والتطور الجزيئي. [14] من أوائل المساهمين في المعلوماتية الحيوية Elvin A. Kabat ، الذي كان رائدًا في تحليل التسلسل البيولوجي في عام 1970 بأحجامه الشاملة من تسلسل الأجسام المضادة التي تم إصدارها مع Tai Te Wu بين عامي 1980 و 1991. [15] في السبعينيات ، ظهرت تقنيات جديدة لتسلسل الحمض النووي تم تطبيقه على العاثية MS2 و øX174 ، ثم تم تحليل متواليات النوكليوتيدات الممتدة باستخدام خوارزميات إعلامية وإحصائية. أوضحت هذه الدراسات أن الميزات المعروفة ، مثل مقاطع الترميز والشفرة الثلاثية ، تم الكشف عنها في تحليلات إحصائية مباشرة ، وبالتالي كانت دليلًا على مفهوم أن المعلوماتية الحيوية ستكون ثاقبة. [16] [17]

تحرير الأهداف

لدراسة كيفية تغيير الأنشطة الخلوية العادية في حالات المرض المختلفة ، يجب دمج البيانات البيولوجية لتشكيل صورة شاملة لهذه الأنشطة. لذلك ، تطور مجال المعلوماتية الحيوية بحيث تتضمن المهمة الأكثر إلحاحًا الآن تحليل وتفسير أنواع مختلفة من البيانات. ويشمل ذلك أيضًا متواليات النوكليوتيدات والأحماض الأمينية ومجالات البروتين وتركيبات البروتين.[18] يشار إلى العملية الفعلية لتحليل وتفسير البيانات بالبيولوجيا الحسابية. تشمل التخصصات الفرعية المهمة في المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحسابية ما يلي:

  • تطوير وتنفيذ برامج الكمبيوتر التي تتيح الوصول الفعال إلى أنواع مختلفة من المعلومات وإدارتها واستخدامها.
  • تطوير خوارزميات جديدة (صيغ رياضية) ومقاييس إحصائية تقيم العلاقات بين أعضاء مجموعات البيانات الكبيرة. على سبيل المثال ، هناك طرق لتحديد موقع الجين داخل تسلسل ، للتنبؤ ببنية البروتين و / أو وظيفته ، ولتجميع متواليات البروتين في عائلات من التسلسلات ذات الصلة.

الهدف الأساسي للمعلوماتية الحيوية هو زيادة فهم العمليات البيولوجية. ومع ذلك ، فإن ما يميزه عن الأساليب الأخرى هو تركيزه على تطوير وتطبيق تقنيات حسابية مكثفة لتحقيق هذا الهدف. تتضمن الأمثلة: التعرف على الأنماط ، واستخراج البيانات ، وخوارزميات التعلم الآلي ، والتصور. تشمل الجهود البحثية الرئيسية في هذا المجال محاذاة التسلسل ، واكتشاف الجينات ، وتجميع الجينوم ، وتصميم الأدوية ، واكتشاف الأدوية ، ومحاذاة بنية البروتين ، والتنبؤ ببنية البروتين ، والتنبؤ بالتعبير الجيني وتفاعلات البروتين والبروتين ، ودراسات الارتباط على مستوى الجينوم ، ونمذجة التطور وانقسام الخلايا / الانقسام.

تستلزم المعلوماتية الحيوية الآن إنشاء وتطوير قواعد البيانات والخوارزميات والتقنيات الحسابية والإحصائية والنظرية لحل المشكلات الرسمية والعملية الناشئة عن إدارة وتحليل البيانات البيولوجية.

على مدى العقود القليلة الماضية ، تضافرت التطورات السريعة في تقنيات البحث الجينومي والجزيئي الأخرى والتطورات في تقنيات المعلومات لإنتاج كمية هائلة من المعلومات المتعلقة بالبيولوجيا الجزيئية. المعلوماتية الحيوية هو الاسم الذي يطلق على هذه الأساليب الرياضية والحاسوبية المستخدمة في استخلاص فهم العمليات البيولوجية.

تشمل الأنشطة الشائعة في المعلوماتية الحيوية رسم الخرائط وتحليل تسلسل الحمض النووي والبروتين ، ومحاذاة تسلسل الحمض النووي والبروتين لمقارنتها ، وإنشاء نماذج ثلاثية الأبعاد لهياكل البروتين وعرضها.

فيما يتعلق بالمجالات الأخرى تحرير

المعلوماتية الحيوية هي مجال علمي مشابه للحساب البيولوجي ولكنه متميز عنه ، في حين أنه غالبًا ما يعتبر مرادفًا لعلم الأحياء الحسابي. يستخدم الحساب البيولوجي الهندسة الحيوية والبيولوجيا لبناء أجهزة كمبيوتر بيولوجية ، بينما تستخدم المعلوماتية الحيوية الحساب لفهم علم الأحياء بشكل أفضل. تتضمن المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية تحليل البيانات البيولوجية ، ولا سيما الحمض النووي ، والحمض النووي الريبي ، وتسلسلات البروتين. شهد مجال المعلوماتية الحيوية نموًا هائلاً بدءًا من منتصف التسعينيات ، مدفوعًا إلى حد كبير بمشروع الجينوم البشري والتقدم السريع في تقنية تسلسل الحمض النووي.

يتضمن تحليل البيانات البيولوجية لإنتاج معلومات ذات مغزى كتابة وتشغيل برامج برمجية تستخدم خوارزميات من نظرية الرسم البياني والذكاء الاصطناعي والحوسبة اللينة واستخراج البيانات ومعالجة الصور ومحاكاة الكمبيوتر. تعتمد الخوارزميات بدورها على الأسس النظرية مثل الرياضيات المنفصلة ، ونظرية التحكم ، ونظرية النظام ، ونظرية المعلومات ، والإحصاء.

منذ أن تم تسلسل Phage Φ-X174 في عام 1977 ، [19] تم فك تشفير تسلسل الحمض النووي لآلاف الكائنات الحية وتخزينها في قواعد البيانات. يتم تحليل معلومات التسلسل هذه لتحديد الجينات التي تشفر البروتينات وجينات الحمض النووي الريبي والتسلسلات التنظيمية والزخارف الهيكلية والتسلسلات المتكررة. يمكن أن تظهر مقارنة الجينات داخل الأنواع أو بين الأنواع المختلفة أوجه تشابه بين وظائف البروتين ، أو العلاقات بين الأنواع (استخدام النظاميات الجزيئية لبناء أشجار النشوء والتطور). مع تزايد كمية البيانات ، أصبح من غير العملي منذ فترة طويلة تحليل تسلسل الحمض النووي يدويًا. تُستخدم برامج الكمبيوتر مثل BLAST بشكل روتيني للبحث في التسلسلات - اعتبارًا من عام 2008 ، من أكثر من 260.000 كائن حي ، تحتوي على أكثر من 190 مليار نيوكليوتيد. [20]

تحرير تسلسل الحمض النووي

قبل أن يتم تحليل التسلسلات ، يجب الحصول عليها من بنك تخزين البيانات مثال Genbank. لا يزال تسلسل الحمض النووي مشكلة غير تافهة لأن البيانات الخام قد تكون صاخبة أو متأثرة بإشارات ضعيفة. تم تطوير الخوارزميات للقاعدة التي تتطلب الأساليب التجريبية المختلفة لتسلسل الحمض النووي.

