معلومة

كيفية بناء هيكل بروتين ثلاثي من ملف PDB أحادي؟

كيفية بناء هيكل بروتين ثلاثي من ملف PDB أحادي؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

مشكلة: لدي ملف PDB ، مع مونومر ، لكني أرغب في إظهار الهيكل بأكمله - وهو ثلاثي - لكنني لا أفهم كيفية دمج / بناء أو دمج الوحدات الأحادية في هيكلها الكامل في COOT ، SWISS-PDBviewer أو بيمول؟

هنا رابط لمركب البروتين الذي أنظر إليه

سأكون ممتنا: إرشادات حول كيفية القيام بذلك (يفضل أن يكون ذلك في coot أو pymol أو Swiss-PDBviewer) ، أو الإحالة إلى برنامج تعليمي يمر بهذا الأمر بالفعل سيكون أمرًا رائعًا!

كمرجع: لقد وجدت بعض الأوصاف حول كيفية "البناء / الدمج" مع عارض Swiss PDB هنا. وفي خيوط من هذه المناقشة ، وجدت أوصافًا لكيفية القيام بذلك باستخدام أدوات الرسوم الجزيئية الأخرى أيضًا (على الرغم من أنني لا أفهمها تمامًا)

ما حاولت: في البرنامج التعليمي لبرنامج SWISS-PDBviewer (رابط) ، يمكنني اتباع بعض التعليمات ، لكن لا يمكنني اتباعها لفترة طويلة:

  • ط تحميل ثلاثة من نفس ملف PDB في SWISS PDBviwerer (يتم وضعها فوق بعضها البعض)
  • يمكنني الوصول / رؤية الطبقات في "معلومات الطبقات"
  • طُلب مني فتح "رمز النص" لرؤية ملف PDB النصي والبحث عن صفوف "mtrix" - والتي يجب أن تأتي قبل صفوف "atom" مباشرةً. كما ورد في التعليمات:

" قم بالتمرير لأسفل في ملف pdb حتى تجد خطوط MTRIX (وهي موجودة قبل خطوط ATOM مباشرةً). يمكنك رؤية 9 خطوط MTRIX. إنها تمثل ثلاث مصفوفات تحويل ، وتسمح لك ببناء التناظرات غير البلورية للبروتين "

لا يمكنني العثور على "mtrix " صفوف في ملف PDB النصي ، ولست متأكدًا تمامًا من كيفية اتباع الإرشادات التالية (الرابط) بعد ذلك أيضًا. لا يمكنني النقر فوق أي مكان في الملف النصي ، ثم يظهر لي الخطأ: "آسف لا يمكن التعرف على أي معلومات قابلة للنقر تحت هذا المؤشر ...

هذا ما أراه أعلاه "ذرة" صف:


يحتوي ملف PDB فقط على الوحدة غير المتماثلة ، ولا توجد معلومات عن جهاز متعدد بيولوجي محتمل ذي صلة. لذلك سوف تحتاج إلى الحصول على معلومات حول الحالة في الحل بشكل تجريبي.

ومع ذلك ، يمكن للمرء غالبًا أن يستنتج من حجم سطح التلامس ما إذا كان لديك بنية مربعة محتملة. يمكنك القيام بذلك يدويًا ، لكن خادم PISA مفيد جدًا هناك ، وسيخرج أيضًا ملف PDB متعدد المقاطع:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

إذا كنت ترغب فقط في تطبيق عوامل التماثل على وحدتك غير المتماثلة من أجل إنشاء زملاء تناظر ، فيمكنك القيام بذلك في

Pymol: - انقر فوق إجراء / إنشاء / اصحاب التناظر / داخل X Å - من سطر الأوامر: بادئة symexp ، التحديد ، القطع ، على سبيل المثال symexp sym ، 1GVF ، (1GVF) ، 5 انظر أيضا http://pymolwiki.org/index.php/Symexp Coot: - إذا كنت تريد فقط إلقاء نظرة على زملائك في التماثل ، فقم بتنشيط العرض / الخلية والتناظر بنصف قطر مناسب و / أو حدد "التناظر حسب الجزيء" - إذا كنت ترغب بالفعل في إنشاء زملاء التناظر ، فجرّب الامتدادات / النمذجة / الجزيء الجديد من Symmetry Op - ولكن سيتعين عليك تحديد SymOp يدويًا.

سوف تحتاج إلى أن يكون لديك سجل CRYST1 في ملف PDB الخاص بك مع مجموعة المساحة الصحيحة.


لا توجد بطاقات MTRIX لهذا الجزيء. يبدو أن هذا هو أسهل طريق:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do؟structureId=4G3Y

تحميل ملفات -> Biological Assembly 1

بمعنى آخر.:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

وقراءة هذا الملف في Coot (إذا كنت ترغب في ذلك)


شاهد الفيديو: How to download protein structure tutorial. Bioinformatics. RCSB PDB (قد 2022).