تحرير تجميع التسلسل

تنتج معظم تقنيات تسلسل الحمض النووي أجزاء قصيرة من التسلسل والتي تحتاج إلى تجميع للحصول على تسلسل الجين أو الجينوم الكامل. ما يسمى بتقنية تسلسل البندقية (والتي تم استخدامها ، على سبيل المثال ، من قبل معهد أبحاث الجينوم (TIGR) لتسلسل الجينوم البكتيري الأول ، المستدمية النزلية) [21] يولد متواليات من عدة آلاف من شظايا الحمض النووي الصغيرة (تتراوح من 35 إلى 900 نيوكليوتيد ، اعتمادًا على تقنية التسلسل). تتداخل أطراف هذه الأجزاء ، وعند محاذاةها بشكل صحيح بواسطة برنامج تجميع الجينوم ، يمكن استخدامها لإعادة بناء الجينوم الكامل. ينتج عن تسلسل البندقية بيانات التسلسل بسرعة ، لكن مهمة تجميع الأجزاء يمكن أن تكون معقدة للغاية بالنسبة للجينومات الأكبر. بالنسبة لجينوم كبير مثل الجينوم البشري ، قد يستغرق الأمر عدة أيام من وقت وحدة المعالجة المركزية على أجهزة الكمبيوتر ذات الذاكرة الكبيرة متعددة المعالجات لتجميع الأجزاء ، وعادة ما يحتوي التجميع الناتج على العديد من الفجوات التي يجب سدها لاحقًا. تسلسل البندقية هو الطريقة المفضلة لجميع الجينومات المتسلسلة اليوم تقريبًا [ عندما؟ ] ، وخوارزميات تجميع الجينوم هي مجال مهم لأبحاث المعلوماتية الحيوية.

تحرير شرح الجينوم

في سياق علم الجينوم ، الشرح هو عملية تمييز الجينات والسمات البيولوجية الأخرى في تسلسل الحمض النووي. يجب أتمتة هذه العملية لأن معظم الجينومات كبيرة جدًا بحيث لا يمكن التعليق عليها يدويًا ، ناهيك عن الرغبة في إضافة تعليقات توضيحية إلى أكبر عدد ممكن من الجينومات ، حيث توقف معدل التسلسل عن تشكيل عنق الزجاجة. أصبح الشرح ممكنًا من خلال حقيقة أن الجينات لها مناطق بداية ونقطة يمكن التعرف عليها ، على الرغم من أن التسلسل الدقيق الموجود في هذه المناطق يمكن أن يختلف بين الجينات.

نُشر أول وصف لنظام التعليق التوضيحي الشامل للجينوم في عام 1995 [21] من قبل الفريق في معهد أبحاث الجينوم الذي أجرى أول تسلسل وتحليل كامل لجينوم كائن حي حر ، وهو البكتيريا. المستدمية النزلية. [21] صمم أوين وايت وبنى نظامًا برمجيًا لتحديد الجينات التي تشفر جميع البروتينات ، ونقل RNAs ، و RNAs الريبوزومية (ومواقع أخرى) ولتعيين مهام وظيفية أولية. تعمل معظم أنظمة شرح الجينوم الحالية بشكل مشابه ، لكن البرامج المتاحة لتحليل الحمض النووي الجيني ، مثل برنامج GeneMark ، تم تدريبه واستخدامه للعثور على جينات ترميز البروتين في المستدمية النزلية، تتغير وتتحسن باستمرار.

بعد الأهداف التي ترك مشروع الجينوم البشري لتحقيقها بعد إغلاقه في عام 2003 ، ظهر مشروع جديد طوره المعهد القومي لأبحاث الجينوم البشري في الولايات المتحدة. ما يسمى بمشروع ENCODE هو عبارة عن مجموعة بيانات تعاونية للعناصر الوظيفية للجينوم البشري التي تستخدم تقنيات تسلسل الحمض النووي من الجيل التالي ومصفوفات التبليط الجينومي ، وهي تقنيات قادرة على توليد كميات كبيرة من البيانات تلقائيًا بتكلفة مخفضة بشكل كبير لكل قاعدة. ولكن بنفس الدقة (خطأ الاستدعاء الأساسي) والإخلاص (خطأ التجميع).

علم الأحياء التطوري الحسابي تحرير

علم الأحياء التطوري هو دراسة أصل الأنواع ونسبها ، وكذلك تغيرها بمرور الوقت. ساعدت المعلوماتية علماء الأحياء التطورية من خلال تمكين الباحثين من:

  • تتبع تطور عدد كبير من الكائنات الحية عن طريق قياس التغيرات في حمضها النووي ، وليس من خلال التصنيف الفيزيائي أو الملاحظات الفسيولوجية وحدها ،
  • مقارنة الجينومات بأكملها ، مما يسمح بدراسة الأحداث التطورية الأكثر تعقيدًا ، مثل تكرار الجينات ، ونقل الجينات الأفقي ، والتنبؤ بالعوامل المهمة في الانتواع البكتيري ،
  • بناء نماذج حسابية معقدة في علم الوراثة السكانية للتنبؤ بنتيجة النظام بمرور الوقت [22]
  • تتبع وتبادل المعلومات حول عدد متزايد من الأنواع والكائنات الحية

يسعى العمل المستقبلي إلى إعادة بناء شجرة الحياة الأكثر تعقيدًا الآن. [ على من؟ ]

أحيانًا يتم الخلط بين مجال البحث في علوم الكمبيوتر الذي يستخدم الخوارزميات الجينية مع علم الأحياء التطوري الحسابي ، لكن المجالين ليسا مرتبطين بالضرورة.

تحرير الجينوم المقارن

يتمثل جوهر تحليل الجينوم المقارن في إنشاء المراسلات بين الجينات (تحليل تقويم العظام) أو السمات الجينية الأخرى في الكائنات الحية المختلفة. هذه الخرائط الجينية هي التي تجعل من الممكن تتبع العمليات التطورية المسؤولة عن تباعد جينومين. تشكل العديد من الأحداث التطورية التي تعمل على مستويات تنظيمية مختلفة تطور الجينوم. في أدنى مستوى ، تؤثر الطفرات النقطية على النيوكليوتيدات الفردية. على مستوى أعلى ، تخضع المقاطع الصبغية الكبيرة للازدواجية ، والنقل الجانبي ، والانعكاس ، والتبديل ، والحذف ، والإدراج. [23] في نهاية المطاف ، تشارك الجينومات الكاملة في عمليات التهجين ، وتعدد الصبغيات ، والتعايش الداخلي ، مما يؤدي غالبًا إلى الانتواع السريع. يطرح تعقيد تطور الجينوم العديد من التحديات المثيرة لمطوري النماذج الرياضية والخوارزميات ، الذين يلجأون إلى مجموعة من التقنيات الحسابية والإحصائية والرياضية ، بدءًا من الخوارزميات الدقيقة والاستدلالية والمعلمة الثابتة والتقريب للمشكلات القائمة على نماذج البخل إلى ماركوف. سلسلة خوارزميات مونت كارلو للتحليل البايزي للمشكلات بناءً على النماذج الاحتمالية.

تستند العديد من هذه الدراسات إلى اكتشاف تجانس التسلسل لتعيين التسلسلات لعائلات البروتين. [24]

عموم الجينوم تحرير

علم الجينوم الشامل هو مفهوم تم تقديمه في عام 2005 من قبل Tettelin و Medini والذي ترسخ في النهاية في المعلوماتية الحيوية. إن جينوم عموم هو ذخيرة جينية كاملة لمجموعة تصنيفية معينة: على الرغم من تطبيقه مبدئيًا على سلالات ذات صلة وثيقة من نوع ما ، إلا أنه يمكن تطبيقه على سياق أكبر مثل الجنس والشعبة وما إلى ذلك. وهو مقسم إلى جزأين - الجينوم الأساسي: مجموعة من الجينات المشتركة لجميع الجينومات قيد الدراسة (غالبًا ما تكون هذه الجينات التدبيرية الحيوية للبقاء على قيد الحياة) والجينوم القابل للاستغناء / المرن: مجموعة من الجينات غير موجودة في جميع الجينومات قيد الدراسة باستثناء واحد أو بعض الجينات. يمكن استخدام أداة المعلوماتية الحيوية BPGA لتوصيف Pan Genome للأنواع البكتيرية. [25]

علم الوراثة المرض

مع ظهور الجيل التالي من التسلسل ، نحصل على بيانات تسلسلية كافية لرسم خريطة جينات الأمراض المعقدة العقم ، [26] سرطان الثدي [27] أو مرض الزهايمر. [28] تعد دراسات الارتباط على مستوى الجينوم طريقة مفيدة لتحديد الطفرات المسؤولة عن مثل هذه الأمراض المعقدة. [29] من خلال هذه الدراسات ، تم تحديد الآلاف من متغيرات الحمض النووي المرتبطة بأمراض وسمات مماثلة. [30] علاوة على ذلك ، فإن إمكانية استخدام الجينات في التشخيص أو التشخيص أو العلاج هي واحدة من أهم التطبيقات. تناقش العديد من الدراسات كلاً من الطرق الواعدة لاختيار الجينات المراد استخدامها والمشاكل والمزالق المتعلقة باستخدام الجينات للتنبؤ بوجود المرض أو التكهن به. [31]

تحليل الطفرات في السرطان تحرير

في السرطان ، يتم إعادة ترتيب جينومات الخلايا المصابة بطرق معقدة أو حتى غير متوقعة. تُستخدم جهود التسلسل الهائلة لتحديد الطفرات النقطية غير المعروفة سابقًا في مجموعة متنوعة من الجينات في السرطان. يواصل علماء المعلومات الحيوية إنتاج أنظمة آلية متخصصة لإدارة الحجم الهائل لبيانات التسلسل التي يتم إنتاجها ، ويقومون بإنشاء خوارزميات وبرامج جديدة لمقارنة نتائج التسلسل بالمجموعة المتزايدة من تسلسل الجينوم البشري وتعدد أشكال السلالة الجرثومية. يتم استخدام تقنيات الكشف الفيزيائي الجديدة ، مثل المصفوفات الدقيقة قليلة النوكليوتيد لتحديد مكاسب وخسائر الكروموسومات (تسمى التهجين الجيني المقارن) ، ومصفوفات تعدد الأشكال أحادية النوكليوتيدات للكشف المعروف الطفرات النقطية. تقيس طرق الكشف هذه في وقت واحد عدة مئات الآلاف من المواقع في جميع أنحاء الجينوم ، وعند استخدامها في إنتاجية عالية لقياس آلاف العينات ، تولد تيرابايت من البيانات لكل تجربة. مرة أخرى ، تولد الكميات الهائلة والأنواع الجديدة من البيانات فرصًا جديدة لعلماء المعلومات الحيوية. غالبًا ما يتم العثور على البيانات التي تحتوي على تنوع كبير ، أو ضوضاء ، وبالتالي يتم تطوير نموذج ماركوف المخفي وطرق تحليل نقطة التغيير لاستنتاج تغييرات رقم النسخة الحقيقية.

يمكن استخدام مبدأين مهمين في تحليل جينومات السرطان المعلوماتية الحيوية المتعلقة بتحديد الطفرات في الإكسوم. أولاً ، السرطان هو مرض من الطفرات الجسدية المتراكمة في الجينات. يحتوي السرطان الثاني على طفرات السائق التي يجب تمييزها عن الركاب. [32]

مع الاختراقات التي توفرها تقنية التسلسل من الجيل التالي هذه في مجال المعلوماتية الحيوية ، يمكن أن تتغير جينوميات السرطان بشكل كبير. تسمح هذه الأساليب والبرامج الجديدة لعلماء المعلومات الحيوية بتسلسل العديد من جينومات السرطان بسرعة وبتكلفة معقولة. هذا يمكن أن يخلق عملية أكثر مرونة لتصنيف أنواع السرطان من خلال تحليل الطفرات التي يسببها السرطان في الجينوم. علاوة على ذلك ، قد يكون تتبع المرضى أثناء تقدم المرض ممكنًا في المستقبل من خلال تسلسل عينات السرطان. [33]

نوع آخر من البيانات التي تتطلب تطوير معلوماتية جديدة هو تحليل الآفات التي وجد أنها متكررة بين العديد من الأورام.

تحرير تحليل التعبير الجيني

يمكن تحديد التعبير عن العديد من الجينات عن طريق قياس مستويات الرنا المرسال بتقنيات متعددة بما في ذلك المصفوفات الدقيقة ، وتسلسل علامة تسلسل كدنا المعبر عنها (EST) ، والتحليل التسلسلي لتسلسل علامات التعبير الجيني (SAGE) ، وتسلسل التوقيع المتوازي بشكل كبير (MPSS) ، RNA-Seq ، يُعرف أيضًا باسم "تسلسل بندقية النسخ بالكامل" (WTSS) ، أو تطبيقات مختلفة للتهجين متعدد الإرسال في الموقع. كل هذه التقنيات معرضة بشدة للضوضاء و / أو عرضة للتحيز في القياس البيولوجي ، ويتضمن مجال البحث الرئيسي في علم الأحياء الحسابي تطوير أدوات إحصائية لفصل الإشارة عن الضوضاء في دراسات التعبير الجيني عالية الإنتاجية. [34] غالبًا ما تُستخدم مثل هذه الدراسات لتحديد الجينات المتورطة في اضطراب ما: يمكن للمرء مقارنة بيانات المصفوفات الدقيقة من الخلايا الظهارية السرطانية بالبيانات الواردة من الخلايا غير السرطانية لتحديد النسخ التي يتم تنظيمها بشكل أعلى ومنخفضة التنظيم في مجموعة سكانية معينة من الخلايا السرطانية.

تحرير تحليل التعبير البروتيني

يمكن أن توفر مصفوفات البروتين الدقيقة وقياس الطيف الكتلي عالي الإنتاجية (HT) لقطة سريعة للبروتينات الموجودة في عينة بيولوجية. تشارك المعلوماتية الحيوية إلى حد كبير في فهم بيانات المصفوفة الدقيقة للبروتين وبيانات HT MS ، يواجه النهج السابق مشاكل مماثلة كما هو الحال مع المصفوفات الدقيقة المستهدفة في mRNA ، وينطوي الأخير على مشكلة مطابقة كميات كبيرة من بيانات الكتلة مقابل الكتل المتوقعة من قواعد بيانات تسلسل البروتين ، و تحليل إحصائي معقد للعينات حيث تم الكشف عن ببتيدات متعددة ولكن غير مكتملة من كل بروتين. يمكن تحقيق توطين البروتين الخلوي في سياق الأنسجة من خلال بروتينات التقارب المعروضة كبيانات مكانية تعتمد على الكيمياء المناعية والمصفوفات الدقيقة للأنسجة. [35]

تحليل التنظيم تحرير

التنظيم الجيني هو التنسيق المعقد للأحداث التي تؤدي بواسطتها الإشارة ، التي يحتمل أن تكون إشارة خارج الخلية مثل الهرمون ، إلى زيادة أو نقصان في نشاط بروتين واحد أو أكثر. تم تطبيق تقنيات المعلوماتية الحيوية لاستكشاف خطوات مختلفة في هذه العملية.

على سبيل المثال ، يمكن تنظيم التعبير الجيني عن طريق العناصر المجاورة في الجينوم. يتضمن تحليل المروج تحديد ودراسة الأشكال المتسلسلة في الحمض النووي المحيط بمنطقة الترميز للجين. تؤثر هذه الأشكال على المدى الذي يتم فيه نسخ تلك المنطقة إلى mRNA. يمكن لعناصر المحسن البعيدة عن المحفز أيضًا تنظيم التعبير الجيني ، من خلال التفاعلات الحلقية ثلاثية الأبعاد. يمكن تحديد هذه التفاعلات عن طريق تحليل المعلومات الحيوية لتجارب التقاط التشكل الصبغي.

يمكن استخدام بيانات التعبير لاستنتاج تنظيم الجينات: يمكن للمرء أن يقارن بيانات المصفوفة الدقيقة من مجموعة متنوعة من حالات الكائن الحي لتشكيل فرضيات حول الجينات المشاركة في كل حالة. في كائن أحادي الخلية ، يمكن للمرء أن يقارن مراحل دورة الخلية ، جنبًا إلى جنب مع ظروف الإجهاد المختلفة (الصدمة الحرارية ، الجوع ، إلخ). يمكن للمرء بعد ذلك تطبيق خوارزميات التجميع على بيانات التعبير لتحديد الجينات التي يتم التعبير عنها بشكل مشترك. على سبيل المثال ، يمكن البحث في مناطق المنبع (المروجين) للجينات المعبر عنها بشكل مشترك عن العناصر التنظيمية الممثلة بشكل مفرط. من أمثلة خوارزميات التجميع المطبقة في التجميع الجيني تجميع الوسائل k ، والخرائط ذاتية التنظيم (SOMs) ، والتجميع الهرمي ، وطرق التجميع الإجماعي.

تم تطوير العديد من الأساليب لتحليل موقع العضيات والجينات والبروتينات والمكونات الأخرى داخل الخلايا. هذا مهم لأن موقع هذه المكونات يؤثر على الأحداث داخل الخلية وبالتالي يساعدنا على التنبؤ بسلوك الأنظمة البيولوجية. فئة الأنطولوجيا الجينية ، المكون الخلوي، تم تصميمه لالتقاط التوطين الخلوي في العديد من قواعد البيانات البيولوجية.

المجهر وتحليل الصور تحرير

تسمح لنا الصور المجهرية بتحديد كل من العضيات والجزيئات. قد يساعدنا أيضًا في التمييز بين الخلايا الطبيعية وغير الطبيعية ، على سبيل المثال في السرطان.

تحرير توطين البروتين

يساعدنا توطين البروتينات في تقييم دور البروتين. على سبيل المثال ، إذا تم العثور على بروتين في النواة ، فقد يكون متورطًا في تنظيم الجينات أو التضفير. على النقيض من ذلك ، إذا تم العثور على بروتين في الميتوكوندريا ، فقد يشارك في التنفس أو عمليات التمثيل الغذائي الأخرى. وبالتالي فإن توطين البروتين هو عنصر مهم في التنبؤ بوظيفة البروتين. هناك موارد متطورة للتنبؤ بالتوطين الخلوي للبروتين ، بما في ذلك قواعد بيانات مواقع الخلايا الفرعية للبروتين وأدوات التنبؤ. [36] [37]

التنظيم النووي لتحرير الكروماتين

يمكن أن توفر البيانات المستمدة من تجارب التقاط تشكل الكروموسوم عالية الإنتاجية ، مثل Hi-C (تجربة) و ChIA-PET ، معلومات عن القرب المكاني لمواقع الحمض النووي. يمكن أن يحدد تحليل هذه التجارب البنية ثلاثية الأبعاد والتنظيم النووي للكروماتين. تتضمن تحديات المعلوماتية الحيوية في هذا المجال تقسيم الجينوم إلى مجالات ، مثل المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs) ، والتي يتم تنظيمها معًا في مساحة ثلاثية الأبعاد. [38]

يعد التنبؤ ببنية البروتين أحد التطبيقات المهمة الأخرى للمعلوماتية الحيوية. يمكن تحديد تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين ، ما يسمى بالبنية الأولية ، بسهولة من تسلسل الجين الذي يرمز إليه. في الغالبية العظمى من الحالات ، يحدد هذا الهيكل الأساسي بشكل فريد هيكلًا في بيئته الأصلية.(بالطبع ، هناك استثناءات ، مثل بريون الاعتلال الدماغي الإسفنجي البقري (مرض جنون البقر).) معرفة هذا الهيكل أمر حيوي في فهم وظيفة البروتين. عادة ما يتم تصنيف المعلومات الهيكلية على أنها واحدة من ثانوي, بعد الثانوي و رباعي بنية. يبقى الحل العام القابل للتطبيق لمثل هذه التنبؤات مشكلة مفتوحة. تم توجيه معظم الجهود حتى الآن نحو الاستدلال الذي يعمل في معظم الأوقات. [ بحاجة لمصدر ]

أحد الأفكار الرئيسية في المعلوماتية الحيوية هو مفهوم التنادد. في الفرع الجينومي للمعلوماتية الحيوية ، يُستخدم التماثل للتنبؤ بوظيفة الجين: إذا كان تسلسل الجين أ، الذي تُعرف وظيفته ، هو متماثل مع تسلسل الجين ب، وظيفته غير معروفة ، يمكن للمرء أن يستنتج أن B قد تشترك في وظيفة A. في الفرع الهيكلي للمعلوماتية الحيوية ، يتم استخدام التماثل لتحديد أجزاء البروتين المهمة في تكوين الهيكل والتفاعل مع البروتينات الأخرى. في تقنية تسمى نمذجة التماثل ، تُستخدم هذه المعلومات للتنبؤ ببنية البروتين بمجرد معرفة بنية البروتين المتماثل. يظل هذا حاليًا هو الطريقة الوحيدة للتنبؤ بهياكل البروتين بشكل موثوق.

أحد الأمثلة على ذلك هو الهيموغلوبين في البشر والهيموغلوبين في البقوليات (ليغيموغلوبين) ، وهما أقارب بعيدون من نفس عائلة البروتين. كلاهما يخدم نفس الغرض من نقل الأكسجين في الكائن الحي. على الرغم من أن كلا هذين البروتينين لهما تسلسل مختلف تمامًا من الأحماض الأمينية ، إلا أن هياكل البروتين الخاصة بهما متطابقة تقريبًا ، مما يعكس أغراضهما شبه المتطابقة والسلف المشترك. [39]

تشمل التقنيات الأخرى للتنبؤ ببنية البروتين خيوط البروتين و من جديد (من الصفر) النمذجة القائمة على الفيزياء.

يتضمن جانب آخر من المعلومات الحيوية الهيكلية استخدام هياكل البروتين لنماذج الفحص الافتراضية مثل نماذج العلاقة الكمية بين البنية والنشاط ونماذج البروتينات الكيميائية (PCM). علاوة على ذلك ، يمكن استخدام التركيب البلوري للبروتين في محاكاة دراسات ربط الترابط و في السيليكو دراسات الطفرات.

تحليل الشبكات يسعى إلى فهم العلاقات داخل الشبكات البيولوجية مثل شبكات تفاعل التمثيل الغذائي أو البروتين والبروتين. على الرغم من أنه يمكن بناء الشبكات البيولوجية من نوع واحد من الجزيئات أو الكيانات (مثل الجينات) ، إلا أن بيولوجيا الشبكة تحاول غالبًا دمج العديد من أنواع البيانات المختلفة ، مثل البروتينات والجزيئات الصغيرة وبيانات التعبير الجيني وغيرها ، وكلها مرتبطة ماديًا وظيفيًا أو كليهما.

بيولوجيا النظم يتضمن استخدام المحاكاة الحاسوبية للأنظمة الفرعية الخلوية (مثل شبكات المستقلبات والإنزيمات التي تشتمل على التمثيل الغذائي ومسارات نقل الإشارات وشبكات تنظيم الجينات) لتحليل وتصور الاتصالات المعقدة لهذه العمليات الخلوية. تحاول الحياة الاصطناعية أو التطور الافتراضي فهم العمليات التطورية عبر محاكاة الكمبيوتر لأشكال الحياة البسيطة (الاصطناعية).

شبكات التفاعل الجزيئي تحرير

تم تحديد عشرات الآلاف من هياكل البروتين ثلاثية الأبعاد بواسطة علم البلورات بالأشعة السينية والتحليل الطيفي للرنين المغناطيسي النووي للبروتين (بروتين NMR) والسؤال المركزي في المعلوماتية الحيوية الهيكلية هو ما إذا كان من العملي التنبؤ بالتفاعلات البروتينية المحتملة بناءً على هذه التفاعلات فقط. أشكال ثلاثية الأبعاد ، بدون إجراء تجارب تفاعل بين البروتين والبروتين. تم تطوير مجموعة متنوعة من الطرق لمعالجة مشكلة الالتحام بالبروتين والبروتين ، على الرغم من أنه يبدو أنه لا يزال هناك الكثير من العمل الذي يتعين القيام به في هذا المجال.

التفاعلات الأخرى التي تمت مواجهتها في هذا المجال تشمل بروتين - ليجند (بما في ذلك الدواء) وببتيد - بروتين. المحاكاة الديناميكية الجزيئية لحركة الذرات حول الروابط القابلة للدوران هي المبدأ الأساسي وراء الخوارزميات الحسابية ، المسماة خوارزميات الالتحام ، لدراسة التفاعلات الجزيئية.

تحليل الأدب تحرير

إن النمو في عدد المؤلفات المنشورة يجعل من المستحيل فعليًا قراءة كل ورقة ، مما يؤدي إلى تفكك مجالات البحث الفرعية. يهدف تحليل الأدب إلى استخدام اللغويات الحسابية والإحصائية لتعدين هذه المكتبة المتنامية من موارد النص. على سبيل المثال:

  • التعرف على الاختصارات - تحديد الشكل الطويل والاختصار للمصطلحات البيولوجية
  • التعرف على الكيان المحدد - التعرف على المصطلحات البيولوجية مثل أسماء الجينات
  • تفاعل البروتين - البروتين - تحديد البروتينات التي تتفاعل مع أي بروتينات من النص

يعتمد مجال البحث على الإحصاء واللغويات الحسابية.

تحرير تحليل الصور عالية الإنتاجية

تُستخدم التقنيات الحاسوبية لتسريع أو أتمتة المعالجة والتقدير الكمي وتحليل كميات كبيرة من الصور الطبية الحيوية ذات المحتوى العالي من المعلومات. تعمل أنظمة تحليل الصور الحديثة على زيادة قدرة المراقب على إجراء قياسات من مجموعة كبيرة أو معقدة من الصور ، من خلال تحسين الدقة والموضوعية أو السرعة. قد يحل نظام التحليل المطور بالكامل محل المراقب تمامًا. على الرغم من أن هذه الأنظمة ليست فريدة من نوعها بالنسبة للصور الطبية الحيوية ، إلا أن التصوير الطبي الحيوي أصبح أكثر أهمية لكل من التشخيص والبحث. بعض الأمثلة هي:

  • القياس الكمي عالي الإنتاجية وعالي الدقة والتوطين شبه الخلوي (فحص المحتوى العالي ، علم أمراض الخلايا ، معلوماتية الصورة الحيوية)
  • تحليل الصور السريرية والتصور
  • تحديد أنماط تدفق الهواء في الوقت الحقيقي في رئتي التنفس للحيوانات الحية
  • تحديد حجم الانسداد في صور الوقت الفعلي من تطور الإصابة الشريانية والتعافي منها
  • عمل ملاحظات سلوكية من تسجيلات الفيديو الممتدة لحيوانات المختبر
  • قياسات الأشعة تحت الحمراء لتحديد النشاط الأيضي
  • استنتاج تداخلات استنساخ في رسم خرائط الحمض النووي ، على سبيل المثال نتيجة سولستون

تحرير تحليل بيانات الخلية المفردة عالي الإنتاجية

تُستخدم التقنيات الحسابية لتحليل بيانات الخلية المفردة عالية الإنتاجية ومنخفضة القياس ، مثل تلك التي تم الحصول عليها من قياس التدفق الخلوي. تتضمن هذه الطرق عادةً العثور على مجموعات من الخلايا ذات الصلة بحالة مرضية معينة أو حالة تجريبية.

معلوماتية التنوع البيولوجي تحرير

تتعامل معلوماتية التنوع البيولوجي مع جمع وتحليل بيانات التنوع البيولوجي ، مثل قواعد البيانات التصنيفية ، أو بيانات الميكروبيوم. تتضمن أمثلة هذه التحليلات علم الوراثة ، والنمذجة المتخصصة ، ورسم خرائط ثراء الأنواع ، وترميز الحمض النووي الشريطي ، أو أدوات تحديد الأنواع.

الأنطولوجيات وتكامل البيانات تحرير

علم الوجود البيولوجي عبارة عن رسوم بيانية غير دورية موجهة لمفردات محكومة. وهي مصممة لالتقاط المفاهيم والأوصاف البيولوجية بطريقة يمكن تصنيفها وتحليلها بسهولة باستخدام أجهزة الكمبيوتر. عند التصنيف بهذه الطريقة ، من الممكن الحصول على قيمة مضافة من التحليل الشامل والمتكامل.

كان مسبك OBO محاولة لتوحيد بعض الأنطولوجيا. واحدة من أكثرها انتشارًا هي علم الوجود الجيني الذي يصف وظيفة الجينات. هناك أيضًا علم الوجود الذي يصف الأنماط الظاهرية.

قواعد البيانات ضرورية لأبحاث وتطبيقات المعلوماتية الحيوية. توجد العديد من قواعد البيانات التي تغطي أنواعًا مختلفة من المعلومات: على سبيل المثال ، تسلسل الحمض النووي والبروتين ، والتركيبات الجزيئية ، والأنماط الظاهرية ، والتنوع البيولوجي. قد تحتوي قواعد البيانات على بيانات تجريبية (تم الحصول عليها مباشرة من التجارب) ، أو بيانات متوقعة (تم الحصول عليها من التحليل) ، أو الأكثر شيوعًا ، كلاهما. قد تكون محددة لكائن حي معين أو مسار أو جزيء مهم. بدلاً من ذلك ، يمكنهم دمج البيانات التي تم تجميعها من عدة قواعد بيانات أخرى. تختلف قواعد البيانات هذه من حيث الشكل وآلية الوصول وما إذا كانت عامة أم لا.

بعض قواعد البيانات الأكثر استخدامًا مذكورة أدناه. للحصول على قائمة أكثر شمولاً ، يرجى التحقق من الرابط في بداية القسم الفرعي.

  • تستخدم في تحليل التسلسل البيولوجي: Genbank ، UniProt
  • يستخدم في تحليل الهيكل: بنك بيانات البروتين (PDB)
  • يستخدم في البحث عن عائلات البروتين وإيجاد الحافز: InterPro ، Pfam
  • يُستخدم لتسلسل الجيل التالي: أرشيف قراءة التسلسل
  • تستخدم في تحليل الشبكة: قواعد بيانات المسار الأيضي (KEGG ، BioCyc) ، قواعد بيانات تحليل التفاعل ، الشبكات الوظيفية
  • يستخدم في تصميم الدوائر الوراثية الاصطناعية: GenoCAD

تتراوح أدوات البرمجيات الخاصة بالمعلوماتية الحيوية من أدوات سطر الأوامر البسيطة إلى البرامج الرسومية الأكثر تعقيدًا وخدمات الويب المستقلة المتاحة من مختلف شركات المعلوماتية الحيوية أو المؤسسات العامة.

تحرير برمجيات المعلومات الحيوية مفتوحة المصدر

وُجدت العديد من أدوات البرمجيات المجانية ومفتوحة المصدر واستمرت في النمو منذ الثمانينيات. [40] مزيج من الحاجة المستمرة لخوارزميات جديدة لتحليل الأنواع الناشئة من القراءات البيولوجية ، وإمكانية الابتكار في السيليكو ساعدت التجارب وقواعد الشفرة المفتوحة المتاحة مجانًا على خلق فرص لجميع مجموعات البحث للمساهمة في كل من المعلوماتية الحيوية ومجموعة البرامج مفتوحة المصدر المتاحة ، بغض النظر عن ترتيبات التمويل الخاصة بهم. غالبًا ما تعمل الأدوات مفتوحة المصدر كحاضنات للأفكار أو مكونات إضافية مدعومة من المجتمع في التطبيقات التجارية. قد يقدمون أيضًا بحكم الواقع المعايير ونماذج الكائنات المشتركة للمساعدة في تحدي تكامل المعلومات الحيوية.

تتضمن مجموعة حزم البرامج مفتوحة المصدر عناوين مثل Bioconductor و BioPerl و Biopython و BioJava و BioJS و BioRuby و Bioclipse و EMBOSS و. للحفاظ على هذا التقليد وخلق المزيد من الفرص ، دعمت مؤسسة Open Bioinformatics غير الربحية [40] المؤتمر السنوي للمعلوماتية الحيوية مفتوح المصدر (BOSC) منذ عام 2000. [41]

طريقة بديلة لبناء قواعد بيانات عامة للمعلومات الحيوية هي استخدام محرك ميدياويكي مع ملف WikiOpener تمديد. يتيح هذا النظام الوصول إلى قاعدة البيانات وتحديثها من قبل جميع الخبراء في هذا المجال. [42]

تحرير خدمات الويب في المعلوماتية الحيوية

تم تطوير واجهات قائمة على SOAP و REST لمجموعة واسعة من تطبيقات المعلوماتية الحيوية مما يسمح لتطبيق يعمل على كمبيوتر واحد في جزء واحد من العالم باستخدام الخوارزميات والبيانات وموارد الحوسبة على الخوادم في أجزاء أخرى من العالم. تنبع المزايا الرئيسية من حقيقة أن المستخدمين النهائيين لا يتعين عليهم التعامل مع نفقات صيانة البرامج وقواعد البيانات.

يتم تصنيف خدمات المعلوماتية الحيوية الأساسية بواسطة EBI إلى ثلاث فئات: SSS (خدمات البحث المتسلسل) و MSA (محاذاة التسلسل المتعدد) و BSA (تحليل التسلسل البيولوجي). [43] يُظهر توافر موارد المعلوماتية الحيوية هذه الموجهة نحو الخدمة قابلية تطبيق حلول المعلوماتية الحيوية المستندة إلى الويب ، وتتراوح من مجموعة من الأدوات المستقلة ذات تنسيق بيانات مشترك ضمن واجهة واحدة أو قائمة بذاتها أو قائمة على الويب ، إلى واجهة تكاملية وموزعة وأنظمة إدارة سير عمل المعلوماتية الحيوية القابلة للتوسع.

نظم إدارة سير العمل المعلوماتية الحيوية تحرير

نظام إدارة سير عمل المعلوماتية الحيوية هو شكل متخصص من نظام إدارة سير العمل مصمم خصيصًا لتكوين وتنفيذ سلسلة من الخطوات الحسابية أو معالجة البيانات ، أو سير العمل ، في تطبيق المعلوماتية الحيوية. تم تصميم هذه الأنظمة ل

  • توفير بيئة سهلة الاستخدام لعلماء التطبيق الفرديين أنفسهم لإنشاء مهام سير العمل الخاصة بهم ،
  • توفير أدوات تفاعلية للعلماء تمكنهم من تنفيذ مهام سير عملهم وعرض نتائجهم في الوقت الفعلي ،
  • تبسيط عملية المشاركة وإعادة استخدام سير العمل بين العلماء ، و
  • تمكن العلماء من تتبع مصدر نتائج تنفيذ سير العمل وخطوات إنشاء سير العمل.

BioCompute و BioCompute Objects تحرير

في عام 2014 ، رعت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية مؤتمرًا عُقد في حرم بيثيسدا للمعاهد الوطنية للصحة لمناقشة إمكانية التكاثر في المعلوماتية الحيوية. [44] على مدى السنوات الثلاث التالية ، اجتمع اتحاد من أصحاب المصلحة بانتظام لمناقشة ما سيصبح نموذج BioCompute. [45] يشمل أصحاب المصلحة ممثلين عن الحكومة والصناعة والأكاديمية. مثل قادة الجلسات فروعًا عديدة من معاهد ومراكز إدارة الغذاء والدواء والمعاهد الوطنية للصحة ، والكيانات غير الربحية بما في ذلك مشروع المتغير البشري والاتحاد الأوروبي للمعلوماتية الطبية ، والمؤسسات البحثية بما في ذلك ستانفورد ، ومركز الجينوم في نيويورك ، وجامعة جورج واشنطن.

تقرر أن يكون نموذج BioCompute في شكل "دفاتر معملية" رقمية تسمح باستنساخ بروتوكولات المعلوماتية الحيوية وتكرارها ومراجعتها وإعادة استخدامها. تم اقتراح هذا لتمكين استمرارية أكبر داخل مجموعة بحثية على مدار تدفق الأفراد العادي مع تعزيز تبادل الأفكار بين المجموعات. قامت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية بتمويل هذا العمل حتى تكون المعلومات المتعلقة بخطوط الأنابيب أكثر شفافية ويمكن لموظفيها التنظيميين الوصول إليها. [46]

في عام 2016 ، اجتمعت المجموعة مرة أخرى في المعاهد الوطنية للصحة في بيثيسدا وناقشت إمكانات كائن BioCompute ، وهو مثال على نموذج BioCompute. تم نسخ هذا العمل كمستند "استخدام تجريبي قياسي" وورقة ما قبل الطباعة تم تحميلها إلى bioRxiv. يسمح كائن BioCompute بمشاركة سجل بتنسيق JSON بين الموظفين والمتعاونين والمنظمين. [47] [48]

تشمل المنصات البرمجية المصممة لتعليم مفاهيم وأساليب المعلوماتية الحيوية روزاليند والدورات عبر الإنترنت المقدمة من خلال المعهد السويسري لبوابة التدريب على المعلوماتية الحيوية. توفر ورش العمل الكندية للمعلومات الحيوية مقاطع فيديو وشرائح من ورش العمل التدريبية على موقع الويب الخاص بهم بموجب ترخيص المشاع الإبداعي. يقدم مشروع 4273π أو مشروع 4273pi [49] أيضًا مواد تعليمية مفتوحة المصدر مجانًا. يتم تشغيل الدورة على أجهزة كمبيوتر Raspberry Pi منخفضة التكلفة وقد تم استخدامها لتعليم الكبار وتلاميذ المدارس. [50] [51] 4273π تم تطويره بنشاط من قبل مجموعة من الأكاديميين وموظفي البحث الذين قاموا بإدارة المعلوماتية الحيوية على مستوى البحث باستخدام حواسيب Raspberry Pi ونظام التشغيل 4273. [52] [53]

توفر منصات MOOC أيضًا شهادات عبر الإنترنت في المعلوماتية الحيوية والتخصصات ذات الصلة ، بما في ذلك تخصص المعلوماتية الحيوية في Coursera (UC San Diego) وتخصص علوم البيانات الجينومية (Johns Hopkins) بالإضافة إلى تحليل بيانات EdX لعلوم الحياة XSeries (هارفارد). تقدم جامعة جنوب كاليفورنيا درجة الماجستير في المعلوماتية الحيوية الانتقالية التي تركز على التطبيقات الطبية الحيوية.

هناك العديد من المؤتمرات الكبيرة التي تهتم بالمعلوماتية الحيوية. بعض الأمثلة البارزة هي الأنظمة الذكية للبيولوجيا الجزيئية (ISMB) ، والمؤتمر الأوروبي للبيولوجيا الحاسوبية (ECCB) ، والبحث في البيولوجيا الجزيئية الحاسوبية (RECOMB).


الأحد 9 مايو 2021

س 1. ما هو فيروس كورونا؟

الجواب. - فيروسات كورونا هي فصيلة كبيرة من الفيروسات التي قد تسبب المرض للحيوان أو الإنسان.

- لدى البشر ، من المعروف أن العديد من فيروسات كورونا تسبب التهابات في الجهاز التنفسي تتراوح من نزلات البرد إلى أكثر

- الأمراض الشديدة مثل متلازمة الشرق الأوسط التنفسية (ميرس) ومتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (سارس).

- أحدث فيروس كورونا تم اكتشافه يسبب مرض فيروس كورونا COVID-19.

الجواب. - COVID-19 هو مرض معد يسببه أحدث فيروس كورونا تم اكتشافه.

- كان هذا الفيروس والمرض الجديد غير معروفين قبل بدء تفشي المرض في ووهان ، الصين ، في ديسمبر 2019.

س 3. ما هي أعراض مرض كوفيد -19؟

الجواب. - الأعراض الأكثر شيوعًا لـ COVID-19 هي الحمى والتعب والسعال الجاف.

- قد يعاني بعض المرضى من الأوجاع والآلام واحتقان الأنف وسيلان الأنف والتهاب الحلق أو الإسهال.

- عادة ما تكون هذه الأعراض خفيفة وتبدأ تدريجيًا.

- يصاب بعض الأشخاص بالعدوى ولكن لا تظهر عليهم أي أعراض ولا يشعرون بتوعك.

- يتعافى معظم الناس (حوالي 80٪) من المرض دون الحاجة إلى خاص

- يصاب حوالي 1 من كل 6 أشخاص مصابين بـ COVID-19 بمرض خطير ويصاب بصعوبة في التنفس.

- كبار السن ، وأولئك الذين يعانون من مشاكل طبية أساسية مثل ارتفاع ضغط الدم أو مشاكل القلب أو مرض السكري ، هم أكثر عرضة للإصابة بأمراض خطيرة.

- يجب على الأشخاص المصابين بالحمى والسعال وصعوبة التنفس التماس العناية الطبية.

س 4. كيف ينتشر مرض كوفيد -19؟

الجواب. - يمكن للأشخاص التقاط COVID-19 من الآخرين المصابين بالفيروس.

- يمكن أن ينتشر المرض من شخص لآخر من خلال قطرات صغيرة من الأنف أو الفم والتي تنتشر عندما يسعل أو يزفر الشخص المصاب بـ COVID-19.

- تسقط هذه القطرات على الأشياء والأسطح حول الشخص.

- يصاب أشخاص آخرون بعد ذلك بـ COVID-19 عن طريق لمس هذه الأشياء أو الأسطح ، ثم لمس عيونهم أو أنفهم أو فمهم.

- يمكن للأشخاص أيضًا التقاط COVID-19 إذا استنشقوا قطرات من شخص مصاب بـ COVID-19 يسعل أو يزفر قطرات.

- هذا هو السبب في أنه من المهم البقاء على بعد أكثر من متر واحد (3 أقدام) من الشخص المريض.

س 5. هل يمكن للفيروس المسبب لـ COVID-19 أن ينتقل عن طريق الهواء؟

الجواب. - تشير الدراسات التي أجريت حتى الآن إلى أن الفيروس الذي يسبب COVID-19 ينتقل بشكل أساسي من خلال ملامسة الرذاذ التنفسي وليس عن طريق الهواء.

- انظر الإجابة السابقة على & # 8220 كيف ينتشر COVID-19؟ & # 8221

س 6. هل يمكن التقاط كوفيد -19 من شخص لا تظهر عليه أعراض؟

الجواب. - الطريقة الرئيسية لانتشار المرض هي من خلال الرذاذ التنفسي الذي يطرده شخص يسعل.

- خطر الإصابة بـ COVID-19 من شخص ليس لديه أعراض على الإطلاق منخفض للغاية.

- ومع ذلك ، يعاني العديد من الأشخاص المصابين بـ COVID-19 من أعراض خفيفة فقط.

- هذا صحيح بشكل خاص في المراحل المبكرة من المرض.

- لذلك من الممكن الإصابة بـ COVID-19 من شخص يعاني ، على سبيل المثال ، من سعال خفيف ولا يشعر بالمرض.

س 7. هل يمكنني التقاط COVID-19 من براز شخص مصاب بالمرض؟

الجواب. - يبدو أن خطر الإصابة بـ COVID-19 من براز الشخص المصاب منخفض.

- بينما تشير التحقيقات الأولية إلى أن الفيروس قد يكون موجودًا في البراز في بعض الحالات ، فإن الانتشار عبر هذا الطريق ليس سمة رئيسية لتفشي المرض.

- البحث الجاري حول طرق انتشار COVID-19 وسيواصل مشاركة النتائج الجديدة.

- ولأن هذا يمثل خطورة ، فهو سبب آخر لتنظيف اليدين بانتظام بعد استخدام الحمام وقبل تناول الطعام.

س 8. ما الذي يمكنني فعله لحماية نفسي ومنع انتشار المرض؟

الجواب. - تدابير الحماية للجميع:

- ابق على اطلاع بأحدث المعلومات حول تفشي COVID-19 ، المتوفرة لدى هيئة الصحة العامة الوطنية والولائية والمحلية.

- شهدت العديد من البلدان في جميع أنحاء العالم حالات COVID-19 وشهد العديد من حالات تفشي المرض.

- نجحت السلطات في الصين وبعض الدول الأخرى في إبطاء أو وقف تفشي المرض.

- ومع ذلك ، لا يمكن التنبؤ بالموقف ، لذا تحقق بانتظام من آخر الأخبار.

س 9. كيف يمكننا تقليل فرص الإصابة أو نشر COVID19 من خلال اتخاذ بعض الاحتياطات البسيطة؟

الجواب. - يمكنك تقليل فرص الإصابة أو نشر COVID19 عن طريق اتخاذ بعض الاحتياطات البسيطة:

= & GT نظف يديك جيدًا بانتظام وبفركهما بمطهر كحولي أو اغسلهما بالماء والصابون.

لماذا ا؟ غسل اليدين بالماء والصابون أو استخدام فرك اليدين بالكحول يقتل الفيروسات التي قد تكون على يديك.

= & GT احتفظ بمسافة لا تقل عن متر واحد (3 أقدام) بينك وبين أي شخص يسعل أو يعطس.

لماذا ا؟ عندما يسعل شخص ما أو يعطس ، فإنه يقوم برش قطرات سائلة صغيرة من أنفه أو فمه والتي قد تحتوي على فيروس.

- إذا كنت قريبًا جدًا ، يمكنك تنفس الرذاذ ، بما في ذلك فيروس COVID-19 إذا كان الشخص المصاب بالسعال مصابًا بالمرض.

= & GT تجنب لمس العينين والأنف والفم.

لماذا ا؟ تلمس الأيدي العديد من الأسطح ويمكن أن تلتقط الفيروسات. بمجرد التلوث ، يمكن للأيدي نقل الفيروس إلى عينيك أو أنفك أو فمك.

من هناك ، يمكن للفيروس أن يدخل جسمك ويمكن أن يجعلك مريضًا.

= & GT تأكد من أنك ومن حولك يتبعون النظافة التنفسية الجيدة.

- وهذا يعني تغطية فمك وأنفك بكوعك المثني أو بمنديل ورقي عند السعال أو العطس ، ثم التخلص من المنديل المستخدم على الفور.

- لماذا ا؟ القطرات تنشر الفيروس. باتباع النظافة التنفسية الجيدة ، فإنك تحمي الأشخاص من حولك من الفيروسات مثل البرد والإنفلونزا و COVID-19.

= & GT ابق في المنزل إذا شعرت بتوعك. إذا كنت تعاني من الحمى والسعال وصعوبة التنفس ، فاطلب العناية الطبية واتصل مسبقًا. اتبع توجيهات السلطة الصحية المحلية الخاصة بك.

- لماذا ا؟ سيكون لدى السلطات الوطنية والمحلية أحدث المعلومات حول الوضع في منطقتك. سيسمح الاتصال المسبق لمقدم الرعاية الصحية الخاص بك بتوجيهك بسرعة إلى المرفق الصحي المناسب.

- سيحميك هذا أيضًا ويساعد على منع انتشار الفيروسات والالتهابات الأخرى.

= & gt ابق على اطلاع دائم بأحدث النقاط الساخنة لـ COVID-19 (المدن أو المناطق المحلية التي ينتشر فيها COVID-19 على نطاق واسع). إذا كان ذلك ممكنًا ، تجنب السفر إلى الأماكن & # 8211 خاصة إذا كنت من كبار السن أو مصابًا بمرض السكري أو القلب أو الرئة.

- لماذا ا؟ لديك فرصة أكبر للإصابة بـ COVID-19 في إحدى هذه المناطق.

س 10. ما هي تدابير الحماية للأشخاص الموجودين أو الذين زاروا مؤخرًا (الأيام الـ 14 الماضية) المناطق التي ينتشر فيها COVID-19؟

الجواب. - اتبع الإرشادات الموضحة أعلاه (تدابير الحماية للجميع)

= & gt اعزل نفسك بالبقاء في المنزل إذا بدأت تشعر بتوعك ، حتى مع أعراض خفيفة مثل الصداع وحمى منخفضة الدرجة (37.3 درجة مئوية أو أعلى) وسيلان الأنف الطفيف ، حتى تتعافى.

- إذا كان من الضروري أن يكون لديك شخص ما يجلب لك الإمدادات أو يخرج ، على سبيل المثال لشراء الطعام ، ثم ارتداء قناع لتجنب إصابة الآخرين.

- لماذا؟ سيسمح تجنب الاتصال بالآخرين وزيارات المرافق الطبية لهذه المرافق بالعمل بشكل أكثر فعالية ويساعد على حمايتك أنت والآخرين من COVID-19 المحتمل والفيروسات الأخرى.

= & gt إذا كنت تعاني من الحمى والسعال وصعوبة التنفس ، فاطلب المشورة الطبية على الفور لأن هذا قد يكون بسبب عدوى في الجهاز التنفسي أو حالة خطيرة أخرى.

- اتصل مقدمًا وأخبر مقدم الخدمة الخاص بك عن أي سفر أو اتصال حديث مع مسافرين.

- لماذا؟ سيسمح الاتصال المسبق لمقدم الرعاية الصحية الخاص بك بتوجيهك بسرعة إلى المرفق الصحي المناسب. سيساعد هذا أيضًا على منع الانتشار المحتمل لـ COVID-19 والفيروسات الأخرى.


تطوير البنية التحتية للمعلوماتية الحيوية لبحوث الجينوم

خلفية: على الرغم من تطور جيوب التميز في المعلوماتية الحيوية في إفريقيا ، بشكل عام ، كان تحليل البيانات الجينومية على نطاق واسع مقيدًا بتوفر الخبرة والبنية التحتية. تم إنشاء H3ABioNet ، وهي شبكة معلوماتية حيوية لعموم إفريقيا ، لبناء القدرات على وجه التحديد لتمكين باحثي H3Africa (الوراثة البشرية والصحة في إفريقيا) من تحليل بياناتهم في إفريقيا. منذ بداية مبادرة H3Africa ، تطور دور H3ABioNet استجابة للاحتياجات المتغيرة من الاتحاد ومجتمع المعلومات الحيوية الأفريقية.

أهداف: شرعت H3ABioNet في تطوير البنية التحتية الأساسية للمعلوماتية الحيوية والقدرة على أبحاث الجينوميات في مختلف جوانب جمع البيانات ونقلها وتخزينها وتحليلها.

الطرق والنتائج: تم تطوير موارد مختلفة لمعالجة إدارة البيانات الجينومية واحتياجات التحليل لباحثي H3Africa والمجتمعات العلمية الأخرى في القارة. تم تطوير NetMap واستخدامه لبناء صورة دقيقة لأداء الشبكة داخل إفريقيا وبين إفريقيا وبقية العالم ، وتم طرح Globus Online لتسهيل نقل البيانات. تم تطوير قاعدة بيانات توظيف المشاركين لرصد تسجيل المشاركين ، ويتم تنسيق البيانات من خلال استخدام الأنطولوجيات والمفردات الخاضعة للرقابة. سيتم دمج البيانات الوصفية المعيارية لتوفير وسيلة بحث لبيانات H3Africa والعينات الحيوية. نظرًا لأن مشاريع H3Africa تولد بيانات جينومية واسعة النطاق ، فإن مرافق التحليل والتفسير أمر بالغ الأهمية. تقوم H3ABioNet بتنفيذ العديد من منصات تحليل البيانات التي توفر مجموعة كبيرة من أدوات المعلوماتية الحيوية أو تدفقات العمل ، مثل Galaxy ونظام إدارة الوظائف و eBiokits. يتم أيضًا تطوير مجموعة من خطوط الأنابيب القابلة للتكرار والمحمولة والقابلة للتطوير السحابي لدعم أنواع بيانات H3Africa المتعددة وتمكينها من التنفيذ على العديد من البنى التحتية للحوسبة. بالإضافة إلى ذلك ، تم تطوير أدوات جديدة لتحليل البيانات الأفريقية المتباينة بشكل فريد وللتفسير النهائي للمتغيرات ذات الأولوية. لتوفير الدعم لهذه الاستفسارات وغيرها من استفسارات المعلومات الحيوية ، تم إنشاء مكتب مساعدة للمعلومات الحيوية عبر الإنترنت مدعومًا بخبرات اتحاد واسع. يتم توفير المزيد من الدعم من خلال طرق مختلفة للتدريب على المعلوماتية الحيوية.

الاستنتاجات: على مدى السنوات الأربع الماضية ، ساهم تطوير دعم البنية التحتية والقدرات البشرية من خلال H3ABioNet بشكل كبير في إنشاء الشبكات العلمية الأفريقية ، ومرافق تحليل البيانات ، وبرامج التدريب. هنا ، نصف البنية التحتية وكيف أثرت على أبحاث الجينوم والمعلوماتية الحيوية في إفريقيا.


معلومات المساهم

حسن محمود ، علوم وتكنولوجيا الكمبيوتر من جامعة العلوم والتكنولوجيا الإلكترونية في الصين ، الصين.

محمد المستنجيد ، جامعة دافوديل الدولية ، بنغلاديش.

فرزانا أكتر ، علوم وهندسة الكمبيوتر من جامعة دافوديل الدولية ، بنغلاديش.

شاذادور الرحمن ، جامعة دافوديل الدولية ، بنغلاديش.

كوثر أحمد ، تكنولوجيا المعلومات والاتصالات في جامعة مولانا بهاشاني للعلوم والتكنولوجيا ، تنجيل ، بنغلاديش.

حبيب الرحمن ، معهد الأتمتة ، الأكاديمية الصينية للعلوم ، بكين ، الصين.

Wenyu Chen ، جامعة العلوم والتكنولوجيا الإلكترونية في الصين ، الصين.

محمد علي موني ، جامعة نيو ساوث ويلز ، أستراليا.


تجلب بعض المهن الأسرع نموًا في الدولة اليوم مهارات علوم الكمبيوتر إلى التكنولوجيا الحيوية: الإحصائيون وعلماء الرياضيات والمستشارون الوراثيون ومحللو الأبحاث وعلماء الأحياء. في مجال متصاعد ومتعدد التخصصات ، هناك طلب شديد على المتخصصين في المعلوماتية الحيوية.

نظرًا لأن قطاعات الرعاية الصحية والتكنولوجيا الحيوية والصناعات الدوائية أصبحت أكثر اعتمادًا على تحليل البيانات المعقدة والذكاء الاصطناعي ، فستستمر الحاجة إلى خبراء لديهم المعرفة البيولوجية والبرمجة والمهارات الكمية في الازدياد.

تجمع Johns Hopkins MS في المعلوماتية الحيوية بين الدراسات في علوم البيانات والكمبيوتر ومجالات العلوم البيولوجية ، بما في ذلك البيولوجيا الجزيئية والكيمياء الحيوية والطب الشخصي والتسلسل الجيني. سوف تستكشف أيضًا المشكلات الحالية وتكتسب مهارات عملية من خلال الدورات التدريبية في كل من علوم الكمبيوتر والتكنولوجيا الحيوية.

قم بتوسيع أو تعزيز حياتك المهنية

سواء كنت تعمل بالفعل في مجال المعلوماتية الحيوية ، أو تتطلع إلى دفع حياتك المهنية إلى الأمام ، أو كنت تتطلع إلى تغيير المهن ، فإن برنامج الماجستير هذا سوف يعدك لمجموعة من الأدوار في هذه المهنة الديناميكية والمتنامية. يمكن أن تأخذك هذه الدرجة المتقدمة إلى مؤسسات في قطاعات متعددة ، بما في ذلك:

  • حكومة
  • تعليم
  • العلوم البيئية
  • علوم طبية
  • الأدوية
  • التكنولوجيا الحيوية
  • تطوير البرمجيات
  • مستشار

تعمل درجة الماجستير في المعلوماتية الحيوية أيضًا كأساس لكلية الطب أو كلية الحقوق أو الدراسة المتقدمة في الصحة العامة.

دراسة بشروطك

خذ دروسًا في حرم بالتيمور الجامعي ، أو شارك في أعمال الدورة التدريبية من المنزل. تم تصميم هذا البرنامج للبالغين العاملين ، وهو مرن مع خيارات عبر الإنترنت وفي الحرم الجامعي لكل من الطلاب بدوام جزئي وبدوام كامل.


شاهد الفيديو: Biotechnology Part 1 - علم التقنية الحيوية البيوتكنولوجي الجزء الأول Introduction u0026 History (قد 2022).